Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
807,128 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 807,128 | 0 | A | T | 100.0%
| 662.8
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (139/139); total (139/139) |
| * | CP042583 | 807,129 | 0 | G | C | 99.6%
| 648.6
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/138); minor base T (1/0); total (139/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 807,130 | 0 | T | A | 99.3%
| 653.4
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/139); minor base C (2/0); total (139/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TGTGATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATG > CP042583/806850‑807409
|||
tCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCtt > 1:757998/1‑289 (MQ=255)
cccAATGCCAATGGCCGCCCGACCGGGGAGAGCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATgc < 2:1843392/278‑1 (MQ=255)
caggCCAATAGCCGGCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCGGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGGGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCCCGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcg < 2:1064984/286‑4 (MQ=255)
tGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcgct < 2:1090032/289‑6 (MQ=255)
cAATAGCCGCCCGACGGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcgctcaa < 1:334521/289‑9 (MQ=255)
aaTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAc < 2:438130/289‑1 (MQ=255)
aTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTaa > 1:1843392/1‑278 (MQ=255)
aTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATATTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAc > 2:1975704/1‑288 (MQ=255)
ccgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCCCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCgggg > 1:46938/1‑288 (MQ=255)
cgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTa < 2:1721362/289‑1 (MQ=255)
cgccCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTa > 1:1893865/1‑289 (MQ=255)
aCCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCt > 1:1241448/1‑289 (MQ=255)
aTACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcagca < 1:1315995/288‑7 (MQ=255)
gCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACg > 2:1781494/1‑289 (MQ=255)
taacTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGaa < 2:1556824/286‑1 (MQ=255)
cTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAgg < 2:902627/264‑1 (MQ=255)
ccGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGt < 1:302256/289‑1 (MQ=255)
gtgtGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCttt > 1:1212184/1‑289 (MQ=255)
tgtgAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCtttt > 1:224452/1‑289 (MQ=255)
agaTGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCATCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTg > 2:1297129/1‑288 (MQ=255)
tGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGt > 2:167043/1‑289 (MQ=255)
tGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGt > 2:216893/1‑289 (MQ=255)
ggAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAg > 1:846192/1‑289 (MQ=255)
gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAg < 2:757998/288‑1 (MQ=255)
tGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAggcgg < 2:1009319/288‑1 (MQ=255)
cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCCTTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCCCCAATGCGCGCTGTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCCCCCCGTACCTAAACCGCACGCGGTCCTATCTTTTTGGCCGTCGGCGGCATCg > 2:1796101/1‑286 (MQ=255)
cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGc < 1:1771751/288‑1 (MQ=255)
cATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGCAGGGGCTTCAGCACTTGGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCgggg > 2:466770/1‑287 (MQ=255)
cGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGc > 2:976929/1‑289 (MQ=255)
cACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGaaaaa > 2:1889971/1‑288 (MQ=255)
cGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCt < 2:601692/289‑1 (MQ=255)
cGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTGTTGCCGTAGGCGGCATCGCCTGGTTGCTGGCAATGCTGGAAAAGcc > 2:1180581/1‑288 (MQ=255)
ttCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtca > 1:989098/1‑285 (MQ=255)
tcAATTTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTCGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTTACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccggc < 1:365896/287‑9 (MQ=255)
gCATTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCTCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccggc < 1:1069678/288‑9 (MQ=255)
aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAGCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCAtt > 2:675844/1‑288 (MQ=255)
aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGATGTCACCGGCAtt > 1:808715/1‑288 (MQ=255)
tgtgTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGACAAAGCTGTCACCGGCATTGc > 2:1101902/1‑289 (MQ=255)
gtgtAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGc > 1:1008524/1‑248 (MQ=255)
aGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACg < 2:836303/289‑1 (MQ=255)
aGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACg < 1:1877732/289‑1 (MQ=255)
aGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACg < 1:1181012/289‑1 (MQ=255)
gCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACg > 1:1656780/1‑288 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCCGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAACGCTGTCACCGGCATTGCGCACGCtggg > 2:1620158/1‑287 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACGGGCATTGCGTagtcggtg > 2:127030/1‑282 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCgg < 2:648276/236‑1 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCt < 1:1954123/263‑1 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 2:234535/1‑287 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
