Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
757 |
76.1 |
3598070 |
93.4% |
3360597 |
108.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,993,856 |
G→A |
*73* (TAG→TAA) |
ygeI → |
uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,993,856 | 0 | G | A | 100.0%
| 241.8
/ NA
| 74 | *73* (TAG→TAA) | ygeI | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/38); total (36/38) |
ATAAACACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGTTTTGTATATTTA > NC_000913/2993720‑2993990
|
aTAAACACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAAc > 1:319163/1‑139 (MQ=255)
aaaCACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGa < 1:1197130/139‑1 (MQ=255)
acaTCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGa < 1:223523/139‑1 (MQ=255)
caTCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGAc > 2:429003/1‑139 (MQ=255)
cAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCaa > 2:149293/1‑139 (MQ=255)
cAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGCTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCaa > 1:1268212/1‑139 (MQ=255)
acacCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCaaat < 1:39865/139‑1 (MQ=255)
gTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCa > 2:446889/1‑139 (MQ=255)
tGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCAt > 2:899778/1‑139 (MQ=255)
cTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGa > 1:120277/1‑121 (MQ=255)
cTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGa < 2:120277/121‑1 (MQ=255)
gATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga < 1:899778/139‑1 (MQ=255)
gATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga < 1:429003/139‑1 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc > 1:886303/1‑139 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc < 1:1724762/139‑1 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc > 1:1746418/1‑139 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc > 1:20192/1‑139 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc < 2:445367/139‑1 (MQ=255)
aCAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACAAGATAc > 1:1379860/1‑139 (MQ=255)
aTCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACtttt > 2:1573528/1‑139 (MQ=255)
aTCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACtttt < 1:260601/139‑1 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga < 2:585877/131‑1 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga > 1:585877/1‑131 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTta > 2:1385211/1‑139 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTta > 1:1771906/1‑139 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTta > 1:1691097/1‑139 (MQ=255)
tCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTta < 2:1746418/139‑1 (MQ=255)
aaTACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTataa > 1:268048/1‑139 (MQ=255)
aGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTataata < 1:1690750/135‑1 (MQ=255)
aGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTataata > 2:1690750/1‑135 (MQ=255)
aGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTAt < 2:1268212/139‑1 (MQ=255)
aGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTAt < 2:268048/139‑1 (MQ=255)
ttATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGt < 2:886303/139‑1 (MQ=255)
ttCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga > 1:458167/1‑110 (MQ=255)
ttCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga < 2:458167/110‑1 (MQ=255)
tCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt > 1:623869/1‑110 (MQ=255)
tCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt < 2:360701/110‑1 (MQ=255)
tCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt < 2:623869/110‑1 (MQ=255)
tCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt > 1:360701/1‑110 (MQ=255)
aaCATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTttcatt < 2:20192/139‑1 (MQ=255)
gcCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga > 2:1472897/1‑95 (MQ=255)
gcCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACgaga < 1:1472897/95‑1 (MQ=255)
gcCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTcacac < 1:1533382/139‑1 (MQ=255)
aaaaTGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGaaaaa > 2:1550430/1‑139 (MQ=255)
tGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTttcatt < 1:1701370/115‑1 (MQ=255)
tGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTttcatt > 2:1701370/1‑115 (MQ=255)
gATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATg < 2:1691097/139‑1 (MQ=255)
tGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc < 1:354690/81‑1 (MQ=255)
tGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATAc > 2:354690/1‑81 (MQ=255)
ttCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCAcc < 1:1573528/139‑1 (MQ=255)
agaagaTAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCaaa > 1:1308230/1‑139 (MQ=255)
aagaTAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTcac < 2:68972/111‑1 (MQ=255)
aagaTAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTcac > 1:68972/1‑111 (MQ=255)
gaTAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGtt < 1:1385211/139‑1 (MQ=255)
aTAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTa > 1:629687/1‑139 (MQ=255)
aaTCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTaaa < 1:446889/139‑1 (MQ=255)
tctcACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCAt < 1:1692047/50‑1 (MQ=255)
tctcACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCAt > 2:1692047/1‑50 (MQ=255)
tctcACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTaa < 2:1771906/139‑1 (MQ=255)
aCCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCAcc > 1:1044409/1‑118 (MQ=255)
aCCTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCAcc < 2:1044409/118‑1 (MQ=255)
ccTTACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATc > 2:327241/1‑139 (MQ=255)
tACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTc < 2:319163/139‑1 (MQ=255)
tACTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTc < 2:1308230/139‑1 (MQ=255)
cTATAAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCAc > 1:1472252/1‑139 (MQ=255)
ataAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAAc > 1:543330/1‑128 (MQ=255)
ataAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAAc < 2:543330/128‑1 (MQ=255)
taAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGtt > 2:1308765/1‑139 (MQ=255)
taAAATTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGtt < 1:1550430/139‑1 (MQ=255)
aaTTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt > 2:385247/1‑42 (MQ=255)
aaTTGAGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGAt < 1:385247/42‑1 (MQ=255)
aGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACg < 1:916264/129‑1 (MQ=255)
aGTGGTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACg > 2:916264/1‑129 (MQ=255)
ggTAAACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGTTTTGTAtattta < 2:629687/139‑1 (MQ=255)
|
ATAAACACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGTTTTGTATATTTA > NC_000913/2993720‑2993990
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
