Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F999 I1 R1
|
226 |
132.7 |
9745491 |
85.7% |
8351885 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,734,264 |
2 bp→GC |
coding (542‑543/825 nt) |
bax ← |
putative ATP‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,734,264 | 0 | C | G | 99.2%
| 350.3
/ NA
| 134 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (72/60); minor base T (0/1); total (73/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
| * | NC_000913 | 3,734,265 | 0 | G | C | 99.2%
| 354.2
/ ‑6.0
| 134 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (72/61); total (73/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGC > NC_000913/3734196‑3734332
||
tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 2:1327015/1‑76 (MQ=255)
tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 1:846708/1‑76 (MQ=255)
tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa < 1:510088/76‑1 (MQ=255)
cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt < 1:2478521/76‑1 (MQ=255)
tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc < 1:505249/76‑1 (MQ=255)
tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 1:4011348/1‑76 (MQ=255)
tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 2:2993150/1‑76 (MQ=255)
aCAGAGCTAAACTGTGATTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGa < 2:1357096/76‑1 (MQ=255)
aCAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGa > 2:4108903/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGaa > 2:4122374/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGaa > 1:4767129/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGaa > 2:2865895/1‑76 (MQ=255)
aGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAAc < 1:3792692/76‑1 (MQ=255)
aGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAAc > 1:3208079/1‑76 (MQ=255)
gAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACa > 1:1674141/1‑76 (MQ=255)
aaCTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAg < 1:1205409/76‑1 (MQ=255)
aCTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAgg > 2:1250807/1‑76 (MQ=255)
aCTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAgg > 2:453749/1‑76 (MQ=255)
aCTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAgg > 1:3704542/1‑76 (MQ=255)
aCTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCACTGGTACCACGTCCTTTAATGGATTTCATGCCGAACAgg > 1:3735690/1‑76 (MQ=255)
ctcaaCTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCCTTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt > 2:1218274/4‑76 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt > 2:1207298/1‑76 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt > 1:1255962/1‑76 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt > 1:191534/1‑76 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt < 2:2641615/76‑1 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgt > 2:3133549/1‑76 (MQ=255)
cTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGCCCCTTTGGACCAACGCCTTTCCATCCATTCCATGCCGAACAGgt > 2:493753/1‑76 (MQ=255)
cTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttg > 1:3973035/1‑76 (MQ=255)
cTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttg < 2:2082288/76‑1 (MQ=255)
tgtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgt > 2:2722664/1‑76 (MQ=255)
gtgAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgtt > 1:3054559/1‑76 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACACCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttggtgt > 1:2774410/1‑76 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgt < 2:2885532/76‑1 (MQ=255)
gAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGgttgttgttgt < 1:444572/76‑1 (MQ=255)
gtgcccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGttgttgttgttg < 2:1059632/73‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 1:2869427/76‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 1:2855822/76‑1 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc > 1:2736206/1‑76 (MQ=255)
tACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgc < 1:2817170/76‑1 (MQ=255)
tcccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcg < 1:2551662/75‑1 (MQ=255)
cccTTTCACTTTCCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATTCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc < 1:404807/76‑1 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 2:1981243/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 2:4726528/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 1:4521657/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 2:1768897/1‑76 (MQ=255)
cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc < 1:3596879/76‑1 (MQ=255)
ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg < 2:36185/76‑1 (MQ=255)
ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg < 1:4127211/76‑1 (MQ=255)
ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg < 1:3237530/76‑1 (MQ=255)
ttCGCTTTACCTTGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa < 2:2315437/76‑1 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa > 2:2893807/1‑76 (MQ=255)
ttCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTAATCTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCa > 2:3547589/1‑76 (MQ=255)
tCACTTTACCTGGCGCATTGGTCCAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAg > 1:4232514/1‑76 (MQ=255)
tCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAg > 2:1619361/1‑76 (MQ=255)
acgttACATGGCGCATTGGGACAACGTCCGTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGATGTTGGTGTGGCGCGCCAGCt > 1:2581204/4‑76 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtt > 2:643459/1‑76 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtn < 1:1250808/76‑2 (MQ=255)
cTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCtc > 2:367130/1‑75 (MQ=255)
tttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTc < 2:1067037/76‑1 (MQ=255)
tttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTc < 1:1943215/76‑1 (MQ=255)
ttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCg < 1:3530541/76‑1 (MQ=255)
tccTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 1:55443/75‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 1:1327016/76‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 2:4747817/1‑76 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 1:1603216/76‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 1:3207323/1‑76 (MQ=255)
ccTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCCGCTTCGACg > 2:1625319/1‑76 (MQ=255)
cTGGCGCATTGTTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTTTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2806472/76‑1 (MQ=255)
cTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2984420/76‑1 (MQ=255)
cTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2788237/76‑1 (MQ=255)
tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 1:2990643/1‑76 (MQ=255)
tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt < 2:528700/76‑1 (MQ=255)
tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCCCGCCAGCTTCGCCGtc > 2:1442585/1‑75 (MQ=255)
ggCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTc > 1:3318239/1‑76 (MQ=255)
ggCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCACCCTCGACGCTc > 2:2303211/1‑76 (MQ=255)
ggCGCAGTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTc < 2:210954/76‑1 (MQ=255)
gcgcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcc < 2:3872171/76‑1 (MQ=255)
cgcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCTAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCCGCTTCGCCGTTccc < 1:1602762/76‑1 (MQ=255)
cgcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTccc > 1:2361030/1‑76 (MQ=255)
cgcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTccc > 1:1976786/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc < 2:575816/76‑1 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc > 1:1953192/1‑76 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc < 1:2320774/76‑1 (MQ=255)
gcATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTcccc > 2:198372/1‑76 (MQ=255)
gaTTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCa < 2:160856/75‑1 (MQ=255)
ttGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAc > 2:1700223/1‑76 (MQ=255)
ttGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAc > 1:4165667/1‑76 (MQ=255)
ttGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAc > 2:2463006/1‑76 (MQ=255)
ttGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAAc > 2:2446813/1‑76 (MQ=255)
ttGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGCTCCCCCAc > 2:4148105/1‑76 (MQ=255)
aCAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCtt > 1:1758911/1‑76 (MQ=255)
aaCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTc < 2:3716606/76‑1 (MQ=255)
aaCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTc > 1:1763323/1‑76 (MQ=255)
aCGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTct < 2:1091212/76‑1 (MQ=255)
cGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctg > 1:1360182/1‑76 (MQ=255)
gTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctgc > 2:3305620/1‑76 (MQ=255)
tCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTctgct < 1:4154211/76‑1 (MQ=255)
ccTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCCCTTTctgctc > 2:1796036/1‑75 (MQ=255)
cTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCtgctgc < 1:149975/76‑1 (MQ=255)
cTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCtgctgc > 2:5347/1‑76 (MQ=255)
||
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGC > NC_000913/3734196‑3734332
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
