Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I2 R1
|
766 |
55.6 |
2631458 |
94.7% |
2491990 |
109.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
522,463 |
T→C |
V683A (GTG→GCG) |
ybbP → |
putative ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 522,463 | 0 | T | C | 100.0%
| 163.9
/ NA
| 46 | V683A (GTG→GCG) | ybbP | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (23/23); total (23/23) |
TGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACG > NC_000913/522336‑522596
|
tGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTAc < 1:237392/139‑1 (MQ=255)
ggAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTg > 2:280800/1‑139 (MQ=255)
gaATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTc < 2:616539/139‑1 (MQ=255)
aTGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCAc < 2:1094060/139‑1 (MQ=255)
tGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAt > 1:778922/1‑139 (MQ=255)
acaACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgctg > 2:698524/1‑139 (MQ=255)
aCTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgctgttg > 1:1094056/1‑139 (MQ=255)
aCCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGc < 1:1284548/139‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGc > 1:429084/1‑139 (MQ=255)
cGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGcac < 2:778922/139‑1 (MQ=255)
ccAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcag < 1:967840/139‑1 (MQ=255)
aGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggt < 2:429084/139‑1 (MQ=255)
cGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg < 1:989601/87‑1 (MQ=255)
cGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg > 2:989601/1‑87 (MQ=255)
ttAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCAcc > 1:990931/1‑87 (MQ=255)
ttAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCAcc < 2:990931/87‑1 (MQ=255)
aGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgcaggt > 2:466604/1‑123 (MQ=255)
aGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgcaggt < 1:466604/123‑1 (MQ=255)
tatTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGtcat < 2:1094056/139‑1 (MQ=255)
tGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAg > 1:212700/1‑139 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgct < 1:518559/94‑1 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgct > 2:518559/1‑94 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgcagg > 2:1054990/1‑114 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgcagg < 1:1054990/114‑1 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGa > 1:1130573/1‑139 (MQ=255)
gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGa > 2:831082/1‑139 (MQ=255)
gATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGa > 2:206942/1‑115 (MQ=255)
gATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGa < 1:206942/115‑1 (MQ=255)
aTTTTAAAACAGGTCGGACAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCtgg > 1:823852/1‑139 (MQ=255)
tAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTggtggt < 2:1130573/139‑1 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg < 1:904117/47‑1 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGAtgg > 2:904117/1‑47 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg < 2:650300/66‑1 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg > 1:650300/1‑66 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgctgttg > 2:1080811/1‑82 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgctgttg < 1:1080811/82‑1 (MQ=255)
ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGgcgc > 1:937420/1‑139 (MQ=255)
gtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACTGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACt < 1:698524/139‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTgg < 1:1254412/127‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTgg > 2:1254412/1‑127 (MQ=255)
tGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCggg < 2:776913/139‑1 (MQ=255)
tAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAct > 2:1130324/1‑139 (MQ=255)
gTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct > 1:411055/1‑139 (MQ=255)
cgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgc < 1:311259/63‑1 (MQ=255)
cgcTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgc > 2:311259/1‑63 (MQ=255)
ggAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACg < 2:411055/139‑1 (MQ=255)
|
TGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACG > NC_000913/522336‑522596
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
