Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I2 R1
|
757 |
38.1 |
1607544 |
96.5% |
1551279 |
117.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,670,581 |
G→A |
G295R (GGA→AGA) |
ynfM → |
putative arabinose efflux transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,670,581 | 0 | G | A | 100.0%
| 127.8
/ NA
| 40 | G295R (GGA→AGA) | ynfM | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/19); total (21/19) |
GTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCGGAATGTTACTCTTCT > NC_000913/1670454‑1670707
|
gTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGacc > 1:16281/1‑139 (MQ=255)
tGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg < 2:34411/139‑1 (MQ=255)
tGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg < 2:302335/139‑1 (MQ=255)
tCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGac < 1:314274/112‑1 (MQ=255)
tCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGac > 2:314274/1‑112 (MQ=255)
tCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGGTATGGGCGTGGTCCAGTGAt > 1:493326/1‑139 (MQ=255)
tCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGAt > 2:479586/1‑139 (MQ=255)
cGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGAtg < 2:640565/139‑1 (MQ=255)
cGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg > 2:297798/1‑119 (MQ=255)
cGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg < 1:297798/119‑1 (MQ=255)
aTGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACgg > 1:711923/1‑139 (MQ=255)
aTGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACgg > 1:210004/1‑139 (MQ=255)
ccccTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGGTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATg < 2:493326/139‑1 (MQ=255)
ccTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCt < 2:711923/139‑1 (MQ=255)
ggCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGtt < 1:759975/131‑1 (MQ=255)
ggCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGtt > 2:759975/1‑131 (MQ=255)
gtcagtcaGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGtt > 1:473477/1‑139 (MQ=255)
gtcagtcaGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGtt > 1:294184/1‑139 (MQ=255)
gtcagGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt > 2:586095/1‑139 (MQ=255)
tcagGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtg > 2:179888/1‑139 (MQ=255)
cagGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtga < 2:294184/139‑1 (MQ=255)
ggCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGacca < 2:391980/74‑1 (MQ=255)
ggCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGacca > 1:391980/1‑74 (MQ=255)
ccGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGAc < 1:586095/139‑1 (MQ=255)
tGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCt > 1:711936/1‑118 (MQ=255)
tGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCt < 2:711936/118‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTAt > 2:339626/1‑139 (MQ=255)
gCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAg < 2:210004/139‑1 (MQ=255)
gCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAg < 1:479586/139‑1 (MQ=255)
gCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAg > 2:443092/1‑139 (MQ=255)
gCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACg < 1:61201/91‑1 (MQ=255)
gCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACg > 2:61201/1‑91 (MQ=255)
aCCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCg < 2:187654/139‑1 (MQ=255)
cTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg < 2:222828/39‑1 (MQ=255)
cTCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg > 1:222828/1‑39 (MQ=255)
tCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg < 2:198203/38‑1 (MQ=255)
tCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg > 1:198203/1‑38 (MQ=255)
tCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGAc < 2:235218/62‑1 (MQ=255)
tCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGAc > 1:235218/1‑62 (MQ=255)
tCACCCAAAGCCAGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCGGAATGTTACtcttct > 1:777216/1‑139 (MQ=255)
|
GTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCGGAATGTTACTCTTCT > NC_000913/1670454‑1670707
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
