Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
760 |
67.6 |
3323148 |
92.7% |
3080558 |
109.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
468,932 |
C→T |
A21V (GCT→GTT) |
mdlA → |
putative multidrug ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 468,932 | 0 | C | T | 100.0%
| 215.5
/ NA
| 67 | A21V (GCT→GTT) | mdlA | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (35/32); total (35/32) |
GATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGCTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAT > NC_000913/468799‑469067
|
gATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCg < 1:549433/139‑1 (MQ=255)
aTGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGc < 2:340201/139‑1 (MQ=255)
gAACATATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCctt < 2:1153786/139‑1 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg > 2:1105839/1‑139 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg > 1:346792/1‑139 (MQ=255)
ttcttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgc > 1:782017/1‑139 (MQ=255)
ttcttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgc > 2:354423/1‑139 (MQ=255)
ttcttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgc > 2:63129/1‑139 (MQ=255)
ttcttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgc > 2:723919/1‑139 (MQ=255)
cttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgctg < 1:63129/139‑1 (MQ=255)
cttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgctg < 1:354423/139‑1 (MQ=255)
cccATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCCGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTCTGTCGGGGTTGGCGCATTCCTTGTCCTTATCTCGATGATGCAACt > 2:1197040/1‑139 (MQ=255)
aTCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgct < 2:578272/130‑1 (MQ=255)
aTCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgct > 1:578272/1‑130 (MQ=255)
aTCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt > 2:146214/1‑139 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCct < 1:963868/106‑1 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 1:187351/1‑139 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 2:177057/1‑139 (MQ=255)
cGAACAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCGGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCct > 2:963868/1‑106 (MQ=255)
tatCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaaa < 1:973536/139‑1 (MQ=255)
tatCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaaa < 1:614377/139‑1 (MQ=255)
atCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt > 2:784462/1‑128 (MQ=255)
atCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt < 1:784462/128‑1 (MQ=255)
tCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAATTGGTTCCGCCAAAAGt > 2:44480/1‑139 (MQ=255)
aaTCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGcc > 1:1574230/1‑90 (MQ=255)
aaTCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGcc < 2:1574230/90‑1 (MQ=255)
aaTCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggttg > 2:171402/1‑139 (MQ=255)
tcaggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt > 1:1409612/1‑135 (MQ=255)
tcaggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt < 2:1409612/135‑1 (MQ=255)
caggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 1:171402/139‑1 (MQ=255)
caggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 1:177057/139‑1 (MQ=255)
gtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTAttg > 1:525127/1‑139 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc > 2:608239/1‑139 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc > 1:569810/1‑139 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc > 1:384269/1‑139 (MQ=255)
aaCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg > 2:1612547/1‑139 (MQ=255)
aaCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg > 2:583139/1‑139 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGcc < 2:1243422/73‑1 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGcc > 1:1243422/1‑73 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt < 1:946320/105‑1 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt > 2:946320/1‑105 (MQ=255)
gcgTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGt < 2:1413935/139‑1 (MQ=255)
gTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaaa > 1:162512/1‑111 (MQ=255)
gTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCAGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaaa < 2:162512/111‑1 (MQ=255)
tGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTcc < 1:615643/103‑1 (MQ=255)
tGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTcc > 2:615643/1‑103 (MQ=255)
attTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa < 1:1105839/139‑1 (MQ=255)
attTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa < 1:1612547/139‑1 (MQ=255)
cTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACtt > 2:843938/1‑139 (MQ=255)
aaTTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTg < 1:635470/48‑1 (MQ=255)
aaTTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTg > 2:635470/1‑48 (MQ=255)
tAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTtactac < 1:146214/139‑1 (MQ=255)
tGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGc < 1:723919/139‑1 (MQ=255)
tGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGc < 2:633228/139‑1 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTc < 2:601117/52‑1 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTc > 1:601117/1‑52 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAg > 2:1099538/1‑139 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAg > 2:945382/1‑139 (MQ=255)
tttCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATc < 1:843938/139‑1 (MQ=255)
tttCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATc < 1:608239/139‑1 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGt > 2:304853/1‑77 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGt < 1:304853/77‑1 (MQ=255)
gggAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGGCAGGTTGATTAAAATTAAAGCGATGCTGAAAATGGTTCGGCCGAAAGTGGTAGGAATTGTAGTCGATAGCGTAAGAAAACAAGAGTTTACTACCGGGAGAATCATGAtgtg > 2:758471/1‑139 (MQ=255)
aaTGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGAt < 2:384269/139‑1 (MQ=255)
ctcGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGc < 1:552388/52‑1 (MQ=255)
ctcGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGc > 2:552388/1‑52 (MQ=255)
gggTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGc > 2:1228939/1‑105 (MQ=255)
gggTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAt < 1:945382/139‑1 (MQ=255)
gggTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAt > 1:1001346/1‑139 (MQ=255)
|
GATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGCTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAT > NC_000913/468799‑469067
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
