Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I1 R1
|
750 |
51.0 |
2595496 |
93.6% |
2429384 |
106.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,591,603 |
G→A |
*119* (TAG→TAA) |
yffB → |
putative ArsC family reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,591,603 | 0 | G | A | 100.0%
| 128.7
/ NA
| 41 | *119* (TAG→TAA) | yffB | putative ArsC family reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/20); total (21/20) |
GATGCGGCCTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCA > NC_000913/2591469‑2591733
|
gATGCGGCCTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTa > 2:1092045/1‑139 (MQ=255)
tGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCg > 2:471382/1‑139 (MQ=255)
gcggcgGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCgg > 1:748504/1‑139 (MQ=255)
cggcATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTAt < 1:1092045/139‑1 (MQ=255)
tGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaa > 1:464870/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaaca > 2:920524/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACacaaca > 1:453539/1‑139 (MQ=255)
tATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgccgc < 1:1293714/139‑1 (MQ=255)
aTCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa > 1:390184/1‑113 (MQ=255)
aTCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 2:390184/113‑1 (MQ=255)
aTCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc < 1:751152/139‑1 (MQ=255)
tCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGccc < 2:453539/139‑1 (MQ=255)
aaaCGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCtt > 1:576716/1‑139 (MQ=255)
cGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCATCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCTCCCTTccc > 1:767392/1‑139 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca > 2:717444/1‑114 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca < 1:717444/114‑1 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc > 1:170702/1‑131 (MQ=255)
tCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc < 2:170702/131‑1 (MQ=255)
ttGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTc < 1:471382/139‑1 (MQ=255)
ctctGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtg < 2:418335/139‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGc < 2:430994/97‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGc > 1:430994/1‑97 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtgatg < 2:576716/139‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtgatg > 2:151600/1‑139 (MQ=255)
cccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca < 2:896660/98‑1 (MQ=255)
cccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca > 1:896660/1‑98 (MQ=255)
gggTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg > 2:514264/1‑57 (MQ=255)
gggTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTg < 1:514264/57‑1 (MQ=255)
tttCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGaa > 1:656574/1‑139 (MQ=255)
ttCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAAc < 1:560716/139‑1 (MQ=255)
aGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATTCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGa < 2:767392/139‑1 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTCTTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGttt > 2:190588/1‑139 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGttt > 1:121405/1‑139 (MQ=255)
tttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca > 1:729259/1‑48 (MQ=255)
tttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGAcaca < 2:729259/48‑1 (MQ=255)
ttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTg < 2:464870/139‑1 (MQ=255)
ggTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCa > 1:743348/1‑137 (MQ=255)
ggTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCa < 2:743348/137‑1 (MQ=255)
gtgtAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcacc > 2:239379/1‑52 (MQ=255)
gtgtAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcacc < 1:239379/52‑4 (MQ=255)
gtAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCa < 1:899826/76‑1 (MQ=255)
|
GATGCGGCCTCTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCA > NC_000913/2591469‑2591733
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
