Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I1 R1
|
750 |
51.0 |
2595496 |
93.6% |
2429384 |
106.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,729,692 |
G→A |
A202A (GCG→GCA) |
lhr → |
putative ATP‑dependent helicase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,729,692 | 0 | G | A | 100.0%
| 80.5
/ NA
| 26 | A202A (GCG→GCA) | lhr | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (12/14); total (12/14) |
TGCTGACCTCCCGCGCGCGCGAAACGCTACGCGGCGTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCGCTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAACCCGCCCGCAATGCGCCATCCGCAGATACG > NC_000913/1729568‑1729826
|
tGCTGACCTCCCGCGCGCGCGAAACGCTACGCGGCGTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTc > 2:664694/1‑139 (MQ=255)
gCTACGCGGCGTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGcc < 2:880370/139‑1 (MQ=255)
aCGCGGCGTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACt < 1:165950/139‑1 (MQ=255)
cgTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTgcgc > 1:86381/1‑139 (MQ=255)
aaaCGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTcagc < 2:38234/139‑1 (MQ=255)
tgatgaAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGgca < 2:86381/139‑1 (MQ=255)
gatgaAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTcagcc < 1:359965/126‑1 (MQ=255)
gatgaAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTcagcc > 2:359965/1‑126 (MQ=255)
gTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCca < 1:455878/74‑1 (MQ=255)
gTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCca > 2:455878/1‑74 (MQ=255)
gTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTc > 2:97793/1‑139 (MQ=255)
gTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTc > 1:397394/1‑139 (MQ=255)
cACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTtg > 2:292463/1‑139 (MQ=255)
aCGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTtgg < 1:218065/139‑1 (MQ=255)
gCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATc < 2:485452/139‑1 (MQ=255)
gCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGccc < 2:686391/139‑1 (MQ=255)
gcgcATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTc > 2:292671/1‑86 (MQ=255)
gcgcATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTc < 1:292671/86‑1 (MQ=255)
cATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTCCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAAcc > 1:351609/1‑139 (MQ=255)
tCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTg > 1:772784/1‑59 (MQ=255)
tCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTg < 2:772784/59‑1 (MQ=255)
aaGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTgc > 1:1180982/1‑68 (MQ=255)
aaGTCTGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTgc < 2:1180982/68‑1 (MQ=255)
tGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAACCCGCCCGCAATGCGCCa < 1:97793/139‑1 (MQ=255)
tGGAGCGGCTCGATGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAACCCGCCCGCAATGCGCCa > 1:1185702/1‑139 (MQ=255)
aTGCACTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTCCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAACCCGCCCGCAATGCGCCATCCGCAGATACg < 2:351609/139‑1 (MQ=255)
|
TGCTGACCTCCCGCGCGCGCGAAACGCTACGCGGCGTCGAAACGGTAATTATTGATGAAGTCCACGCGGTAGCGGGCAGTAAACGTGGTGCGCATCTGGCGTTAAGTCTGGAGCGGCTCGATGCGCTGCTCCACACCTCAGCACAGCGAATTGGCCTTTCTGCCACTGTGCGCTCAGCCAGCGATGTGGCAGCATTTCTTGGTGGCGATCGCCCGGTTACGGTAGTCAACCCGCCCGCAATGCGCCATCCGCAGATACG > NC_000913/1729568‑1729826
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
