Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
717,411 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 717,411 | 0 | A | T | 100.0%
| 483.5
/ NA
| 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (103/101); total (103/101) |
| * | CP042583 | 717,412 | 0 | G | C | 99.5%
| 474.3
/ NA
| 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/101); minor base T (1/0); total (103/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 717,413 | 0 | C | G | 99.0%
| 474.3
/ NA
| 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (101/101); total (103/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAG > CP042583/717131‑717690
|||
aCCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCCCGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTTTCCCAGGTGGTCAGt > 2:649580/1‑289 (MQ=255)
ccGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTGCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTa < 1:991457/289‑1 (MQ=255)
gcgGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGGGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGCCTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAAc < 1:261446/289‑1 (MQ=255)
cgGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTGTGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACg > 1:1569224/1‑289 (MQ=255)
cTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTg < 1:229220/288‑1 (MQ=255)
tggtgtggtgTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:297322/289‑1 (MQ=255)
ggTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:568848/288‑1 (MQ=255)
tgagggtttGTCTGGGGTTGTGTTTCGTCTTTCGGACGGCGCTGGACTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAg < 2:701178/282‑1 (MQ=255)
gtgGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGGGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAg < 1:173130/288‑1 (MQ=255)
gtgGAGTTGTCTGGGGCTATATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCTGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAg < 1:1314891/288‑1 (MQ=255)
tCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTGATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTCTCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCGGGTTATCAGTAACGTCCCGAGTACAatatgt > 2:1607844/1‑287 (MQ=255)
cTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCGGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTGGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttg < 1:1860510/288‑1 (MQ=255)
gCTGTGTCTCGTCTTTCTGACGGCGCGGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCt < 1:773652/288‑1 (MQ=255)
gTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGa > 1:1351169/1‑269 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAAc < 2:63441/261‑1 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACt > 2:1476487/1‑289 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCAAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTTA‑GTAACCTGTCTTAACCAGGGTGAGTGTTCACGGCAATCGGTTGATAGCATGTGACTAGTATCGGTCCGAGTGCAATATCGTTGCTGTACt > 2:46746/1‑289 (MQ=255)
cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCTCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCTATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGAGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGACGCGTACAATATTGTTGCTGAACTAtgg > 2:875365/1‑287 (MQ=255)
cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGGTGAACTAtgt > 1:1472128/1‑288 (MQ=255)
cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTAtgtg < 1:276725/289‑1 (MQ=255)
cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTAtgt > 1:559075/1‑288 (MQ=255)
ttcggccGGCGCTGGGGTTCAAACAAGGGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc < 2:1769187/283‑1 (MQ=255)
ttCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGGGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc < 1:1125941/289‑1 (MQ=255)
ttCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc < 2:938573/289‑1 (MQ=255)
ttCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgc > 2:487668/1‑288 (MQ=255)
ttCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACAATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc > 1:727126/1‑289 (MQ=255)
atctagcggcggTGGAGTTCAAACGAGAGCTTTGGGTAATGGTGATTGGGTGGGTAGTC‑TTTGCGCGGCTGGCACGTCGGGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGCCGCTGCTGCTGGTGGTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGTGTTGTAAGGCTTGTTTGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc < 2:446745/283‑1 (MQ=255)
aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGGAACGTGCCGAGGACCATATTGTTGCTTAACTATTTGCTGCCGTCtt > 2:1125941/1‑289 (MQ=255)
aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATAAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCtt > 1:1007771/1‑289 (MQ=255)
gcTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGGTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatt < 1:632673/288‑1 (MQ=255)
cgggAGTTCAAGCAAGAGCTGTGGGGGCTGGTGATTGTGGGGGCGGGG‑TTTGCGCTGCTGGCACGTGGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 2:259340/286‑1 (MQ=255)
ttcagaagagggCTGTGGGGTGTGGTGAGTGTGGCGGCATGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTGGCGTGGTTGTCAGTGTTGACTGGAAGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGAAGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTAt < 2:1212425/278‑1 (MQ=255)
cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAAGCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACAATGTGCCGCCGACTTTATTACTGGTATgg > 2:906889/1‑289 (MQ=255)
ggCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTaa < 2:757533/287‑1 (MQ=255)
gCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTaa < 1:1607844/287‑1 (MQ=255)
gggggtggtggTTGTGGCGGGAGGC‑TTTGGGCTGCTGGCACGTGGCGTGGTGGTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAgg < 2:1650142/283‑1 (MQ=255)
aCTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTg > 1:1109124/1‑287 (MQ=255)
aCTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGc > 2:731696/1‑289 (MQ=255)
ggTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAg < 1:1665490/281‑1 (MQ=255)
tGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:926563/214‑1 (MQ=255)
gggtgtgGGGGGAGGCGTTTCGGCTGCTGGCACGTAGGGTGGTGCTCGGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTg < 2:778597/285‑1 (MQ=255)
ggcggcAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 2:55191/250‑1 (MQ=255)
tGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGatcgctg > 2:20180/1‑283 (MQ=255)
tgtcggtaCGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCaaa < 2:345230/282‑1 (MQ=255)
cACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa < 1:808692/288‑1 (MQ=255)
ggactggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCatat > 1:151855/1‑173 (MQ=255)
ggactggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGa > 2:276252/1‑288 (MQ=255)
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tCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGGTGGTGGTAGATGTTTTGTTAGTTATACTCCCCGCCAACTAGGGTCTGGCAACTAAAAAAGGCGGATGATGAg > 2:1155055/1‑288 (MQ=255)
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GTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAG > CP042583/717131‑717690
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
