Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
757 |
76.1 |
3598070 |
93.4% |
3360597 |
108.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
468,932 |
C→T |
A21V (GCT→GTT) |
mdlA → |
putative multidrug ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 468,932 | 0 | C | T | 100.0%
| 318.6
/ NA
| 99 | A21V (GCT→GTT) | mdlA | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (52/47); total (52/47) |
GCGATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGCTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAT > NC_000913/468797‑469067
|
gcgATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGt > 2:454916/1‑139 (MQ=255)
cAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct < 2:1173056/139‑1 (MQ=255)
aTTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGc < 1:764753/130‑1 (MQ=255)
aTTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGc > 2:764753/1‑130 (MQ=255)
aaTACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct > 2:67936/1‑132 (MQ=255)
aaTACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct < 1:67936/132‑1 (MQ=255)
caccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcg < 1:1574325/139‑1 (MQ=255)
accacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgc > 1:641483/1‑139 (MQ=255)
accacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgc > 1:460593/1‑139 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg > 1:321145/1‑139 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg > 1:987135/1‑139 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg < 2:1226515/139‑1 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgcg > 2:1332499/1‑139 (MQ=255)
ccacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCACCTTGCTTGTCATTATcgcg > 1:449959/1‑139 (MQ=255)
cacTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGa < 1:454916/139‑1 (MQ=255)
ttcttTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtgc > 1:1466882/1‑139 (MQ=255)
tACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTAGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCAATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCaa > 1:1022750/1‑139 (MQ=255)
aTCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt > 1:1680983/1‑139 (MQ=255)
aTCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGt < 2:1646518/139‑1 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgc > 2:43283/1‑122 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATcgc < 1:43283/122‑1 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 1:949392/1‑139 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 2:644907/1‑139 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 1:474373/1‑139 (MQ=255)
cGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTc > 2:298038/1‑139 (MQ=255)
ataaataTCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGc < 2:343998/139‑1 (MQ=255)
atatCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaa > 2:1339310/1‑139 (MQ=255)
tatCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCaaaa < 1:1355625/139‑1 (MQ=255)
atCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAg > 1:577375/1‑139 (MQ=255)
tCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGt > 1:1021160/1‑139 (MQ=255)
aGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt < 2:987135/139‑1 (MQ=255)
aGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt < 1:298038/139‑1 (MQ=255)
aGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTCTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATTCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt > 1:459805/1‑139 (MQ=255)
caggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 2:1680983/139‑1 (MQ=255)
caggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 2:641483/139‑1 (MQ=255)
caggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 2:321145/139‑1 (MQ=255)
aggtcaggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTTGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct < 2:1201191/91‑1 (MQ=255)
aggtcaggACACAACCCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct > 1:1201191/1‑91 (MQ=255)
caggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGTTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTTttgtt < 1:808768/139‑1 (MQ=255)
ggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttg < 2:52691/83‑1 (MQ=255)
ggACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttg > 1:52691/1‑83 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAt < 2:519248/99‑1 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAt > 1:519248/1‑99 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc < 2:1132328/139‑1 (MQ=255)
gACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc < 1:1339310/139‑1 (MQ=255)
cacaACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCTGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGa < 1:1332499/139‑1 (MQ=255)
aaCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg > 2:730343/1‑139 (MQ=255)
aaCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg > 1:296230/1‑139 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGc > 2:1265182/1‑139 (MQ=255)
aCGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGc > 2:1394044/1‑139 (MQ=255)
gTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGa > 1:722176/1‑139 (MQ=255)
tGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGa < 1:1182704/138‑1 (MQ=255)
tGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGa > 2:1182704/1‑138 (MQ=255)
attattTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtg < 1:1226155/85‑1 (MQ=255)
attattTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGAtg > 2:1226155/1‑85 (MQ=255)
attattTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaa < 2:326450/139‑1 (MQ=255)
attTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa < 1:730343/139‑1 (MQ=255)
attTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa < 2:459805/139‑1 (MQ=255)
cAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTta < 2:296230/139‑1 (MQ=255)
cAATTAAGCTAGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCAATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTta < 2:1022750/139‑1 (MQ=255)
aaTTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa > 1:1789008/1‑105 (MQ=255)
aaTTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTtac > 1:934609/1‑139 (MQ=255)
aaTTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTtac > 2:1536888/1‑139 (MQ=255)
aaTTAAGCGGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTa < 2:1789008/105‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGtt < 2:663219/84‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGtt > 1:663219/1‑84 (MQ=255)
ttAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTtacta > 1:1630040/1‑139 (MQ=255)
tGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGc < 2:474373/139‑1 (MQ=255)
tGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGc < 2:449959/139‑1 (MQ=255)
ggTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCa < 2:722176/139‑1 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct > 2:1640680/1‑48 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct < 1:1640680/48‑1 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTTCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGTCGTGACAGAACAACACtt < 1:996475/126‑1 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTTCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACtt > 2:996475/1‑126 (MQ=255)
gTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAg > 2:24658/1‑139 (MQ=255)
tATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGa < 2:577375/139‑1 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt < 2:677751/88‑1 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtggt > 1:677751/1‑88 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGa < 2:1291920/111‑1 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGa > 1:1291920/1‑111 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa > 1:765429/1‑119 (MQ=255)
aTTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGaacaa < 2:765429/119‑1 (MQ=255)
tttCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATc < 2:460593/139‑1 (MQ=255)
tCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc < 1:1496261/98‑1 (MQ=255)
tCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTc > 2:1496261/1‑98 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtg < 1:1452963/78‑1 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGtg > 2:1452963/1‑78 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGAtgt > 2:747964/1‑139 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGAtgt > 2:1216035/1‑139 (MQ=255)
cGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGAtgt > 1:896969/1‑139 (MQ=255)
gggAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct > 1:1085722/1‑37 (MQ=255)
gggAATGGCGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCcttgct < 2:1085722/37‑1 (MQ=255)
cGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg < 1:321699/89‑1 (MQ=255)
cGTCGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATgg > 2:321699/1‑89 (MQ=255)
cGCTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGccacca < 2:1021160/139‑1 (MQ=255)
cTATCTCGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATg > 1:805626/1‑139 (MQ=255)
tctcGGGGTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTg < 1:1536888/139‑1 (MQ=255)
gggTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAt > 1:1644611/1‑139 (MQ=255)
gggTTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAt > 2:806283/1‑139 (MQ=255)
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GCGATGGAACAGATTAAATACACCACTTCTTTACCCATCGAATAAATATCCAGAATCAGGTCAGGACACAACGCGTGCGATTATTTGCTCAATTAAGCTGGTATTTCCGTCGGGAATGGCGTCGCTATCTCGGGGCTGTCGCCTTGCTTGTCATTATCGCGATGCTGCAACTGGTTCCGCCAAAAGTGGTTGGTATTGTTGTCGATGGCGTGACAGAACAACACTTTACTACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGAT > NC_000913/468797‑469067
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
