Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I2 R1
|
777 |
59.2 |
2955938 |
92.5% |
2734242 |
106.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
524,158 |
C→T |
L300L (CTG→TTG) |
rhsD → |
Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain, putative neighboring cell growth inhibitor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 524,158 | 0 | C | T | 100.0%
| 163.3
/ NA
| 52 | L300L (CTG→TTG) | rhsD | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain, putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/25); total (27/25) |
CGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGCTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCGCAGCAATACGCAGGTGCGCGCT > NC_000913/524027‑524277
|
cGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTTCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCa > 2:383250/1‑139 (MQ=255)
cACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATAc > 1:1316950/1‑139 (MQ=255)
tctGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTg < 1:1012053/139‑1 (MQ=255)
gACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTgcgc < 1:241693/139‑1 (MQ=255)
aCAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGcc > 2:1305807/1‑139 (MQ=255)
aGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCAc > 1:468782/1‑139 (MQ=255)
tCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTgg < 1:1305807/139‑1 (MQ=255)
tCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTgg < 2:1324989/139‑1 (MQ=255)
ccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTg < 2:468782/139‑1 (MQ=255)
ccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTg < 1:253101/139‑1 (MQ=255)
ccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTg > 2:253101/1‑139 (MQ=255)
cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCGGTGTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGc > 1:16004/1‑139 (MQ=255)
cccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCgg < 1:921184/139‑1 (MQ=255)
tctctcAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTac < 1:1063991/139‑1 (MQ=255)
cagcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGa > 1:487202/1‑139 (MQ=255)
agcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTg > 1:463328/1‑118 (MQ=255)
agcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTg < 2:463328/118‑1 (MQ=255)
agcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCgg < 1:1231149/124‑1 (MQ=255)
agcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCgg > 2:1231149/1‑124 (MQ=255)
agcGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGaa > 2:266824/1‑139 (MQ=255)
cacacTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCa > 2:813759/1‑66 (MQ=255)
cacacTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCa < 1:813759/66‑1 (MQ=255)
cacacTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACg < 2:213840/68‑1 (MQ=255)
cacacTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACg > 1:213840/1‑68 (MQ=255)
acTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGAc < 2:179127/67‑1 (MQ=255)
acTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGAc > 1:179127/1‑67 (MQ=255)
acTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAActgctg > 2:773322/1‑139 (MQ=255)
tGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGc > 2:916203/1‑139 (MQ=255)
cGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GGGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGta > 2:20250/1‑139 (MQ=255)
ggTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGc > 1:269490/1‑100 (MQ=255)
ggTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGc < 2:269490/100‑1 (MQ=255)
ggTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGtat < 2:487202/139‑1 (MQ=255)
gTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGAc > 2:712228/1‑59 (MQ=255)
gTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGAc < 1:712228/59‑1 (MQ=255)
tACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTatat < 2:1316950/139‑1 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTg > 2:1322780/1‑81 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTg < 1:1322780/81‑1 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTg < 1:90713/92‑1 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTg > 2:90713/1‑92 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAActgct < 1:10237/124‑1 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAActgct > 2:10237/1‑124 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCg < 2:346057/139‑1 (MQ=255)
aaTACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCg > 1:346057/1‑139 (MQ=255)
ggCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGt < 1:886959/86‑1 (MQ=255)
ggCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGt > 2:886959/1‑86 (MQ=255)
ccccGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGcc > 1:95545/1‑69 (MQ=255)
ccccGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGcc < 2:95545/69‑1 (MQ=255)
ccccGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCAc > 2:479399/1‑80 (MQ=255)
ccccGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCAc < 1:479399/80‑1 (MQ=255)
aTCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCGCAGCAATACGCAGGTgcgcg < 1:383250/139‑1 (MQ=255)
tCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCGCAGCAATACGCAGGTgcgcgc > 2:714574/1‑139 (MQ=255)
ccGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGTTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCGCAGCAATACGCAGGTGCGCGCt > 2:1304382/1‑139 (MQ=255)
|
CGGAAGAGGCCCGCACCTCTTCGCTATCTTCTTCTGACAGTTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCCGCCTTTCGGCG‑‑GTGTGGCTGATGCACGACCCGGCATACCCGGAGAGCCTGCCCGCTGCGCCACTGGTGCGGTACACGTATACGGAAGCCGGTGAACTGCTGGCGGTATATGACCGCAGCAATACGCAGGTGCGCGCT > NC_000913/524027‑524277
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
