Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
715 |
38.4 |
1606192 |
96.6% |
1551581 |
120.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,591,603 |
G→A |
*119* (TAG→TAA) |
yffB → |
putative ArsC family reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,591,603 | 0 | G | A | 100.0%
| 75.6
/ NA
| 25 | *119* (TAG→TAA) | yffB | putative ArsC family reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (11/14); total (11/14) |
CCTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTG > NC_000913/2591476‑2591727
|
ccTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg < 1:793547/139‑1 (MQ=255)
ctGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGccc < 1:621415/139‑1 (MQ=255)
tGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaa > 2:728446/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaaca > 1:246471/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGCGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaaca > 1:467079/1‑139 (MQ=255)
gCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTc > 2:618562/1‑139 (MQ=255)
aTTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgcc < 2:467079/139‑1 (MQ=255)
ttATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgccg < 1:618562/139‑1 (MQ=255)
tCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGccc < 1:645480/139‑1 (MQ=255)
aaaCGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCtt > 1:95321/1‑139 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg > 2:754752/1‑93 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg < 1:754752/93‑1 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTg > 2:131312/1‑139 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTg > 1:647824/1‑139 (MQ=255)
tGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTcc < 1:795242/139‑1 (MQ=255)
ctctGCGTGCCCGGTAAGTCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtg < 1:543328/139‑1 (MQ=255)
aaGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg > 1:257445/1‑71 (MQ=255)
aaGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg < 2:257445/71‑1 (MQ=255)
aGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCa < 1:332215/139‑1 (MQ=255)
gctgctGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTttg < 1:209278/139‑1 (MQ=255)
cAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGt > 1:71730/1‑139 (MQ=255)
gATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGc < 2:647824/139‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATg > 1:714689/1‑102 (MQ=255)
tCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATg < 2:714689/102‑1 (MQ=255)
ttttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACACCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTGCCAGGCGATCGGTTTTACCGt < 2:71730/139‑1 (MQ=255)
ttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTg < 2:20115/139‑1 (MQ=255)
|
CCTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTG > NC_000913/2591476‑2591727
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
