Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,808,128 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,808,128 | 0 | A | T | 100.0%
| 545.2
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (121/106); total (121/106) |
| * | CP042583 | 1,808,129 | 0 | G | C | 99.6%
| 540.4
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/105); minor base A (0/1); total (121/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,808,130 | 0 | T | A | 99.1%
| 531.1
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (120/104); total (121/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCAAGTGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATGGGGATTCAGGCTCAGTGTTATGCCGTACCGAGTCCGAAAGATATGCTGAGTGTACGTATTCGTGAATTTGCCGCCCGTTTCGGTGCGCTGGCTGACCTTTATATTTTTAAACGTGAACCGCGTTTTTTAGGGCCGCTGGTC > CP042583/1807850‑1808409
|||
tCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTg < 1:511448/288‑1 (MQ=255)
cGGCCTCGATGACTGGAAGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGtt < 2:1752827/289‑1 (MQ=255)
ggCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTCTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGCAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGCTGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGt > 1:1215897/1‑287 (MQ=255)
tGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAg > 1:1890574/1‑289 (MQ=255)
aGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTc > 1:683283/1‑289 (MQ=255)
cTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGt > 1:747950/1‑289 (MQ=255)
cTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGt > 1:633731/1‑289 (MQ=255)
aaaaCCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACg < 1:1462388/288‑1 (MQ=255)
aaaCCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCt < 2:1148063/289‑1 (MQ=255)
cgcgCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGAt > 1:893999/1‑289 (MQ=255)
cgcCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGAtt > 1:169439/1‑288 (MQ=255)
cTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCa < 2:896925/288‑1 (MQ=255)
cTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCAt < 1:811613/289‑1 (MQ=255)
attATATCTAGTACGATGTGAAGGGTCGTCCCTGCCGCCAGGTGGGTTGGGTGGTCGTAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGATAACGCATTCAAGGAGCGAATGGTGCCTCTAAGAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACGGAGCGGCGATTACGCATTGGAAAGTTATAGTGAGCCGATGACCATGCGAAAAGATTTAATCGCTGCTAGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCa < 2:1692169/287‑1 (MQ=255)
cgacgaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAACGATTTAATCGCTGCTGGTGTCCACCCATCAGATATTGTTCTCGATTAAGCTGGCTTTCGTACGCTGTATTCCATCGTGct > 2:812299/1‑284 (MQ=255)
cgacgaATTGCAGGATCCCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGCTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGTTGTCGACCCATCAGCTATTGTTCGCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGACTTCCTCGTGccaac > 2:1175608/1‑284 (MQ=255)
cgaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCATAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGc > 2:224192/1‑289 (MQ=255)
gaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTGTAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTAGTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCa < 1:985970/289‑1 (MQ=255)
aTTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCaaa > 1:1721937/1‑289 (MQ=255)
aTTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCaaa < 1:257058/289‑1 (MQ=255)
ccccTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACt > 1:482505/1‑289 (MQ=255)
ccccTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACt > 1:727594/1‑289 (MQ=255)
ccccTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACt > 1:225947/1‑289 (MQ=255)
ccGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGAt > 2:622101/1‑289 (MQ=255)
cGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGtttt > 2:1379181/1‑275 (MQ=255)
cGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGAtt > 1:1013551/1‑289 (MQ=255)
cGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGAtt < 2:683283/289‑1 (MQ=255)
tCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCat < 1:151951/286‑1 (MQ=255)
gtgtGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCAttatta > 2:1048294/1‑288 (MQ=255)
gtggtgCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATc > 1:1531781/1‑288 (MQ=255)
ggctggggaaaGCAAAAGATTAGCGTTGTGGGGTAATTAGTCAGTATGAGCGGTACCGCAGTCAAGGAGCGAGTAATGACGATAACAGCGGTAAGGTAAAGTATCTTTGACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATGATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGGTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCAccc < 2:1215897/278‑1 (MQ=255)
tCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACg < 2:766888/289‑1 (MQ=255)
ggAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGtt > 2:423292/1‑289 (MQ=255)
ggAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGtt > 1:1183520/1‑289 (MQ=255)
aGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTcc > 1:1899260/1‑287 (MQ=255)
aGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGCGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTTCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTcc > 2:227947/1‑287 (MQ=255)
cAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTAATTATTATCACCCACAGTTTcc > 2:560453/1‑285 (MQ=255)
aaaaTATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACt < 2:876414/287‑1 (MQ=255)
tattatCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTgagc > 1:1742885/1‑289 (MQ=255)
gTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCatt < 1:601405/289‑1 (MQ=255)
tACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTATTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTc > 2:742693/1‑271 (MQ=255)
tACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTATTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTc < 1:742693/271‑1 (MQ=255)
cTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGGCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCattatt > 2:1798556/1‑289 (MQ=255)
gCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCAttatttat > 2:1229236/1‑289 (MQ=255)
gCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCAttatttat > 1:1000768/1‑289 (MQ=255)
attaatCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCattatt > 1:925321/1‑246 (MQ=255)
tattatCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATgg > 1:1095065/1‑289 (MQ=255)
attatCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATg < 1:1310927/287‑1 (MQ=255)
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|||
TCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCAAGTGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATGGGGATTCAGGCTCAGTGTTATGCCGTACCGAGTCCGAAAGATATGCTGAGTGTACGTATTCGTGAATTTGCCGCCCGTTTCGGTGCGCTGGCTGACCTTTATATTTTTAAACGTGAACCGCGTTTTTTAGGGCCGCTGGTC > CP042583/1807850‑1808409
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
