Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
716,943 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 716,943 | 0 | A | T | 99.8%
| 967.9
/ NA
| 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (198/204); total (199/205) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 716,944 | 0 | G | C | 99.0%
| 930.1
/ NA
| 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (195/202); total (199/205) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 716,945 | 0 | C | G | 99.8%
| 954.5
/ NA
| 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (199/203); total (199/205) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
CTGGCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATT > CP042583/716663‑717224
|||
atcaCCTTGTGCGGCTTGATGCCGCTGAACAAAGGGGGGGAGTTAAGCGGTTATTTTCATGTGCTGAGGAGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACCGAGCGTCGGCGGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATGGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATGCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCACTGGCAGTGAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCa < 2:2270083/289‑1 (MQ=255)
aaGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGa < 2:1780465/269‑1 (MQ=255)
aaGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaa > 1:2656698/1‑289 (MQ=255)
aaGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCGTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGAAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaa > 1:2729315/1‑289 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaaa < 1:1341363/283‑1 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:1482510/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:861884/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:1544580/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTc < 1:1174813/289‑1 (MQ=255)
gctgctGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATc < 1:1133208/289‑1 (MQ=255)
gctgACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTgg > 1:2344039/1‑289 (MQ=255)
ctgACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTGGCTACTGACGCCAATTTGCCACCCGCAAAATATTCTTATCTggg > 2:1143498/1‑289 (MQ=255)
tgACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGTTGGGGCGCAAAATGGTTCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTggg < 1:64861/288‑1 (MQ=255)
tgGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCt > 1:214122/1‑289 (MQ=255)
ttAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTGATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTTAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGAAACCCGCCAAATATTCTTATTTGGGGACGTTCTGGGCtttcgt > 2:1068/1‑285 (MQ=255)
aaGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCAGGTTCGCGACTGACGCCCATTTGCAACCCGCAAAACATTCTTACCTGGGGACGTTCTGGTCtttcgttt > 2:2655937/1‑283 (MQ=255)
ttATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCg < 2:472006/244‑1 (MQ=255)
aTTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCTTTTGCCGGAtt > 2:1908162/1‑289 (MQ=255)
aTTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGAtt > 1:317864/1‑289 (MQ=255)
cTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCaaa > 1:412473/1‑289 (MQ=255)
ggCGGAAAATGGGGCGCCGCGTTGCTACGGGGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg < 2:2692860/288‑1 (MQ=255)
cAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCAcc > 1:1924249/1‑288 (MQ=255)
cAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCAcc > 2:864490/1‑288 (MQ=255)
cAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCAcc > 2:935417/1‑288 (MQ=255)
ggTGCGCCGCTTTGCTTCGGGGCGTCGTCTGGCGATGTTTATGGTGCGGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCCACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctggc < 2:214122/288‑1 (MQ=255)
aCGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGTCCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGa < 1:67344/289‑1 (MQ=255)
ggAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGAc < 2:2049789/288‑1 (MQ=255)
gAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCT‑AAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgc > 1:1661535/1‑288 (MQ=255)
aGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACC‑ACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgct > 2:125990/1‑288 (MQ=255)
cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaaa > 1:984721/1‑199 (MQ=255)
cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaaa > 1:808555/1‑199 (MQ=255)
gTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcc < 2:1590085/288‑1 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcct > 1:2100511/1‑288 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCGGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTTCCCAAATGGCACCGCCGGCTGGCGTAATGCTGCTGACgtccct > 2:810691/1‑283 (MQ=255)
gATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCtgtg < 1:306242/288‑1 (MQ=255)
gATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCtgtg < 1:1415195/288‑1 (MQ=255)
tGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGtgttg > 1:511035/1‑289 (MQ=255)
gCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCg < 1:1095964/215‑1 (MQ=255)
cTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTc > 1:1378807/1‑288 (MQ=255)
tGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTcc > 2:347526/1‑288 (MQ=255)
ggcgtcgCTGCTTTCTACCTGTCTGACCCACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCAAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGa < 2:1522269/289‑1 (MQ=255)
ggcgCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTTCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAg > 2:2200459/1‑289 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGTACAACGGTGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:1384244/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:1277180/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:511035/288‑1 (MQ=255)
gcgttCTACCTTTCTGACCAACGATGTTGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTTTCACGCTAAAAAGACTGTGTGATATCCCGGTTAATAGGCTGATTATTGTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCTACCAGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAAGGGCACCGCTTGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATg < 1:2423330/286‑1 (MQ=255)
ttCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCaa < 2:624418/289‑1 (MQ=255)
cTACCTTACTGCCCAACTATGTGGCGTCTTTTATTGTTGTTCCGCTCACTCTGACGCTAAAAAGACGGGGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATa < 2:281807/289‑1 (MQ=255)
tttCTGGACAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTTTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGTGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATa < 2:1482510/289‑1 (MQ=255)
tttCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATa < 2:245062/289‑1 (MQ=255)
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|||
CTGGCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCTGGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATT > CP042583/716663‑717224
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
