Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
623,379 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 623,379 | 0 | A | T | 98.9%
| 632.6
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/150); minor base G (1/2); total (120/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 623,380 | 0 | G | C | 99.6%
| 629.4
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (118/152); total (120/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 623,381 | 0 | C | G | 99.6%
| 636.5
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (119/152); total (120/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGAGCCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGAGCGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTGGGACTCCGTACTGTCTGAAGAAGCAGTGCTGGCGTTTGAATATGGTTATGCCACCGCAGAACCACGCACTCTGACCATCTGGGAAGCGCAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAA > CP042583/623100‑623659
|||
gCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAg > 2:709749/1‑289 (MQ=255)
gCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGAATCCgg > 1:1210946/1‑288 (MQ=255)
cGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGt < 1:1094872/288‑1 (MQ=255)
gTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTc < 1:641745/288‑1 (MQ=255)
tCCGCTGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAATGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGCGGAGAAACTGTTCCACCGGGGCGGTGAGGAAAACGTCGCTTAAGCCACCCTGGTTGATGACGCCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGACGAACCCGGTcga > 2:1570411/1‑288 (MQ=255)
ctTTCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCAcc > 1:1457950/1‑288 (MQ=255)
tCACCTGGTCGCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGcc > 1:143511/1‑288 (MQ=255)
tggtggacGTACCTCAACACCGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGCGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGTTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCgg < 2:365979/282‑1 (MQ=255)
ggtcgccGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCa > 1:1889051/6‑277 (MQ=255)
ggtcgccGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGt > 1:1819289/6‑289 (MQ=255)
gtcgccGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGt < 1:1551480/284‑1 (MQ=255)
tcgccGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGa > 1:376151/4‑289 (MQ=255)
gccGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACGGGTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAAGCTCGCGTACGACACGCTGGTGGAGGAAGGCATTCGGGTTCGCCTGTCGGGGGAAGCCTCCGGGCGCGGTTCCGTTTTCCACCGCGACGCGGTGAt > 2:1673383/2‑288 (MQ=255)
cGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATcc > 2:389821/1‑288 (MQ=255)
ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 2:595630/289‑1 (MQ=255)
ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 2:1240443/289‑1 (MQ=255)
ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 1:863881/289‑1 (MQ=255)
ccTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAAc < 1:806073/289‑1 (MQ=255)
aaCCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGt < 1:304647/289‑1 (MQ=255)
ccACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGaa < 2:12490/235‑1 (MQ=255)
ccACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCAcgcg < 2:295181/271‑1 (MQ=255)
ccACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACCCCGGTCTCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCCGTGATCcccacccatcct > 2:1558573/1‑285 (MQ=255)
ccACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAAGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGCCGGGGTACCTTCTTCCACCGCCCCGCGGTGGTACACAACCAGTCt > 2:117434/1‑289 (MQ=255)
aaTGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACgg > 1:1709059/1‑289 (MQ=255)
aTGGGACGAAGAGTACCCGAAAAAAGTGGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTAGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGt < 1:1754293/289‑1 (MQ=255)
ggACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTc < 2:1893387/288‑1 (MQ=255)
agTACCCGAACAAAGTTGAGAGGAAGCGCCGGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGACGGAAGCAGTTGAAAGGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTGCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTaca < 2:1745188/288‑1 (MQ=255)
aCCCGAACAAAGTTGGGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACAcg < 1:281887/287‑1 (MQ=255)
aCCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACAcgc > 1:202488/1‑288 (MQ=255)
aCCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACAcg < 1:1230814/287‑1 (MQ=255)
cccGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACAcgcc > 1:1645792/1‑288 (MQ=255)
cAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCAcgcg > 1:628479/1‑244 (MQ=255)
cAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGt > 2:654668/1‑268 (MQ=255)
cAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCaa < 1:754851/289‑1 (MQ=255)
cAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCa > 1:986629/1‑288 (MQ=255)
aaGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTACGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACa > 1:502127/1‑289 (MQ=255)
tgggaTGAGGGGCCGGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTGGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACatat < 2:1843307/285‑1 (MQ=255)
tGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACatat < 1:1304564/288‑1 (MQ=255)
tGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATaa < 1:7142/289‑1 (MQ=255)
cgcCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACggg < 2:1819289/288‑1 (MQ=255)
gcCTGCAGGGGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGc < 1:1611029/288‑1 (MQ=255)
tGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGc > 1:616616/1‑267 (MQ=255)
cTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTc > 2:751058/1‑288 (MQ=255)
tgggcaaaCGCATCAGCACGGTGCCGGAAGAGGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTcc < 2:1884441/283‑1 (MQ=255)
gCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCAGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCgt < 2:233093/288‑1 (MQ=255)
aaCGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAGCCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTg < 2:206756/289‑1 (MQ=255)
aaCGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTg < 1:1250486/289‑1 (MQ=255)
aaCGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTg < 1:1025052/289‑1 (MQ=255)
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aaaaCCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTGGGACTCCGTa > 2:1693742/1‑185 (MQ=255)
aaaaCCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGTCGGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTGGGACTCCGTACTGTCTGAAGAAGCAGTGCTGGCGTTTGAATATGGTTATGCCACCGCAGAACCACGCACTCTGACCATCTGGGAAGCGCAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTg < 2:942652/288‑1 (MQ=255)
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|||
GCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGAGCCCGTACCTCAACCACGAATGGGACGAAGAGTACCCGAACAAAGTTGAGATGAAGCGCCTGCAGGAGCTGGCGAAACGCATCAGCACGGTGCCGGAAGCAGTTGAAATGCAGTCTCGCGTTGCCAAGATTTATGGCGATCGCCAGGCGATGGCTGCCGGTGAGAAACTGTTCGACTGGGGCGGTGCGGAAAACCTCGCTTACGCCACGCTGGTTGATGAAGGCATTCCGGTTCGCCTGAGCGGTGAAGACTCCGGTCGCGGTACCTTCTTCCACCGCCACGCGGTGATCCACAACCAGTCTAACGGTTCCACTTACACGCCGCTGCAACATATCCATAACGGGCAGGGCGCGTTCCGTGTCTGGGACTCCGTACTGTCTGAAGAAGCAGTGCTGGCGTTTGAATATGGTTATGCCACCGCAGAACCACGCACTCTGACCATCTGGGAAGCGCAGTTCGGTGACTTCGCCAACGGTGCGCAGGTGGTTATCGACCAGTTCATCTCCTCTGGCGAACAGAA > CP042583/623100‑623659
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A