Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A12 F1 I1 R1 | 760 | 58.2 | 3022526 | 90.8% | 2744453 | 102.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,769,486 | G→A | *274* (TAG→TAA) | yfjQ → | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,769,486 | 0 | G | A | 100.0% | 211.7 / NA | 65 | *274* (TAG→TAA) | yfjQ | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (35/30); total (35/30) | |||||||||||
GCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGT > NC_000913/2769356‑2769617 | gCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCa < 2:845548/139‑1 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGt > 2:884029/1‑139 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGt > 1:118467/1‑139 (MQ=255) cAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGcc < 1:1247189/139‑1 (MQ=255) aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCa < 2:985944/139‑1 (MQ=255) tGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGTGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACg > 1:1147370/1‑139 (MQ=255) cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACgttgt > 2:581475/1‑139 (MQ=255) cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACgttgt > 2:495959/1‑139 (MQ=255) tAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACg < 2:512614/133‑1 (MQ=255) tAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACg > 1:512614/1‑133 (MQ=255) aaGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGa > 2:50607/1‑139 (MQ=255) ggACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGAcacca > 1:331385/1‑139 (MQ=255) gACGAACTCATACTCG‑GCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc > 1:1207933/1‑117 (MQ=255) gACGAACTCATACTCG‑GCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc < 2:1207933/117‑1 (MQ=255) tACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCAt < 2:118467/139‑1 (MQ=255) cgtgccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCt < 1:581475/139‑1 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGa < 2:679742/116‑1 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGa > 1:679742/1‑116 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCt < 1:1029090/136‑1 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCt > 2:1029090/1‑136 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtg > 1:1410537/1‑139 (MQ=255) cgtgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg < 1:884029/139‑1 (MQ=255) gtgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGc < 2:331385/139‑1 (MQ=255) tgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc < 1:464704/97‑1 (MQ=255) tgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc > 2:464704/1‑97 (MQ=255) tgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCATGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCt > 2:1166531/1‑139 (MQ=255) cgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATg > 1:1101877/1‑88 (MQ=255) cgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATg < 2:1101877/88‑1 (MQ=255) tGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg < 2:703655/127‑1 (MQ=255) tGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg > 1:703655/1‑127 (MQ=255) tGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTc > 2:1277286/1‑139 (MQ=255) aCGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc < 1:1388665/85‑1 (MQ=255) aCGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc > 2:1388665/1‑85 (MQ=255) gATGTGAAGCTTAACCGTGCGCCGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCACTATTTGCTCGTGTGCCTCAATaccc > 2:1490962/1‑139 (MQ=25) tgtgAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAata < 2:448382/88‑1 (MQ=255) tgtgAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAata > 1:448382/1‑88 (MQ=255) tAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGcc < 2:1034454/67‑1 (MQ=255) tAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGcc > 1:1034454/1‑67 (MQ=255) tGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCa > 2:1090900/1‑54 (MQ=255) tGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCa < 1:1090900/54‑1 (MQ=255) tGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCAt < 1:1013495/94‑1 (MQ=255) tGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCAt > 2:1013495/1‑94 (MQ=255) tGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAc < 2:1410537/139‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAcc < 1:495959/139‑1 (MQ=255) gtgGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGt < 1:1277286/139‑1 (MQ=255) tgGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTc > 2:1383436/1‑82 (MQ=255) tgGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTc < 1:1383436/82‑1 (MQ=255) gTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAatat > 2:235261/1‑64 (MQ=255) gTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAatat < 1:235261/64‑1 (MQ=255) ggCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTgg > 2:741903/1‑139 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtg > 2:433328/1‑92 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtg < 1:433328/92‑1 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgt < 2:150513/91‑1 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgt > 1:150513/1‑91 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATcccc > 2:338956/1‑105 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATcccc < 1:338956/105‑1 (MQ=255) cAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCt > 2:574724/1‑139 (MQ=255) aaaCACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc < 1:415340/43‑1 (MQ=255) aaaCACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCAc > 2:415340/1‑43 (MQ=255) aaaCACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACg > 1:1205692/1‑44 (MQ=255) aaaCACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACg < 2:1205692/44‑1 (MQ=255) cGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTaa > 1:1084936/1‑106 (MQ=255) cGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTaa < 2:1084936/106‑1 (MQ=255) tGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGt > 1:1419073/1‑139 (MQ=255) tGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGt > 2:96988/1‑139 (MQ=255) | GCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGT > NC_000913/2769356‑2769617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |