Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I1 R1
|
225 |
156.4 |
11709729 |
83.8% |
9812752 |
75.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,734,264 |
2 bp→GC |
coding (542‑543/825 nt) |
bax ← |
putative ATP‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,734,264 | 0 | C | G | 98.6%
| 394.7
/ ‑6.5
| 148 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (85/60); minor base T (0/2); total (86/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | NC_000913 | 3,734,265 | 0 | G | C | 100.0%
| 417.5
/ NA
| 148 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (86/62); total (86/62) |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGCA > NC_000913/3734196‑3734333
||
tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 2:2080237/1‑76 (MQ=255)
cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCTCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt < 2:5659586/76‑1 (MQ=255)
cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt > 1:3597043/1‑76 (MQ=255)
ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc < 2:5312801/76‑1 (MQ=255)
ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc > 2:1983922/1‑76 (MQ=255)
ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc > 1:2921894/1‑76 (MQ=255)
tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 2:5441979/1‑76 (MQ=255)
tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc < 2:434367/76‑1 (MQ=255)
gACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCg < 1:4282273/76‑1 (MQ=255)
aCAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGa < 1:5724455/76‑1 (MQ=255)
aCAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCCATTTCATTCCGa > 2:5848974/1‑76 (MQ=255)
aGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAAc < 1:543404/76‑1 (MQ=255)
gAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTGATGCCGAACa < 1:1576311/76‑1 (MQ=255)
gAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACa < 1:3577301/76‑1 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt < 1:425244/76‑1 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt < 2:4832565/76‑1 (MQ=255)
tAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgtt > 2:3473328/1‑76 (MQ=255)
tAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgtt > 1:4151362/1‑76 (MQ=255)
tAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgtt > 2:4039989/1‑76 (MQ=255)
tAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgtt > 2:4310513/1‑76 (MQ=255)
tAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgtt < 1:427040/76‑1 (MQ=255)
aaaCTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttg > 1:2999893/1‑76 (MQ=255)
cTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttg < 2:4056435/76‑1 (MQ=255)
tgtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCTCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgt < 1:2155150/76‑1 (MQ=255)
tgtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgt > 2:3976795/1‑76 (MQ=255)
tgtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgt > 2:2294448/1‑76 (MQ=255)
gtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCCTTTCATGCCGAACAGgttgttgtt > 2:71904/1‑76 (MQ=255)
gtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgtt > 1:2032566/1‑76 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgt > 2:132965/1‑76 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgt > 1:1606443/1‑76 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgt > 1:3314421/1‑76 (MQ=255)
aGTACCCTTTCACTTTGCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgtt < 1:2701765/76‑1 (MQ=255)
gTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGttgttgttgttg < 1:1414110/76‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 1:2080237/76‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 2:4085673/76‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 1:3039527/76‑1 (MQ=255)
aCCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcg < 2:379524/76‑1 (MQ=255)
aCCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGGTTGTGTTgcg > 1:737943/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 1:1771901/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc < 2:3006940/76‑1 (MQ=255)
ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg > 2:2056063/1‑76 (MQ=255)
ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg < 2:1254737/76‑1 (MQ=255)
cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 1:4115704/1‑76 (MQ=255)
cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 1:106345/1‑76 (MQ=255)
cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 2:1233507/1‑76 (MQ=255)
tttCACTTTGCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGcc < 2:5778571/76‑1 (MQ=255)
tttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGcc < 2:2513096/76‑1 (MQ=255)
tgtCACATTGCCTGGCGCATTGGTGCAACGTCCGTTCATGCGTTTCATTCCGCACAGGGTGTTGTTGTTGCGcccc < 2:2124330/74‑1 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa < 1:4567375/76‑1 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa > 1:1754625/1‑76 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa < 2:4367393/76‑1 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa < 2:4736285/76‑1 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGCACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACACGTTGTTGTTGCTGCGCGccc > 2:1807024/1‑75 (MQ=255)
tCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAg > 1:5836085/1‑76 (MQ=255)
tCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGCTGCGCGCCAg > 2:1741752/1‑76 (MQ=255)
aCTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCt > 2:1491923/1‑76 (MQ=255)
aCTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCAGTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGCTGCGCGTCAGCt > 1:3281143/1‑76 (MQ=255)
cTTTCCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtt < 2:1566523/76‑1 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAGCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtt < 1:2863423/76‑1 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtt > 2:151494/1‑76 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtt > 1:932361/1‑76 (MQ=255)
tttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTc < 1:5072537/76‑1 (MQ=255)
tttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTc < 2:718827/76‑1 (MQ=255)
tttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTc < 2:4392128/76‑1 (MQ=255)
ttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCg < 2:1282835/76‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 2:2620818/1‑76 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 2:3531715/76‑1 (MQ=255)
aCCGGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 2:4615241/76‑1 (MQ=255)
ccTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGGGCGCCGGGTTCGACg > 1:2373754/1‑76 (MQ=255)
tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 2:4779195/1‑76 (MQ=255)
tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTCCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 1:2536920/1‑76 (MQ=255)
tGGCGCAGTGGTACAACGGCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGCTGCTGCGCGCCAGCTTCGCCGtc > 2:5120674/1‑75 (MQ=255)
ggCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTc < 2:106345/76‑1 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGCCGTTcccc > 2:5353813/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc > 2:2054838/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc > 2:4905682/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc < 1:2742195/76‑1 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGCTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc > 2:2583799/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCACGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc < 1:2514761/76‑1 (MQ=255)
cATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCa > 2:1627172/1‑76 (MQ=255)
cATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGGTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTAGACGTTGCCCa > 1:1954137/1‑76 (MQ=255)
tttGGTGCAACGTCCTTTCATTCGTTTCATGCCGGTCCGGTTGTTGTTGTTGGGCGGTGGCTGCGACGTTCCCCaa < 2:4639109/75‑1 (MQ=255)
aTTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCaa < 1:2294448/76‑1 (MQ=255)
tGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCt < 1:614487/60‑1 (MQ=255)
tGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCt > 2:614487/1‑60 (MQ=255)
tGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAcc < 1:418320/76‑1 (MQ=255)
gTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAcccc > 2:1751896/1‑74 (MQ=255)
gTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGc > 2:5088893/1‑76 (MQ=255)
gTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGc < 1:4352814/76‑1 (MQ=255)
cAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCttt > 2:2228861/1‑76 (MQ=255)
aaCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTc > 1:2160502/1‑76 (MQ=255)
aaCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTc > 2:1066867/1‑76 (MQ=255)
aCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGTGCCAGCTTCGCCGTTCCCCAACCGGTTTct < 1:5582496/76‑1 (MQ=255)
cGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctc > 2:5534755/1‑75 (MQ=255)
gTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctgc > 1:4941755/1‑76 (MQ=255)
gTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctgc < 2:1220091/76‑1 (MQ=255)
tCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctgct < 1:4784890/76‑1 (MQ=255)
cTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTGGTTGTTGAGCGCCAGCTTCGACGGTCTCCAACCGCCTTctgcttc > 1:5447018/1‑74 (MQ=255)
tttCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGCa < 2:3120670/76‑1 (MQ=255)
tttCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGCa < 2:2478093/76‑1 (MQ=255)
||
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGCA > NC_000913/3734196‑3734333
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
