Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I1 R1
|
770 |
68.5 |
3470224 |
91.7% |
3182195 |
103.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,163,207 |
A→G |
D111G (GAT→GGT) |
baeS → |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BaeR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,163,207 | 0 | A | G | 90.0%
| 176.3
/ 6.5
| 60 | D111G (GAT→GGT) | baeS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BaeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base G (24/30); total (27/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 |
GGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACT > NC_000913/2163078‑2163340
|
ggCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAaacaa > 1:1557973/1‑139 (MQ=255)
tCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGt < 1:35056/139‑1 (MQ=255)
gcgcAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtg < 1:650414/139‑1 (MQ=255)
gcAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtggt < 2:562166/139‑1 (MQ=255)
cTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAgcg < 2:89121/139‑1 (MQ=255)
tttGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCcgcg > 2:1187271/1‑134 (MQ=255)
tttGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCcgcg < 1:1187271/134‑1 (MQ=255)
tGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCAACACACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCg > 2:1010588/1‑139 (MQ=255)
ttCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTcc > 1:690942/1‑139 (MQ=255)
aTCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTg > 1:1021918/1‑139 (MQ=255)
ccTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa > 1:1189195/1‑133 (MQ=255)
ccTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGAc > 2:1109953/1‑139 (MQ=255)
ccTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGAc > 2:310747/1‑139 (MQ=255)
ccTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGAc > 2:1711679/1‑139 (MQ=255)
ccTACGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa < 2:1189195/133‑1 (MQ=255)
cGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTa > 2:468329/1‑139 (MQ=255)
ttCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCAcc > 1:1708343/1‑129 (MQ=255)
ttCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCAcc < 2:1708343/129‑1 (MQ=255)
cATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCAcc < 1:144024/127‑1 (MQ=255)
cATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCAcc > 2:144024/1‑127 (MQ=255)
tttGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa < 1:376035/128‑1 (MQ=255)
tttGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa > 2:376035/1‑128 (MQ=255)
gATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCtggtt > 1:1629107/1‑93 (MQ=255)
gATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCtggtt < 2:1629107/93‑1 (MQ=255)
cGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGGCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCaa < 2:132912/139‑1 (MQ=255)
aaGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCC‑GTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtggt > 1:397949/1‑81 (MQ=255)
aaGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCC‑GTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCtggt < 2:397949/81‑1 (MQ=255)
gATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTg < 2:1557973/139‑1 (MQ=255)
gcccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa > 1:836411/1‑92 (MQ=255)
gcccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa < 2:836411/92‑1 (MQ=255)
gcccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTgg < 2:1155469/139‑1 (MQ=255)
cccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa > 2:31600/1‑91 (MQ=255)
cccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCa < 1:31600/91‑1 (MQ=255)
cccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACg > 1:222824/1‑125 (MQ=255)
cccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACg < 2:222824/125‑1 (MQ=255)
ccggGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGgcg < 1:1711679/139‑1 (MQ=255)
gTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGt > 2:1310007/1‑139 (MQ=255)
gCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATc < 2:1021918/139‑1 (MQ=255)
gCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATc > 2:1349615/1‑139 (MQ=255)
gCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATc > 1:30081/1‑139 (MQ=255)
ccACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCg < 1:72297/139‑1 (MQ=255)
cACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGc < 1:310747/139‑1 (MQ=255)
ccGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCt < 2:1013966/139‑1 (MQ=255)
cGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCaa < 2:1304388/109‑1 (MQ=255)
cGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCaa > 1:1304388/1‑109 (MQ=255)
cGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGAt < 2:1208289/133‑1 (MQ=255)
cGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGAt > 1:1208289/1‑133 (MQ=255)
ggCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCg > 2:1554320/1‑139 (MQ=255)
tGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTg < 2:1347843/139‑1 (MQ=255)
gCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGgcg > 1:78771/1‑116 (MQ=255)
gCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGgcg < 2:78771/116‑1 (MQ=255)
cccAGTTCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGtt > 1:1559545/1‑139 (MQ=255)
gTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcg < 1:1554320/139‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcgcg < 2:1555355/139‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcgcg < 1:468329/139‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGGTTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAAcgcg < 1:1109953/139‑1 (MQ=255)
ggtggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa < 2:1618973/57‑1 (MQ=255)
ggtggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGa > 1:1618973/1‑57 (MQ=255)
ggtTGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACt < 2:30081/139‑1 (MQ=255)
ttGGTCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACg < 1:1601933/81‑1 (MQ=255)
|
GGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACT > NC_000913/2163078‑2163340
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
