Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
716,943 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 716,943 | 0 | A | T | 99.6%
| 653.0
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/125); minor base G (0/1); total (150/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 716,944 | 0 | G | C | 100.0%
| 641.3
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (150/126); total (150/126) |
| * | CP042583 | 716,945 | 0 | C | G | 99.3%
| 642.4
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (148/126); minor base T (2/0); total (150/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CTGGCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGC > CP042583/716663‑717232
|||
cTGGCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTTTTGTTGTTCCGCTTACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAAACGGCTGATTCTTTTTTAGGCGCTGGACTGTC‑ACGCTGGTTCGCTACTg > 2:1503605/1‑289 (MQ=255)
gCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGCTTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCCGGTTCGCTACTGAc > 2:1220770/1‑288 (MQ=255)
ccATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAAt > 1:1238102/1‑289 (MQ=255)
ttAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCg > 2:1350023/1‑288 (MQ=255)
ttAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGCGTCAGATCCCGGTTAATCGGCTGATCATTTTTGGGGCGCTGG‑CAGTCAACGGTGGTTCGGTAATAAGCCCAATTGGCAACCAGc > 2:773652/1‑289 (MQ=255)
aaGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaa > 2:796614/1‑289 (MQ=255)
ccTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:1876456/1‑288 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTTAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:1151012/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAACatat > 1:224666/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:1572683/1‑287 (MQ=255)
tGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCt > 2:1540656/1‑289 (MQ=255)
gctgctGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATc < 1:961571/289‑1 (MQ=255)
ctgACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTggg > 1:1721855/1‑289 (MQ=255)
ctgACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCCGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCCACCCGCAAAATATTCTTATCTggg > 2:632673/1‑289 (MQ=255)
ctaaaGGTGTGGTGTTCATGGGTTATTTGGGTGGGCTGGGGCGAAAAGTGGTGCGCCGCTCGGGTACGGAGCGTGGGCTGGCGATGTTTAGGGTGCGGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTGCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACg < 2:1273691/287‑1 (MQ=255)
tgGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAACCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCAGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCt > 2:490480/1‑289 (MQ=255)
tgGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTGATGGTTCTGGCGGCGGCGCTGATTTGTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTGATTGTTGTTCGGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGCTAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTCGCGGCTCTGG‑CCGTCAACGCTGTTTCGCTACTGCTGTCATTTGGCTATCCGCAACGTACTAGTATCAGGGGaaaatctggg > 2:1068741/1‑278 (MQ=255)
aaGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCtttcgttt < 1:921744/289‑7 (MQ=255)
aTTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTggg < 2:1410931/261‑1 (MQ=255)
cTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTTGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCaaa > 2:603834/1‑289 (MQ=255)
cTGGCGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTCACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCtaa > 1:1774247/1‑289 (MQ=255)
ggggCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATg > 1:959459/1‑289 (MQ=255)
ggCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg < 2:1378895/288‑1 (MQ=255)
cAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCAcc > 1:646736/1‑288 (MQ=255)
cAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCAcc > 2:508717/1‑288 (MQ=255)
tGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctggctg > 1:848834/1‑288 (MQ=255)
gcctcTTTGCTAGGGGGCGTCGGCTGGCGAGTTTTATGGGGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGgcg < 2:237856/288‑1 (MQ=255)
gccgcTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGgcg < 2:283911/288‑1 (MQ=255)
tGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCCGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCCACCAGCAAAATATTCTTAGCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGTCGGCTTTATTGCCCAAATGGCACCTCTGGCTGGCTCaagtatg > 2:827734/1‑284 (MQ=255)
ggtACGGAGTGTCGGCTGGGGATGTGTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCCACGATGTCGCGCTGTATATTGTTGTTCCGCTGACGATCACGCTAAAAAGTCTGTGTGAGATCCCGGTTAGTCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTGAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTCGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGc < 2:1595874/287‑1 (MQ=255)
gAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACg > 2:1239883/1‑288 (MQ=255)
ggCGTCGGCTGGGGAGGTTTATTGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACgc < 2:936167/287‑1 (MQ=255)
cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGT‑‑GATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCGAGGA‑TGCTGACgctgcg > 2:1865248/1‑285 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACggtcct > 1:1213810/1‑288 (MQ=255)
gATGTTTATGGTGCTTGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACTATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCtgtg < 2:268935/288‑1 (MQ=255)
gATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCtgtg < 2:1738887/288‑1 (MQ=255)
tGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCt < 1:251669/288‑1 (MQ=255)
aTGGTGCTGGCGGCGGCGCTTCGTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGtgtt < 2:1693324/289‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGCGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGTGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTCATTGCCCAATGGTGATCGCTGTCAGGCCCAATGACTGGT‑ATGCTCATGATCCTGTCCTTGTGTTGTGTccg > 2:555714/1‑288 (MQ=255)
tGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCACTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTc > 2:349123/1‑287 (MQ=255)
ggcgCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGTCATGA‑TGCGGACGCGCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTGCCCTGGAAAg > 2:1174323/1‑289 (MQ=255)
gcgcTGGTTTCTGCCTTTCTGCCAAACGATGTCGCACTGTTTATTGTTGTTCAGCTGACGTCTAGGTGAAAAATACTGTGTGAGCTCCCGGTTTATCGTCTGATTATTTTTGAGGCGCGTG‑CAGTCAACGCTTGTGCGCTACTGACGCCAATTGGCACCCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGGGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTGTCCCTGGAAAgg < 2:224666/289‑1 (MQ=255)
gactgctTTCTTCCCTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATAACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:880597/286‑1 (MQ=255)
ctctgctTTCTACCTATCTGACCAACGATGTCGCTCTGTTTATTGGTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGGGATCCCGGTTAATAGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:1705981/286‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:616294/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:1006281/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGc > 1:1623466/1‑289 (MQ=255)
gctTTCGTCCTTTCTGACCAACGGTGTCGCGCTGTTTAGTGTTGTTCCGCTGACTATACCGCTAAAAAGACTGTGTGTGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGGGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTGGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTGCCTGGAAAGGCGATg < 2:1774247/289‑1 (MQ=255)
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|||
CTGGCACACCATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGG‑CAGTCAACGCTGGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGA‑TGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGC > CP042583/716663‑717232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
