Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I1 R1
|
225 |
156.4 |
11709729 |
83.8% |
9812752 |
75.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,870,631 |
Δ1 bp |
coding (610/1764 nt) |
dgoA ← |
2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,870,630 | 0 | C | . | 99.4%
| 797.8
/ ‑2.7
| 178 | coding (611/1764 nt) | dgoA | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base . (84/91); minor base G (0/1); total (84/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701
|
tCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATCTTGGTGATTTTCATTGCAc < 1:3495595/76‑1 (MQ=255)
tCGGTTTCGATTTTCGCGAGCGTCCAGCGGGGCGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgc < 2:5664021/76‑4 (MQ=255)
ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCCTCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct < 1:5374958/76‑1 (MQ=255)
ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct > 2:5016921/1‑76 (MQ=255)
gTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctc > 2:2485165/1‑76 (MQ=255)
tttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATAAGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctct > 1:508290/1‑76 (MQ=255)
ttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc > 2:433461/1‑76 (MQ=255)
cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa < 1:4103940/76‑1 (MQ=255)
ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATat < 1:1352496/76‑2 (MQ=255)
ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 2:4833524/76‑1 (MQ=255)
ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 1:3952270/76‑1 (MQ=255)
tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg < 1:2960114/76‑1 (MQ=255)
tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg < 2:1211031/76‑1 (MQ=255)
tCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGcc < 2:5322792/76‑1 (MQ=255)
cAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCt < 1:1630929/76‑1 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCtt < 1:3678469/76‑1 (MQ=255)
aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCtt > 1:3491738/1‑76 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTGAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGTCTTa > 1:237823/1‑76 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:4187948/1‑76 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:4126423/1‑76 (MQ=255)
aaCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAAc < 1:2337407/76‑1 (MQ=255)
aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa < 2:4760736/76‑1 (MQ=255)
aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 1:3045690/1‑76 (MQ=255)
cATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACaa > 2:2133602/1‑76 (MQ=255)
cATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACaa > 1:1718144/1‑76 (MQ=255)
tCCAGCGGGGAGGTACACGATACGTGTTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt < 1:1147555/76‑1 (MQ=255)
ccAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg < 1:411773/76‑1 (MQ=255)
ccAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg < 1:2781763/76‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc < 1:602142/76‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc > 2:2422126/1‑76 (MQ=255)
cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc > 2:890939/1‑76 (MQ=255)
aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct > 1:213347/1‑76 (MQ=255)
aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct > 1:4717535/1‑76 (MQ=255)
cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc > 1:5671404/1‑76 (MQ=255)
cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc > 1:1716097/1‑76 (MQ=255)
ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct > 1:1428300/1‑76 (MQ=255)
ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct < 1:2995185/76‑1 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg > 2:4554767/1‑76 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg > 2:1904710/1‑76 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt > 1:5220977/1‑69 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt < 2:5220976/69‑1 (MQ=255)
ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc < 2:3734252/76‑1 (MQ=255)
ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc > 1:711032/1‑76 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc > 1:2261922/1‑76 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc < 2:1706538/76‑1 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATATTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc < 1:5048595/76‑1 (MQ=255)
aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct > 1:191652/1‑76 (MQ=255)
aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct < 1:5587761/76‑1 (MQ=255)
aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct > 2:2659192/1‑76 (MQ=255)
gTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgc < 1:4644889/76‑1 (MQ=255)
tAAACGATGCGTGGTATTTTTTGTGATTTTCATGGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTACCAAATGctgctgcctgct < 1:1866495/76‑1 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct < 1:4905128/76‑1 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct > 1:2059763/1‑76 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct > 1:4333813/1‑76 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg > 1:4296840/1‑76 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGccgctgaatgctg > 1:2707976/1‑76 (MQ=255)
aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc > 2:362591/1‑76 (MQ=255)
aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 2:2860162/76‑1 (MQ=255)
aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 2:646049/76‑1 (MQ=255)
aaCGATACGTGGAAATTTTGGGGATTTTCATTGAA‑CTGCCTCTCGATACGCATTAACAAATGcttctgcctcctgc > 2:3791088/1‑76 (MQ=255)
aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcg < 2:4506228/76‑1 (MQ=255)
cGATACGTGGTATTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc < 2:1876449/76‑1 (MQ=255)
cGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc > 2:5184762/1‑76 (MQ=255)
gATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGcgcg < 1:4980461/76‑1 (MQ=255)
aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg > 2:5040693/1‑76 (MQ=255)
aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg > 1:1520208/1‑76 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTg > 2:1548007/1‑76 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAANNCTGCTGCNTGCTGCGCGGTnc < 1:2684214/76‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg > 2:40754/1‑76 (MQ=255)
gTGGCATTTTTGGTGATTTGCATTGC‑CCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg < 1:4396065/76‑1 (MQ=255)
tGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 1:2928577/1‑76 (MQ=255)
aggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 2:2045852/2‑76 (MQ=255)
tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 1:1146075/76‑1 (MQ=255)
tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 1:4787894/76‑1 (MQ=255)
tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 2:2237898/76‑1 (MQ=255)
tAATTTTGGGGGTTTTCGTTGC‑GCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 2:5170422/76‑1 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc > 2:4890234/1‑76 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc < 1:1976529/76‑1 (MQ=255)
ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg < 2:2851744/76‑1 (MQ=255)
tttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg < 2:1596736/76‑1 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGa > 2:3737933/1‑76 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGa < 1:5367795/76‑1 (MQ=255)
tGGTGTTTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAt < 1:260586/76‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTTCATTGC‑CCTGCCTCACGATACGCCTTAACACCTGCTGCTGCCTGCTCCGCGGTGCGCTCTCCGGAtt < 1:839680/76‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAtt < 2:3923434/76‑1 (MQ=255)
gTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTg > 2:4207296/1‑76 (MQ=255)
tGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGc > 1:3399241/1‑76 (MQ=255)
aTTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc > 2:3564262/1‑76 (MQ=255)
aTTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc < 2:3491738/76‑1 (MQ=255)
ttttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg > 2:1165678/1‑76 (MQ=255)
tttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGCGCGCTCTACGGCTCGccccg > 2:5705646/1‑74 (MQ=255)
ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg < 2:4680491/49‑1 (MQ=38)
ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg > 1:4680492/1‑49 (MQ=38)
ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgc > 2:2681026/1‑76 (MQ=255)
tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg < 1:1539199/76‑1 (MQ=255)
cATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc < 1:2276168/76‑1 (MQ=255)
cATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc < 1:3563143/76‑1 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg > 1:3960296/1‑76 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg < 2:2928577/76‑1 (MQ=255)
ttGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGa < 1:2534710/76‑1 (MQ=255)
|
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
