Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A5 F1 I2 R1 | 772 | 77.0 | 3769570 | 91.6% | 3452926 | 105.3 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,717,821 | (C)5→4 | coding (708/1038 nt) | yfiF ← | putative methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,717,817 | 0 | C | . | 100.0% | 209.0 / NA | 52 | coding (712/1038 nt) | yfiF | putative methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (27/25); total (27/25) | |||||||||||
CAGCGGTTTACCCTGCTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCC > NC_000913/2717680‑2717949 | cAGCGGTTTACCCTGCTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAgccgcc < 1:1057898/139‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAgccgcc > 2:1849554/1‑131 (MQ=255) tACCCTGCTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAgccgcc < 1:1849554/131‑1 (MQ=255) cTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTg > 2:805892/1‑139 (MQ=255) cGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGcc < 1:805892/139‑1 (MQ=255) gTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTg > 2:1491291/1‑139 (MQ=255) gTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcac > 1:298771/1‑139 (MQ=255) cACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcacca < 2:1787198/139‑1 (MQ=255) gtAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt < 1:1491291/139‑1 (MQ=255) gtAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt < 1:29907/139‑1 (MQ=255) ctgcctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACg < 1:50639/139‑1 (MQ=255) tgcctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGc > 1:371023/1‑139 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCa < 1:1011364/111‑1 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCa > 2:1011364/1‑111 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCa < 2:1796934/111‑1 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCa > 1:1796934/1‑111 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcacc < 2:1113161/120‑1 (MQ=255) ctgACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcacc > 1:1113161/1‑120 (MQ=255) aaTCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTgcgcg < 2:674907/139‑1 (MQ=255) tcatcCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCa < 1:1815214/139‑1 (MQ=255) ccAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTg > 2:1808634/1‑139 (MQ=255) cACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGca > 1:1807431/1‑139 (MQ=255) ttAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGcatcat < 2:269458/139‑1 (MQ=255) aaCAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGc < 2:371023/139‑1 (MQ=255) aTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTc < 2:122639/104‑1 (MQ=255) aTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTc > 1:122639/1‑104 (MQ=255) gttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCa > 2:503112/1‑139 (MQ=255) ttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc < 1:1230194/135‑1 (MQ=255) ttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTCCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc > 2:1230194/1‑135 (MQ=255) gtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGccccgac < 2:1650461/63‑4 (MQ=255) gtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGccccgac > 1:1650461/1‑60 (MQ=255) gCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGcc > 1:1589645/1‑72 (MQ=255) gCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGcc < 2:1589645/72‑1 (MQ=255) ggCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGa > 1:854662/1‑139 (MQ=255) cTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAccc > 1:1853129/1‑120 (MQ=255) cTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAccc < 2:1853129/120‑1 (MQ=255) tGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt < 2:1823823/81‑1 (MQ=255) tGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt > 1:1823823/1‑81 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGcc > 1:308334/1‑57 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGcc < 2:308334/57‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCGTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGca > 1:1224644/1‑106 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcacca > 1:1821067/1‑70 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGcacca < 2:1821067/70‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACGCCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGca < 2:1224644/106‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTg < 1:1177646/102‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTg > 2:1177646/1‑102 (MQ=255) ctctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGcccc < 1:527672/36‑1 (MQ=255) ctctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGcccc > 2:527672/1‑36 (MQ=255) tctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAg > 2:1674076/1‑139 (MQ=255) tctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTAATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAg > 2:1048319/1‑139 (MQ=255) ctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt < 1:1776200/71‑1 (MQ=255) ctGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCtt > 2:1776200/1‑71 (MQ=255) gccgccTTCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCa < 2:1807431/139‑1 (MQ=255) tCTGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCa > 2:233167/1‑139 (MQ=255) tGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc > 2:674985/1‑94 (MQ=255) tGCGGTACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCAc < 1:674985/94‑1 (MQ=255) tACGGATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGA‑TCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTgcg > 1:1374363/1‑139 (MQ=255) gATAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTgcgcgc < 1:1808634/139‑1 (MQ=255) aTAGCCG‑CCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCgcc > 1:297033/1‑139 (MQ=255) | CAGCGGTTTACCCTGCTCGCTGGAAGTGGTCACTACGGTGTAACCTGCCTGACGGAAATCATCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCC > NC_000913/2717680‑2717949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |