Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
662,981 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 662,981 | 0 | A | T | 99.6%
| 555.1
/ ‑4.7
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/126); minor base G (0/1); total (107/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
| * | CP042583 | 662,982 | 0 | C | G | 99.6%
| 550.7
/ ‑4.5
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (106/126); minor base A (0/1); total (107/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 |
| * | CP042583 | 662,983 | 0 | T | A | 99.6%
| 548.1
/ NA
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (107/125); total (107/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAA‑CTATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTA‑CACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTC‑CGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAA > CP042583/662704‑663261
|||
ccGCCTCCCCCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACCCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTa‑ca < 1:650575/289‑1 (MQ=255)
cGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTa‑cac < 1:1950584/289‑1 (MQ=255)
caaccaGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCAc < 1:631211/287‑1 (MQ=255)
ccaGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCAccga < 1:1462079/289‑4 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑TACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CATAGCACCGATTCCATGCCattat > 1:82116/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCCTGTTTTGGCCAAATTTTTATTCTTTT‑CACAGCACCGATTCCATGCAttttt > 2:1412361/6‑287 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCTTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAattta > 2:559202/6‑287 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAattat > 1:1828389/6‑289 (MQ=255)
gtcgaaaGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAattat > 2:1088248/6‑289 (MQ=255)
tggccaaCTTCGTAAAGCCAGCTCGGCGTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCGGTTGTTCTATCAACAGGCGGTTGCCCCCGGAGGAGCGTACTGCAATCATTTTGTAACCCACGACCGCCTGCCATTCTACAAGCTGCTGTTAGGGCAATAGATGGTAACGCCGACAGGCAAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATTTGTATGCCAAAGTATGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 2:238/281‑1 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 1:1127022/287‑1 (MQ=255)
tGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGcc < 1:120147/287‑1 (MQ=255)
ttCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑a > 1:393413/1‑289 (MQ=255)
aaaaCCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCg < 2:144329/289‑1 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCCCGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTAGGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATCATTCGTCCCTTGCTTCGG‑TATCCGCACTTTa > 2:1833976/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACtt > 1:276080/1‑287 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTa > 1:321976/1‑289 (MQ=255)
gTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTa > 1:1632292/1‑289 (MQ=255)
cccgCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTaa < 1:952932/285‑1 (MQ=255)
ccAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTaa < 2:54180/288‑1 (MQ=255)
cggCTGCCAGTGCTTGTGCGCCAGCTGTTTGTCTATCAACCGCACGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACCAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGGACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAata < 2:1649421/287‑1 (MQ=255)
ttCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAatat < 2:1912914/286‑1 (MQ=255)
aGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGAAAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTACAATCAATGGAT‑GAATTGTT‑GGCGTTGTTCATGTTGTTGCCAAAGTCTGATTAGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCATTTATTCATGCCGTGTTCCAT‑TATCCGCACttcacatttgggtgt > 2:49115/1‑276 (MQ=255)
tGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTc > 1:1330975/1‑289 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCTTGCAATTTAACAACCTGCTTTTTGCCAAATGGTTGGTAACCCCACCAGCCAACCACAAAGGGCTCTTTGACCGGTGGGGAAAAAT‑AATGGAATAAATTTGT‑AAGTTTGTCCA‑GTTTTTGCCAAAGGTTGATTCGGTACCAAAGCACGATTT‑CATGCCATTAGTTATACCTTGTTTCAGAAATCCCCACTTCAATATTGGCAtcaaacgct > 2:384479/1‑281 (MQ=255)
gTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTa‑cac > 1:1156894/1‑220 (MQ=255)
cGGCCAGCTGTTGGTCGAACAACAGTCCGGTGGCGCTGGAGGAGCGGACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACACCTGCCATGCTACAAGCTGCGTTTTGGCAAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCAt < 2:517433/288‑1 (MQ=255)
ccAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTaaa > 1:1768834/1‑289 (MQ=255)
cAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAAt > 1:1285435/1‑289 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1768834/289‑1 (MQ=255)
aGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTT‑GCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaa > 1:300749/1‑289 (MQ=255)
cGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATTATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1860382/286‑1 (MQ=255)
cGGGTGCCGCGGAAGGAGCGTACGCCAGTCATTTTGTAACCCACTAAATCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTa < 2:1614679/286‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaaa > 1:1899686/1‑289 (MQ=255)
gTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTaaaaaa > 2:413392/1‑289 (MQ=255)
cGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAaaaataaaa < 2:258181/289‑1 (MQ=255)
cTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAaaataaaata > 2:1227351/1‑289 (MQ=255)
cTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTAGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAaaaataaaat > 1:928478/1‑288 (MQ=255)
gtaggagACTACGACAATCATTTTATAACCCACGAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGTTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTAGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACt < 2:1014266/287‑1 (MQ=255)
gCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGt < 1:1108221/288‑1 (MQ=255)
tACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGa > 1:1853101/1‑289 (MQ=255)
aaTCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATacac < 2:1148511/289‑1 (MQ=255)
aTCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATacac > 1:105929/1‑288 (MQ=255)
aTCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACg < 2:1330975/289‑1 (MQ=255)
tCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAT‑GAATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGTTACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGTTAAAAACTAAAATACTGCGGTCGGAATACACGc > 2:1318180/1‑289 (MQ=255)
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tctGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTC‑CGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACg > 1:1309017/3‑288 (MQ=255)
tGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCt < 1:834296/149‑1 (MQ=255)
tGCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCt > 2:834296/1‑149 (MQ=255)
gCCAAAGTCTGATTCGTTA‑CACAGCACCGATTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTC‑CGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCa < 2:1562312/289‑1 (MQ=255)
|||
CCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAA‑CTATTTGT‑GACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTA‑CACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAG‑AATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTC‑CGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAA > CP042583/662704‑663261
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
