Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F184 I0 R1
|
28 |
86.6 |
1465572 |
97.6% |
1430398 |
267.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
451,643 |
G→A |
76.7% |
intergenic (‑33/+427) |
cyoA ← / ← ampG |
cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 451,643 | 0 | G | A | 76.7%
| 127.7
/ 31.8
| 61 | intergenic (‑33/+427) | cyoA/ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base A (17/29); total (25/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGA > NC_000913/451362‑451906
|
tgACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAg > 1:258054/1‑289 (MQ=255)
tgACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAg > 1:341635/1‑289 (MQ=255)
gTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGtgtgtg > 2:581279/1‑289 (MQ=255)
ttCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTgg > 2:596202/1‑289 (MQ=255)
tCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTggg < 2:250347/289‑1 (MQ=255)
tACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATAAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTTAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CACCGGGATTTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGATTTTTAc > 2:659419/1‑289 (MQ=255)
aCTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATTGGGTTGCGTTTAAAGTTCTTGGGCCTTTTACg > 2:373494/1‑289 (MQ=255)
ttAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGTGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACggg < 2:341635/289‑1 (MQ=255)
ttAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACggg < 1:590763/289‑1 (MQ=255)
aGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGaa < 1:422239/289‑1 (MQ=255)
aTCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAgg < 2:229600/288‑1 (MQ=255)
tATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAAAAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACAt < 2:283912/289‑1 (MQ=255)
cGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGTAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCATGGGATCTGGTGGCTTTTAACGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTTATGTa > 2:297234/1‑289 (MQ=255)
cGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTa > 1:533482/1‑289 (MQ=255)
cGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACa < 1:171041/289‑1 (MQ=255)
cGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACa < 2:496851/289‑1 (MQ=255)
cGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACa < 1:186269/289‑1 (MQ=255)
ggCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAAtt > 2:206787/1‑288 (MQ=255)
cGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGa < 1:106257/279‑1 (MQ=255)
cGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGa > 2:106257/1‑279 (MQ=255)
tCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTg > 1:673796/1‑288 (MQ=255)
aaGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCt < 2:406160/289‑1 (MQ=255)
ttGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGcc < 2:513432/288‑1 (MQ=255)
ttGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGcc < 2:250827/288‑1 (MQ=255)
ttGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCa < 2:509469/289‑1 (MQ=255)
tAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTAAGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACata < 1:596202/289‑1 (MQ=255)
aCAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTg < 2:258054/289‑1 (MQ=255)
cAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTg < 1:206787/288‑1 (MQ=255)
aCCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATaa < 2:73147/289‑1 (MQ=255)
ccAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat < 1:269649/286‑1 (MQ=255)
tCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAg > 2:71337/1‑289 (MQ=255)
cAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTgggc > 1:225831/1‑289 (MQ=255)
aGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTgggcg < 2:225831/289‑1 (MQ=255)
aGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTgggc < 1:373494/288‑1 (MQ=255)
aTTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTgggcg < 1:581279/286‑1 (MQ=255)
ttACAGCCAC‑GAGCAAATACAGTCCTGGCAAATAATAAAAACCATCCCAAACTTTTATGTTATTTCCTGATTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCCCGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGAAAGTTTACTTTACTGTAAAAATGTTTAATTTCCTGTTACTTGG‑TTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa < 2:475743/289‑1 (MQ=255)
tACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa < 1:248767/289‑1 (MQ=255)
tACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa < 1:297234/289‑1 (MQ=255)
cAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat > 2:174785/1‑251 (MQ=255)
cAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATTCCCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat < 1:174785/251‑1 (MQ=255)
aCTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGtt < 2:285324/243‑1 (MQ=255)
aCTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGtt > 1:285324/1‑243 (MQ=255)
tGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGC‑GCCCGGTTAACTATTTTTCAAAACATTACAGGTTGGTTTTAAAGAGCTGTTTCAAAAAGGCGTTATAAAAAAAGGGGAAGTG‑TGAAGGAATTCGGGGGGGGCATTTGTATaa > 1:475743/1‑288 (MQ=255)
tGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGcc < 1:719613/168‑1 (MQ=255)
tGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGcc > 2:719613/1‑168 (MQ=255)
gCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGAAACACATATCAGGTTGATTTTCAGAATCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGATTCTGGGCGGGCAATTGGTGTAAACAATGTGAAATaacaa > 2:280285/1‑286 (MQ=255)
taatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa > 1:590420/1‑258 (MQ=255)
taatGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa < 2:590420/258‑1 (MQ=255)
cAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAAc > 1:539120/1‑289 (MQ=255)
ccATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACaaa < 1:71337/289‑1 (MQ=255)
cccAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAaataat > 2:297815/1‑289 (MQ=255)
ttttATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCAtt < 2:539120/289‑1 (MQ=255)
aTTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTagag < 1:659419/289‑1 (MQ=255)
tttCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTggg < 2:261611/221‑1 (MQ=255)
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gTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCaa < 1:175998/220‑1 (MQ=255)
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ccTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTTGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGa < 2:533482/289‑1 (MQ=255)
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cTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat < 2:325783/168‑1 (MQ=255)
|
TGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGA > NC_000913/451362‑451906
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
