Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I2 R1
|
780 |
68.3 |
3343050 |
93.5% |
3125751 |
102.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,591,603 |
G→A |
*119* (TAG→TAA) |
yffB → |
putative ArsC family reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,591,603 | 0 | G | A | 100.0%
| 213.2
/ NA
| 67 | *119* (TAG→TAA) | yffB | putative ArsC family reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (31/36); total (31/36) |
CTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCATG > NC_000913/2591479‑2591735
|
ctGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGccc < 1:1172728/139‑1 (MQ=255)
cggcggCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGt > 2:294246/1‑139 (MQ=255)
cATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 2:1141631/139‑1 (MQ=255)
cATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 1:1270864/139‑1 (MQ=255)
ttAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTAt < 2:1655103/134‑1 (MQ=255)
ttAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTAt > 1:1655103/1‑134 (MQ=255)
aCTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGacac < 1:294246/139‑1 (MQ=255)
gCCTGCAATCATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCtt < 1:984399/139‑1 (MQ=255)
ccTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa > 2:1553729/1‑122 (MQ=255)
ccTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 1:1553729/122‑1 (MQ=255)
cTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTAt > 1:211033/1‑139 (MQ=255)
tGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTAtt > 1:1517792/1‑139 (MQ=255)
tCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGccc < 2:211033/139‑1 (MQ=255)
tCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCAGGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGccc > 1:1012096/1‑139 (MQ=255)
aCGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTcc < 2:610925/139‑1 (MQ=255)
aCGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTcc < 2:1012096/139‑1 (MQ=255)
aCGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTcc < 1:430135/139‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgccgc > 2:1275044/1‑120 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgccgc < 1:1275044/120‑1 (MQ=255)
tGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtgatg > 2:418515/1‑139 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 1:144861/93‑1 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa > 2:144861/1‑93 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga < 2:1383757/135‑1 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga > 1:819984/1‑135 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga < 2:819984/135‑1 (MQ=255)
cGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga > 1:1383757/1‑135 (MQ=255)
ccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgcc > 1:426104/1‑111 (MQ=255)
ccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTcgcc < 2:426104/111‑1 (MQ=255)
ccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt < 1:743331/125‑1 (MQ=255)
ccGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTAACAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt > 2:743331/1‑125 (MQ=255)
gTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATg < 1:38891/139‑1 (MQ=255)
aaGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGcc > 2:3728/1‑139 (MQ=255)
tATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCt < 1:97554/139‑1 (MQ=255)
tgctgcTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt < 2:177167/113‑1 (MQ=255)
tgctgcTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt > 1:177167/1‑113 (MQ=255)
gctgctGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTTCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTttg < 2:191078/139‑1 (MQ=255)
ctgctgGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTcc > 1:471029/1‑105 (MQ=255)
ctgctgGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTcc < 2:471029/105‑1 (MQ=255)
ctgGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGttga > 1:1345531/1‑139 (MQ=255)
tgGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 2:908538/70‑1 (MQ=255)
tgGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa > 1:908538/1‑70 (MQ=255)
tttCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa < 1:283171/66‑1 (MQ=255)
tttCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGa > 2:283171/1‑66 (MQ=255)
tCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAgg > 2:1003631/1‑139 (MQ=255)
aGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt > 2:1418009/1‑90 (MQ=255)
aGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGt < 1:1418009/90‑1 (MQ=255)
ttATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATc < 1:3728/139‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATg < 2:1322489/104‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATg > 1:1322489/1‑104 (MQ=255)
tCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGccc < 2:122888/39‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGccc > 1:122888/1‑39 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTccc < 2:421372/78‑1 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTccc > 1:421372/1‑78 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGttt > 1:1566602/1‑139 (MQ=255)
aGCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGttt > 1:314718/1‑139 (MQ=255)
gCAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGtttt < 2:1345531/139‑1 (MQ=255)
cAATTTTTCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTa < 2:1517792/139‑1 (MQ=255)
tttttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc > 1:844760/1‑67 (MQ=255)
tttttCCATGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc < 2:844760/67‑1 (MQ=255)
aTGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga < 1:1128829/76‑1 (MQ=255)
aTGAGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATGCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCtga > 2:1128829/1‑76 (MQ=255)
aGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCtt < 2:620994/93‑1 (MQ=255)
aGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCtt > 1:620994/1‑93 (MQ=255)
aGGTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTAGAACGCAt > 2:991050/1‑139 (MQ=255)
ggTGTAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCATg < 1:418515/139‑1 (MQ=255)
gtgtAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc > 2:1371144/1‑55 (MQ=255)
gtgtAATCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCgccgcc < 1:1371144/55‑1 (MQ=255)
|
CTGCGGCGGCATTAATGACTGAAATGCCTGCAATTATCAAACGTCCATTGCTCTGCGTGCCCGGTAAGCCTATGCTGCTGGGTTTCAGTGATTCCAGTTATCAGCAATTTTTCCATGAGGTGTAGTCTATGTCGTGCCCGGTTATTGAGCTGACACAACAGCTTATTCGCCGCCCTTCCCTGAGTCCTGATGATGCAGGATGCCAGGCTTTGTTGATTGAACGTTTGCAGGCGATCGGTTTTACCGTTGAACGCATG > NC_000913/2591479‑2591735
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
