Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
809,137 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 809,137 | 0 | A | T | 99.0%
| 462.9
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (91/106); minor base G (2/0); total (93/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 809,138 | 0 | G | C | 99.0%
| 466.6
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/106); minor base T (2/0); total (93/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 809,139 | 0 | T | A | 99.0%
| 461.7
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (91/106); minor base C (2/0); total (93/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTAGTACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGA‑TAGCACGAGTATTACGAGTATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCAGTGGAATCGTTCTGGGATC > CP042583/808862‑809417
|||
tCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTg < 1:1583854/288‑1 (MQ=255)
cccAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACGGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCg > 1:453821/1‑289 (MQ=255)
acacATGGCCACATGTGAGGTAGGCGTTGTCAGATCATCCTATTTTGCCGGCAACCTGGTCGGGACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTTTTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgct < 2:930406/288‑1 (MQ=255)
cccaTGTCCACATGCCGGTTAGGCGTTGTCAGCTCTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgcttg < 2:1556462/287‑1 (MQ=255)
cacaTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgcttg < 1:936183/289‑1 (MQ=255)
cacaTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgcttg < 1:343082/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCTGGTAGGCGTTGTCAGATAATCATATTTTACCGGGAACCTTGTCGGTACATTGCGGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCGGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTGGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTGGGGTGGTTGTTGAGAGCGGGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 1:1726612/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCAGGTATGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 2:1508255/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 1:1014070/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 1:866852/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 1:846609/289‑1 (MQ=255)
caTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTtgcttgct < 1:1757289/289‑1 (MQ=255)
aTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTTACCGTGGGCGTTtgcttgct > 2:324836/1‑288 (MQ=255)
aTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTtgctg > 1:1182705/1‑289 (MQ=255)
aTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGGTGGCGTTtgcttgctt > 1:1892984/1‑288 (MQ=255)
aTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGACGATTGGACTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATTCTGTTGGTGGTTGTTGATAGCGCGGTGAGGTGTCGTGGGCAGTCACGTGACCGTGGGCGTTTGGTtgctg > 2:450512/1‑289 (MQ=255)
ccACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTCTCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGTCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGTTTGGATTCTGTAGCTGGTTGTGTTTGCTTGTTGGCGCGCGCGTCGGCTGAGCCATGATTTTGGTGGTTGTTTAGCGCGCGCTGATGGGCAGTGGGAGGGTCCGTATCCGTGGGTGTTTACTtgctgtg > 2:1301522/1‑285 (MQ=255)
ctGGCTGGTAGGCGTTGTCAGTTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTTGCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCCGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGGGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatg < 2:1922417/288‑1 (MQ=255)
aTGGCAGGTATGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGCTATGTCATGAAGCGCATTGTCTTTAACCGCAGCTATTATCTGTCCTCCTTCATTTTTTCCGCTGTCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGTTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGGATatg < 1:612132/289‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatga < 1:567887/289‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatga < 2:689280/289‑1 (MQ=255)
ggCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatgat < 2:1253992/289‑1 (MQ=255)
ggTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCG‑TTTGTCGC‑GGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTtta > 1:634383/1‑289 (MQ=255)
gTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgcttg > 1:582891/1‑271 (MQ=255)
gTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTttgcttg < 2:582891/271‑1 (MQ=255)
aGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTAGATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTttat < 1:471546/289‑1 (MQ=255)
gTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTTTCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACg < 1:983823/289‑1 (MQ=255)
tcatCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAAc < 1:1223985/284‑1 (MQ=255)
tCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGGCGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGAGGGTTTATTACGTGGGAACGtttt > 1:1641785/1‑289 (MQ=255)
ccTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCAGGATTTGGGTGGTTGTTTAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGACTATGAATGTTTATTAGTTGGGAACGttttt > 2:1336998/1‑289 (MQ=255)
tttACCTGCAGCCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTCACCGCAGTTATGATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTTGTTGTGGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGcc < 2:1953656/289‑1 (MQ=255)
ccGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGtt > 1:825183/1‑289 (MQ=255)
aaCCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTgg > 1:1897599/1‑289 (MQ=255)
ttGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGG‑TTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGc < 1:68826/289‑1 (MQ=255)
tGTCGGTACGTTGCGGAGGGGGTAGTTCATTAGTCGCGTTGTCTTGAGCGCCAGCTTGTTTTTGCCCTCCTTCGTTGTTGCCGCTGGCTGGGCCGGCCTTGGCCTGAGGATTGGATTTTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGc < 2:522029/289‑1 (MQ=255)
tGTCGGTACATGGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCAGCGGGCTGTGCCGGCTTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCGGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGc < 2:31164/289‑1 (MQ=255)
gTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatga < 1:1820705/244‑1 (MQ=255)
cATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCGGTGCCATGATTTTGGTGGTTGTTGAAAGCGCGCCGCTGTGCAGTGGGACCTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATACGGTGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGTCCCGTTACGGGTCAGGAAAGtgtc > 2:1879902/1‑286 (MQ=255)
tGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGCGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTCGGCGTTTGCTGGCTGCGTATATGTAGGTttatta > 2:1820705/1‑244 (MQ=255)
tGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCAGGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGTCAGTTACTGGTTAGCAACGtttcaa > 2:1858640/1‑284 (MQ=255)
gggTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGa > 1:73016/1‑289 (MQ=255)
ggTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGGGGTTGTTGAGAGCGCGCCGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTTGGCGTTTGCTTGCTGCGTCTATGATGGTTTATTACGTGGGCACGTTTTTAGGCCAGTTCCTGTTCAGCGAAGtttcagcgtagctgag > 2:228457/1‑275 (MQ=255)
gTATGTCATTAAACGCATTGGCTTTACCCGCAGCTTTTATTTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCGGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGAt < 2:1088250/288‑1 (MQ=255)
aTGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGt > 1:1154502/1‑288 (MQ=255)
aTGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGt < 2:1233584/288‑1 (MQ=255)
tAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGGTTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGACCGTTTTTAGGCCAGTTACTg > 1:1344334/1‑253 (MQ=255)
tAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCCTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCGAGTTATTGGTCAGCCAAGTTGCAACCGAGCTGATGTCCGTagt > 2:1394458/1‑286 (MQ=255)
aGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGcc > 2:941522/1‑289 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
