Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
760 |
67.6 |
3323148 |
92.7% |
3080558 |
109.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
854,765 |
G→A |
*373* (TAG→TAA) |
ybiR → |
putative transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 854,765 | 0 | G | A | 100.0%
| 164.8
/ NA
| 51 | *373* (TAG→TAA) | ybiR | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (32/19); total (32/19) |
AATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAC > NC_000913/854637‑854900
|
aaTTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCaa > 1:105509/1‑139 (MQ=255)
cgcTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 1:1481094/139‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGt < 1:1529511/121‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGt > 2:1529511/1‑121 (MQ=255)
cTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCg < 2:105509/139‑1 (MQ=255)
ggCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGa > 1:844992/1‑139 (MQ=255)
tCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCtt > 1:719997/1‑139 (MQ=255)
ctATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCa > 1:1316701/1‑139 (MQ=255)
ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTg > 1:279244/1‑124 (MQ=255)
ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTg < 2:279244/124‑1 (MQ=255)
ttCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGAc > 2:947620/1‑139 (MQ=255)
ccGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCtt > 2:672134/1‑102 (MQ=255)
ccGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCtt < 1:672134/102‑1 (MQ=255)
cGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGc > 1:1379537/1‑139 (MQ=255)
cGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGc > 2:836976/1‑139 (MQ=255)
aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGt > 2:933695/1‑63 (MQ=255)
aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGt < 1:933695/63‑1 (MQ=255)
aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCAt > 1:587420/1‑139 (MQ=255)
aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCAt > 1:482109/1‑139 (MQ=255)
aTGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCAt > 2:105929/1‑139 (MQ=255)
ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg < 2:280575/69‑1 (MQ=255)
ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAgg > 1:280575/1‑69 (MQ=255)
ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGAt < 2:25108/74‑1 (MQ=255)
ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGAt > 1:25108/1‑74 (MQ=255)
ggcggcGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGt > 1:1560985/1‑139 (MQ=255)
cgTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTa > 1:506234/1‑139 (MQ=255)
tggGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCt < 2:506234/139‑1 (MQ=255)
tatGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTtcatc < 1:836976/139‑1 (MQ=255)
atGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTtcatca > 1:1292197/1‑139 (MQ=255)
gttagttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGaacaa > 2:1552611/1‑139 (MQ=255)
gttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg > 1:202409/1‑107 (MQ=255)
gttaTACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 2:202409/107‑1 (MQ=255)
tataCTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGt > 1:1213357/1‑139 (MQ=255)
ccGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAAc < 2:1513/85‑1 (MQ=255)
ccGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAAc > 1:1513/1‑85 (MQ=255)
ccGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATc < 2:719997/139‑1 (MQ=255)
ccGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATc > 2:1524084/1‑139 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAg < 1:1477799/59‑1 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAg > 2:1477799/1‑59 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 2:536118/96‑1 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg > 1:536118/1‑96 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTtc < 1:943593/113‑1 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTtc > 2:943593/1‑113 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTg > 1:867113/1‑139 (MQ=255)
ggCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTg > 1:447736/1‑139 (MQ=255)
gCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg > 2:1059892/1‑95 (MQ=255)
gCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAg < 1:1059892/95‑1 (MQ=255)
gCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTgg > 2:837931/1‑139 (MQ=255)
aCTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGa > 2:1472881/1‑139 (MQ=255)
cTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAc < 2:482109/139‑1 (MQ=255)
cTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAc < 2:1292197/139‑1 (MQ=255)
|
AATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGAC > NC_000913/854637‑854900
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
