Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
717,411 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 717,411 | 0 | A | T | 99.6%
| 523.7
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (112/109); total (113/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 717,412 | 0 | G | C | 100.0%
| 525.1
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/110); total (113/110) |
| * | CP042583 | 717,413 | 0 | C | G | 98.7%
| 522.6
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/110); minor base T (3/0); total (113/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGT > CP042583/717137‑717691
|||
tGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:502520/289‑1 (MQ=255)
gTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGCCTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTCCTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGGTGGGTAACGTTCGGCAAACAATTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTGTACCTCAGGTGGTCAGTGACCTgacacacaacaaatg > 2:1401062/1‑275 (MQ=255)
tCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttg > 1:1374564/1‑289 (MQ=255)
ggggCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttgttg < 1:1794231/289‑1 (MQ=255)
ggggCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttgttg < 1:799903/289‑1 (MQ=255)
gggCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATAttgttg < 2:269622/288‑1 (MQ=255)
cTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGa > 1:988586/1‑289 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAg < 2:685067/269‑1 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACt > 1:1522313/1‑289 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACt > 2:346430/1‑289 (MQ=255)
tataTCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCCATCTGAACCCGGGTTATGGTTAATGGCAAGCGGTTTATCGCTGGTGACCAGTAACGTGCCGAGTCCCATATTGTTGCTGAACt > 2:1423344/1‑289 (MQ=255)
cGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTAtgt > 1:61198/1‑288 (MQ=255)
aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTg > 1:1710845/1‑249 (MQ=255)
aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTg < 2:1710845/249‑1 (MQ=255)
cGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCtt < 2:438694/288‑1 (MQ=255)
cGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCtt < 1:1043009/288‑1 (MQ=255)
gcTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 1:127846/289‑1 (MQ=255)
gtGGGGTTCAAACAAGGGTTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTttatta < 2:509616/287‑1 (MQ=255)
cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgc > 2:1215837/1‑269 (MQ=255)
cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgc < 1:1215837/269‑1 (MQ=255)
cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATgg > 1:1182032/1‑289 (MQ=255)
cAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGGTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGTCGAGTACCATATTGTTGCTGACATATGTGCCGCGCTCTTTATTACTGGttggg > 2:1674956/1‑285 (MQ=255)
ggggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGTCTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAg < 1:581611/288‑1 (MQ=255)
gggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGt > 1:54746/1‑289 (MQ=255)
tGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCTGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCt < 1:1401062/288‑1 (MQ=255)
tGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCtt < 1:1890016/289‑1 (MQ=255)
tGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCt < 2:1374564/288‑1 (MQ=255)
cggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTAc > 1:163952/1‑288 (MQ=255)
cggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTAc > 2:1864839/1‑288 (MQ=255)
tGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc < 1:836223/195‑1 (MQ=255)
tGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGcc > 2:836223/1‑195 (MQ=255)
gctgGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATTGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAAt > 2:1708040/1‑289 (MQ=255)
ctgGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAAtt > 1:1847713/1‑289 (MQ=255)
ctgGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCAGCCGGCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCTGGatcgattgcaactt > 2:115946/1‑276 (MQ=255)
tacggtgggtggtgCTCAGGGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTGTGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATAAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa < 2:1909010/280‑1 (MQ=255)
cACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa < 1:695625/288‑1 (MQ=255)
cACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa < 1:435407/288‑1 (MQ=255)
gTCGCGTGGGGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTgc < 1:248983/289‑1 (MQ=255)
tgtgGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAAc > 2:619158/1‑289 (MQ=255)
ggactggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCt < 1:447439/273‑1 (MQ=255)
actggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa < 2:1783415/264‑1 (MQ=255)
actggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGa > 1:1783415/1‑264 (MQ=255)
actggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATc > 2:1614289/1‑288 (MQ=255)
tggacGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCCGTACGTATGGCGAACGACcgcc > 2:423377/1‑289 (MQ=255)
acGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGt < 2:326843/218‑1 (MQ=255)
acGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATTGCTGGCAAATTTGATTGCTCTACGTATGGCGAACGATggccgc > 2:185270/1‑288 (MQ=255)
acGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAATTTGTATTGCGCTACGTATGGCGACTGATcgccg > 2:1877644/1‑287 (MQ=255)
acGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATcgccgc > 2:1072599/1‑288 (MQ=255)
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gATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCtat > 1:814043/1‑289 (MQ=255)
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tCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAg > 2:1594784/1‑183 (MQ=255)
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tCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAg > 1:193248/1‑288 (MQ=255)
tCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGGGGGGTCTGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATCAAAAAGGCAGATCATGAg > 2:1449583/1‑288 (MQ=255)
|||
ACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGT > CP042583/717137‑717691
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
