Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
760,272 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 760,272 | 0 | A | T | 98.6%
| 514.7
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (109/109); minor base G (1/2); total (112/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 760,273 | 0 | G | C | 99.6%
| 523.1
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (111/110); total (112/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 760,274 | 0 | T | A | 98.2%
| 516.7
/ NA
| 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/111); minor base C (4/0); total (112/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑AGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGAT > CP042583/759994‑760552
|||
tagttcggtcgcccTGGCTGATGGTTATTTTGCTGTGGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAAGGGTGAGGCTGGTTATCTATTCGTTGACAATCTCGAGGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGATGGTGAGCGGGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGGGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 2:1761678/278‑1 (MQ=255)
tAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCt < 1:1726341/288‑1 (MQ=255)
aGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 2:838647/288‑1 (MQ=255)
tcgttcgcccTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGcc < 2:1229327/282‑1 (MQ=255)
ccTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTAGTGCGG‑CGGTGGTGCGGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGTATCAAATGGCTTTGCCTTTAttg > 2:1014501/1‑286 (MQ=255)
cTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑AGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCCGGTTTCGCGGGTCAAATGGCGTTGCCTTTATg > 1:1761678/1‑286 (MQ=255)
aTTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACcgcg < 2:1373701/288‑1 (MQ=255)
tgtgATTTTGGTGCTGGGCTTTACCTTTCCCTACGCGCCAATGCTTATGCTGGTTATCTATTCGTTAAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGGGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGcgccg < 2:267963/289‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTTGGCTTTACCTTTCTCTCCGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCTTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTaa < 1:1066231/289‑1 (MQ=255)
tgctgcTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCCATGCTGATGCTGGTTATCCATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCCGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGGCGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGAGCCGCGGAACGATTGCGGTCGGT‑TTGCTGGTTCGCTTTGGCAGTTTTCGCGGATCAAATGTCGTTGCCTTTTTGAT‑TCCCCGCCGTCTGGTaa > 2:946599/1‑288 (MQ=255)
tgctgcTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGGTGGTGCCCTTTGGCCGGTTTGGCGGCACAAATGGCTTTGCCTTGTTGATCACCGcccccgcgggaat > 2:510943/1‑280 (MQ=255)
ctgctgGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGCACTATTGCGG‑CGGTGGTGTTGGTTCGGTTTGGCAGGTTTTGCGGGTCAAATGGGTTTTGCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGc > 2:703364/1‑289 (MQ=255)
ccTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCAc < 1:686737/289‑1 (MQ=255)
ttCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTGTCCTTTATGATCCACGCGCCG‑CGGGTAATGCCAGATGTCATCCCgg > 2:355591/1‑288 (MQ=255)
ctctACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCt > 2:260881/1‑238 (MQ=255)
tACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTTTGATCACCGCGCCG‑CTGGGTATGCCAGATGGCCTCCAGGGCtttg > 2:523896/1‑287 (MQ=255)
cgcgCCAATGCTGTTGTTGGTTATCTATTCGTTTAACGGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTgtcg < 2:1739455/289‑4 (MQ=255)
cgcgCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGTCAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGGGCGCTTTGGCAGGTTTCTGGGAGCAAATGGCTTTTCCTTTATGTTCAACGACCCG‑CTGGTAGTGCCCGATGTCATCACggctttgtc > 2:1583154/1‑281 (MQ=255)
cgcgCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGcc > 1:1297703/1‑238 (MQ=255)
cgcgCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTgtcg < 1:642267/289‑4 (MQ=255)
cgcgCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCGGGTTCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTGTGATCACCGCGCCG‑CCGGTCATTGCCGATGTCATCACGGGCTTgtc > 2:108936/1‑286 (MQ=255)
aaTGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGGGCGCTTTGGCAGGTTGCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCTCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCttctcgctggtg > 2:80092/1‑279 (MQ=255)
tgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATtcg < 1:1362093/288‑1 (MQ=255)
ggTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATtcgt > 1:1251211/1‑288 (MQ=255)
gTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATtcgtc > 1:882643/1‑288 (MQ=255)
gTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCC‑GTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTTCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTAGTATCACCGCGCCG‑CTGGGAATGCCAGAGTTCCTCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTTTttgtcg > 2:1178938/1‑288 (MQ=255)
tctattcgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGGGAGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGTCTTTATTATCACCGCTCCG‑CTTGTAATGCCAGATGTCCTCACGGGCGTG‑TTGCTGTTGTGATGCTtcgtctct > 2:1326302/9‑284 (MQ=255)
tattcgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACcg > 2:54995/7‑226 (MQ=255)
ttcgtttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCt < 1:178794/285‑1 (MQ=255)
cgtttAACAGCTCGAAGCTGGCGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CAGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAACTGGCTTTGCCTTTATGCTCCACGCGCCC‑CTGGTAACGCCAGACGGTATCCCCGGCTTGTCGCTGGTTGTT‑TTATTTGTCGCTCtttgt > 2:1876010/3‑284 (MQ=255)
ttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCGTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CGGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTT‑CCGCTGTTGTTTTTATTCGTCGCgctcgctctgg > 2:903959/1‑285 (MQ=255)
tAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTTTTCGTTCCGCTTTCTCCTGc > 2:627339/1‑288 (MQ=255)
ctcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtg > 1:1695100/5‑287 (MQ=255)
ctcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtg > 1:1556883/5‑287 (MQ=255)
tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct < 1:402938/286‑1 (MQ=255)
tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct < 1:355591/286‑1 (MQ=255)
gagggTGGGGGCCGGCTGGTCAACGCGATGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGa < 2:1579315/285‑1 (MQ=255)
gtgtGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCC‑GTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACcgcg < 1:1178938/288‑1 (MQ=255)
tgtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACcgcg < 1:1585988/288‑1 (MQ=255)
tgtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCgg > 1:638759/1‑289 (MQ=255)
gggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTa < 1:108936/288‑1 (MQ=255)
gggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTAt > 1:78802/1‑289 (MQ=255)
cGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTc < 1:510943/289‑1 (MQ=255)
ctggtcaaCGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTTGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCAcc > 1:196195/8‑289 (MQ=255)
ctggtcaaCGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATTTCATAACGGGCGTG‑TCGCTGTTGTTATTTTTTGTCCCGCTTCCGTATTCCATTGGCTGGCCTTCGGACCGCTGTGTGcctcc > 2:873357/8‑284 (MQ=255)
ctggtcaaCGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct > 2:723261/8‑263 (MQ=255)
ctggtcaaCGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCAc > 1:1289436/8‑288 (MQ=255)
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tGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑TCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 1:1622095/289‑1 (MQ=255)
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TAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGG‑CGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCG‑CTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTG‑AGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGAT > CP042583/759994‑760552
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
