Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
757 |
76.1 |
3598070 |
93.4% |
3360597 |
108.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,571,332 |
G→T |
I238I (ATC→ATA) |
gadB ← |
glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,571,332 | 0 | G | T | 100.0%
| 117.5
/ NA
| 45 | I238I (ATC→ATA) | gadB | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (25/20); total (25/20) |
CCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCA > NC_000913/1571208‑1571465
|
ccAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCC‑‑ACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTAt < 1:24101/139‑1 (MQ=255)
cAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTa < 1:1627453/139‑1 (MQ=11)
tGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAt > 2:1359270/1‑138 (MQ=17)
tGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAAt < 1:1359270/138‑1 (MQ=17)
gAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAATCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCa < 1:1798538/139‑1 (MQ=17)
aaGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAg > 1:373032/1‑139 (MQ=17)
cTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCAt > 1:1434434/1‑139 (MQ=17)
gATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCg > 2:691826/1‑139 (MQ=18)
cGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGc > 2:316523/1‑139 (MQ=17)
cacGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTtg > 2:626615/1‑139 (MQ=18)
ggCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc < 2:540355/119‑1 (MQ=18)
ggCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc > 1:540355/1‑119 (MQ=17)
ggCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGa > 2:1779600/1‑139 (MQ=17)
cAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 1:1779600/139‑1 (MQ=17)
tCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc > 2:1043909/1‑129 (MQ=18)
tCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAc < 1:1043909/129‑1 (MQ=17)
cAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAg > 1:1380051/1‑139 (MQ=21)
tatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTa > 2:248642/1‑74 (MQ=14)
tatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTa < 1:248642/74‑1 (MQ=14)
tatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGt > 1:1427055/1‑139 (MQ=21)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGcc > 2:1606610/1‑139 (MQ=25)
ggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCg > 2:1293565/1‑139 (MQ=25)
gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGaaa > 2:536086/1‑139 (MQ=25)
gTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcac < 1:1606610/139‑1 (MQ=37)
aaGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGa < 2:373032/139‑1 (MQ=25)
aaGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGa < 1:1293565/139‑1 (MQ=25)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGAt > 1:1303833/1‑139 (MQ=255)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATgg > 2:709762/1‑139 (MQ=25)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATgg > 1:1067547/1‑139 (MQ=37)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATgg > 2:1268473/1‑139 (MQ=21)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATg < 2:1447978/138‑1 (MQ=21)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATg > 1:1447978/1‑138 (MQ=25)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATC‑GCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 2:625257/1‑139 (MQ=255)
aGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCa > 2:1735445/1‑53 (MQ=255)
aGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCa < 1:1735445/53‑1 (MQ=255)
aGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:1427055/139‑1 (MQ=25)
cGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTATGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:1268473/139‑1 (MQ=25)
cGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:1232106/139‑1 (MQ=21)
cGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca > 1:1232106/1‑139 (MQ=21)
tCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGCGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAgg < 1:771405/139‑1 (MQ=255)
aTGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcac < 2:1398006/110‑1 (MQ=25)
aTGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcac > 1:1398006/1‑110 (MQ=25)
aTGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCtt < 1:316523/139‑1 (MQ=25)
tgtgCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTc > 1:774283/1‑139 (MQ=37)
cATGTCTATGTCGATACCGGTATC‑GCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCa < 1:625257/139‑1 (MQ=255)
|
CCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAG‑‑TTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCA > NC_000913/1571208‑1571465
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
