Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F210 I1 R1
|
4928 |
368.7 |
6392010 |
97.5% |
6232209 |
231.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
716,943 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 716,943 | 0 | A | T | 99.8%
| 972.7
/ ‑5.8
| 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (201/203); minor base C (0/1); total (201/204) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 716,944 | 0 | G | C | 99.8%
| 952.4
/ NA
| 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (200/202); total (201/204) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 716,945 | 0 | C | G | 99.5%
| 956.1
/ NA
| 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (201/201); minor base T (0/2); total (201/204) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
CATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGA > CP042583/716672‑717215
|||
catcatCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAAtt > 2:1534566/1‑289 (MQ=255)
cGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaaaa < 2:753196/288‑1 (MQ=255)
ccTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 2:1235645/1‑288 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGTTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 2:366092/1‑287 (MQ=255)
cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:511023/1‑287 (MQ=255)
aGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCt < 1:1235645/289‑1 (MQ=255)
tgGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTgggg < 2:2501342/277‑1 (MQ=255)
aaGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATc < 1:770509/265‑1 (MQ=255)
aGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCtttcgttt > 1:1359393/1‑282 (MQ=255)
cGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGcc > 1:1472315/1‑289 (MQ=255)
tttGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCGTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCTGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACAAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTa < 2:3002484/289‑1 (MQ=255)
tgttgtgCTGGGGGGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGCGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTAtt < 2:2369608/286‑1 (MQ=255)
tgtgCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGc < 1:3152355/288‑1 (MQ=255)
gtgCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGccc > 1:1589459/1‑289 (MQ=255)
ggCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg < 2:1607936/288‑1 (MQ=255)
cTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATAtt > 1:249630/1‑217 (MQ=255)
tGCTACGGGGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACTATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctggc < 1:2826928/276‑1 (MQ=255)
tGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGa > 1:2761286/1‑188 (MQ=255)
tagcgAGCGTCGGCTGGCGATGTTTTTGGGGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCGTTCTGACCAACGATGCCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATAACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCt < 2:1387568/284‑1 (MQ=255)
cGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg > 2:1814671/1‑261 (MQ=255)
aGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg < 1:603452/258‑1 (MQ=255)
cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCGCGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCTCTGGGCGGCGCAATGATGCTGACgct > 2:1864032/1‑287 (MQ=255)
cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctc > 2:65196/1‑288 (MQ=255)
gTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcc < 2:511023/288‑1 (MQ=255)
gTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcc < 1:2339437/288‑1 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCtt > 2:715491/1‑205 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctgg > 2:1182154/1‑263 (MQ=255)
tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGGTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGCTGCTGCCcctcct > 2:1924971/1‑288 (MQ=255)
cGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCtttcgtttgc > 2:2340731/1‑218 (MQ=255)
tGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTc > 1:906853/1‑287 (MQ=255)
gcggcggcgCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTg > 1:1291257/1‑289 (MQ=255)
ggcgCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCATATGGCACCGCTGGCTTGCTCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCGGGTGTTTGTTCCTTGCaatg > 2:1694736/1‑287 (MQ=255)
ggcgCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTCCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAg > 2:1949379/1‑289 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACTAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:2294788/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCACCGTGGTCGCGCTGTTTATTGTGGTTCCGCTGACTATAACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:1463563/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:555072/288‑1 (MQ=255)
cgcTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 1:152302/288‑1 (MQ=255)
tgctTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATAGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAAGTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGTACGTTCGGGTCTTTCGTTTGCCGGCTTTATTGCCCTAAGTGCACCCCTGGCTGGTGCAAGGAGGCTGAAGCTCTTGCTCCGGTGCTGGTATTGTTTCGCTGGAATGGCGAt > 2:2279282/1‑289 (MQ=255)
gctTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATg < 2:305427/289‑1 (MQ=255)
gacggcTACCTTTCTGCCCAACGTTGTCGCGCTGTTTATTGTGGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAGGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGa < 2:844938/282‑1 (MQ=255)
tttCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCa < 1:420567/289‑1 (MQ=255)
ttCTACCGTTCTGACCAACGATGTGGTGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCGTATCTGGGGACGTTCTGGTCTGTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCaa < 2:1048759/289‑1 (MQ=255)
cTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATa < 1:2669886/289‑1 (MQ=255)
tACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctggc < 1:852285/222‑1 (MQ=255)
ttCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGAc < 2:2025772/235‑1 (MQ=255)
ttCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGAc > 1:2025772/1‑235 (MQ=255)
ttCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTTCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGTTGCCATCCCATAc > 2:110433/1‑289 (MQ=255)
ttCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGACAGGCGATGCAATACCATAc > 1:295983/1‑289 (MQ=255)
aCCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAgg < 2:3157177/268‑1 (MQ=255)
cGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCaa > 2:896327/1‑289 (MQ=255)
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gcTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTgg > 1:1772850/1‑289 (MQ=255)
|||
CATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGA > CP042583/716672‑717215
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
