Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I2 R1
|
762 |
35.5 |
1545288 |
95.5% |
1475750 |
117.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,544,384 |
C→T |
pseudogene (381/381 nt) |
yddK ← |
pseudogene, leucine‑rich protein, putative glycoportein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,544,384 | 0 | C | T | 100.0%
| 321.4
/ NA
| 98 | pseudogene (381/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein, putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (53/45); total (53/45) |
AAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATA > NC_000913/1544248‑1544519
|
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aaGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTa > 1:572932/1‑139 (MQ=255)
gCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTaaa > 2:620602/1‑139 (MQ=255)
gCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTaaa > 1:223666/1‑139 (MQ=255)
tAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTaaaaa < 1:728353/139‑1 (MQ=255)
cGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACt < 1:529935/139‑1 (MQ=255)
ggggTTAATTTTTGAACGTATGTCATGTTTCAAACCTTCAGAACGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTg < 2:541495/139‑1 (MQ=255)
aTCGTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATAAACTGGAGGaaa > 2:579745/1‑139 (MQ=255)
tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCCGACACTTGTAGAATTAGTGATGATTTTTTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAATACGAt > 2:368569/1‑139 (MQ=255)
tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt < 1:348322/139‑1 (MQ=255)
tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt < 2:126865/139‑1 (MQ=255)
tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt < 2:301092/139‑1 (MQ=255)
tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt > 1:126865/1‑139 (MQ=255)
aTGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCa > 2:124079/1‑139 (MQ=255)
tGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAg > 2:666653/1‑139 (MQ=255)
gTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGa < 1:151378/139‑1 (MQ=255)
tttCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCt > 2:116971/1‑139 (MQ=255)
cTTCAAATCGTGAAACTAAAGGGGTAAATATTAAATATATTATCAACAAAACCAGAAACTTAAAAAATTAGTGAAGATTTATTCATTTAAAAGGGCATGAACTGGAAGGAAACCGTCCGTCCAGAAGGTCTATCGGTTc < 2:587577/139‑1 (MQ=255)
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ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTcc > 1:277697/1‑139 (MQ=255)
ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTcc < 1:678521/139‑1 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:620602/139‑1 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:579745/139‑1 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:116971/139‑1 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:201516/139‑1 (MQ=255)
aaTCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc < 1:245080/139‑1 (MQ=255)
aaGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctctc > 2:656557/1‑126 (MQ=255)
aaGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctctc < 1:656557/126‑1 (MQ=255)
aaGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 2:597730/123‑1 (MQ=255)
aaGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct > 1:597730/1‑123 (MQ=255)
gggTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGt > 1:558488/1‑139 (MQ=255)
gTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaa > 2:312273/1‑139 (MQ=255)
tACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata > 1:137323/1‑139 (MQ=255)
tACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata > 1:21163/1‑139 (MQ=255)
aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTACAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaataa > 2:500360/1‑139 (MQ=255)
cATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATGGTaataat < 1:500360/139‑1 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 1:413918/1‑139 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 2:558488/139‑1 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 2:386190/1‑139 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatt < 1:666653/139‑1 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatt < 1:53445/139‑1 (MQ=255)
tataTTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTAc < 2:413918/139‑1 (MQ=255)
atatTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACa > 1:268553/1‑139 (MQ=255)
atatTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACa > 1:45273/1‑139 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt < 1:43104/79‑1 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt > 2:43104/1‑79 (MQ=255)
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tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc > 2:578281/1‑114 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACag > 1:205983/1‑139 (MQ=255)
attatCAACAAGACCAGACACTTATAGGATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGACTGATTGTaataat < 1:468596/127‑1 (MQ=255)
attatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 2:468596/1‑127 (MQ=255)
attatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt < 1:312273/139‑1 (MQ=255)
ttatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagta > 1:32179/1‑139 (MQ=255)
tatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata > 1:613389/1‑123 (MQ=255)
tatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata < 2:613389/123‑1 (MQ=255)
caacaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagtaagta < 2:19450/139‑1 (MQ=255)
acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTaaaa > 1:414112/1‑46 (MQ=255)
acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTaaaa < 2:414112/46‑1 (MQ=255)
acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGt < 2:716811/92‑1 (MQ=255)
acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGt > 1:716811/1‑92 (MQ=255)
acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTAtt > 1:35815/1‑139 (MQ=255)
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aaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGt < 2:277697/139‑1 (MQ=255)
aaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGt > 2:403595/1‑139 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATc > 2:189033/1‑68 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATc < 1:189033/68‑1 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 2:484653/92‑1 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct > 1:484653/1‑92 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGttt > 2:244760/1‑139 (MQ=255)
cAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat < 2:283177/113‑1 (MQ=255)
cAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 1:283177/1‑113 (MQ=255)
cAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAtt < 2:268553/139‑1 (MQ=255)
tataGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTaa > 2:229406/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCGATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 2:322824/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGATCTTGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTa < 2:400396/78‑1 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTa > 1:400396/1‑78 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 1:671012/1‑101 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 2:671012/101‑1 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTa < 1:222262/129‑1 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTa > 2:222262/1‑129 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 2:423233/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 1:371890/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 1:310899/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 2:44428/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGtt > 1:684671/1‑139 (MQ=255)
gTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAg > 1:272568/1‑54 (MQ=255)
gTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAg < 2:272568/54‑1 (MQ=255)
gatgatTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGttttt < 1:44428/139‑1 (MQ=255)
gatgatTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGttttt < 2:205983/139‑1 (MQ=255)
atgatTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagtaagt < 1:288409/108‑1 (MQ=255)
atgatTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagtaagt > 2:288409/1‑108 (MQ=255)
gatTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAAc > 2:226131/1‑139 (MQ=255)
aTTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGaa < 1:586954/46‑1 (MQ=255)
aTTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGaa > 2:586954/1‑46 (MQ=255)
aTTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata < 1:754320/83‑1 (MQ=255)
aTTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata > 2:754320/1‑83 (MQ=255)
ttCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTtat < 2:371890/139‑1 (MQ=255)
tCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTtata < 2:310899/139‑1 (MQ=255)
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AAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATA > NC_000913/1544248‑1544519
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
