Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
81 |
94.4 |
2603848 |
74.4% |
1937262 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,594,550 |
C→G |
20.8% |
R58P (CGC→CCC) |
lgoT ← |
putative L‑galactonate:H+ symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,594,550 | 0 | C | G | 20.8%
| 170.1
/ 7.3
| 80 | R58P (CGC→CCC) | lgoT | putative L‑galactonate:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/13); new base G (3/15); total (52/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTACGCAAGGTTG > NC_000913/4594315‑4594781
|
ccccAACCCAAACAGCGTAAAGTTGTGCCACACGCCAGACATGGCCGGGAACAGTTGACAGAAAAACAACCCCCGGCCCGGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGGGGCACTTAAGCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGt < 2:560256/237‑1 (MQ=255)
acacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCgaga < 1:335822/239‑1 (MQ=255)
acaaGAACGGCGTAAAGTTGTGCACCATTCCAGACATGTGCGGGGACAGGGACCAGAAGCACCTCCCCATGCCCATGATCGGGGGTGGGCCGTTACGGGCCAAAAGGGGGCCGCGAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCgaga < 2:1220605/239‑1 (MQ=255)
cacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACCGCGAACTGCGGTCGGGAt > 1:1223939/1‑239 (MQ=255)
aCTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTg > 1:668279/1‑239 (MQ=255)
tGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTAACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑At > 1:1246501/1‑239 (MQ=255)
cGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGAGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTCAATTTGCTACCGCCAGCGAACTTCGGCTGAGATAATTG‑Att > 1:179769/1‑238 (MQ=255)
aGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGCCAGCGAACTCCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑Accgc > 1:86615/1‑238 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGt < 2:979391/214‑1 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGt > 1:979391/1‑214 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATACCGTAAGCGAGGGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCCCGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGAAAGCGAACAGGGGACAGTAAATTTG‑ATT‑AACGCCGCaaa > 2:950145/1‑239 (MQ=255)
cACCATGCCAGACCTTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGGCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGCGTGAAAACACAGAGAG‑CAAAGAGC‑CCGTTTCGGGGGCAATTAATCACACATCTTCAAGAA‑CACTAAAATTTGATACTGGCAACGAACCACGGTCGGGGTAATTG‑ATTAACCGCCGAaaaa > 2:938758/1‑239 (MQ=255)
cACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCACCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGCGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTACGCGAGGGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCCCTTAATACCAATTCTTCACGAA‑CATGAAAATTTGAAACGGACAACAAACTGCGGTCAAAATAATTG‑AAT‑AACTCCGCaaaaa > 2:454770/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGCCAACGAACTGCGGTCGAGAAAATTG‑ATT‑ACCGCCCCAaaaaaaaaa > 2:259445/1‑238 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAaataat > 1:1139030/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGCCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAaataat > 1:681868/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGACCTTAATCCCAATTCTTCAGGAA‑TCGTTAAATTTGTTACCGACAACGAACTCGGGGCAGGATAATTG‑ATT‑ACCCCCCCAaaaaaaaaa > 2:312650/1‑238 (MQ=255)
tGCCAGACACTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCACTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑GGCTTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCGTCACGAA‑TCGTGAAATTTGCTACCGACAGCGAAGTGAGGTCACGATAATTC‑TTT‑ACCGCCCCAaaaaaaaaa > 2:146022/1‑238 (MQ=255)
cAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTTCCGACACCGAACTGCGGTGCGGTTAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAatactaca > 1:663793/1‑237 (MQ=255)
tGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGATTGAAAACACGGCGAG‑CAAAGCGC‑CGACTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTACATTTGCGACAGAAACCGACATGCGGGCGAGAAAATTG‑ATT‑ACCCCCGCAAAAAATaaaaaaaaaaagg > 2:942112/1‑234 (MQ=255)
tGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGCCAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACGGCCGCAAAAAATAATAACAACTTgg > 1:492716/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGGGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAAAAAAAAGGGGGGGGGTTGa‑a > 2:195557/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGCGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGTCGGTGGTTTGa‑a > 1:428570/1‑239 (MQ=255)
tGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTGa‑a > 1:716892/1‑239 (MQ=255)
agaagaACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAAAATGGCGGGGGGTTAA‑AAGCgg > 1:672642/1‑238 (MQ=255)
aagaaCATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAACTAATAACAACATGGCGGTGGGTTGacatcgttt > 1:1237638/1‑231 (MQ=255)
aaCATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGCCAGCGAAATGCGGTCTAGCAAATTT‑ATT‑ACCGCCGCAAACATAAATAAAAAAATGGGGGGGGGTGTA‑AAGCGTTTAAt > 2:599140/1‑239 (MQ=255)
cATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAACTTTGCTACCGACAGCGCACTGCGGTGCAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACAAGGCGGAGGTGTGA‑ATGTG‑TTAATTca > 2:870605/1‑238 (MQ=255)
cATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGGGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAAtaataa > 1:53028/1‑207 (MQ=255)
gTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTTC‑ATGGGTTTTATTCTGGTACtt > 1:1018738/1‑238 (MQ=255)
tCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTCGGCCGCCAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACCGCGAACTTGGGTCGGGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACCTGGCGGTGGGTTGAGTTGCGTATAATTggggaaatc > 2:983104/1‑234 (MQ=255)
cccAGCAGCGGGGGTGCCCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAGGGAAGTGGCACAACCCCGTAAGCGAGTAAAAACACGGAGAG‑CAAGGCGC‑CGTTTCCGGTGGCACTTAACCCAAATTCTTCACGAT‑TCGTTAATTTTGCTCCCGACAGCAAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCg < 1:212795/239‑1 (MQ=255)
cATCGGGCGTGGGCTTTTACGTTCAAATTGTGGCCCGAAAGAAAGTGGCCAAATCCCGAAAGCGAGTAAAAACAGGGAAGA‑CAAAGCCC‑CTTTTTCGGTGGCATTTAATCCAATTTTTCCACAAA‑TCTTTAAATTTGCTACCGACGGCGAACTGCGGTCGAGATATTTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGaa < 1:312650/239‑1 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGTTAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTAATGCGTTGGACTaa > 1:276488/1‑239 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTTATTCGGGTACTTCGTTGTACTaa > 1:215263/1‑239 (MQ=255)
aGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGGACTCGGTTGAAcaa > 1:902281/1‑236 (MQ=255)
ttACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGCCAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCCCCGCAAAAAATAATAACAAAATGGCGGTGGGTTTA‑ATGCGGTTAATTTGGGGAAAGCGTTAAACAAAACCAAC‑aggtgg > 2:754645/1‑239 (MQ=255)
tACGACCCAATGGGGGGCCGAAAGGAAGTTGCGAAATCCCGTAAG‑GAGGGAAAACACGGGAAGACAAGGCGC‑CATTTTGGGGGGCACTTAACCCAAATTCTCCACAAA‑TCTTTAATTTTGCAACCGACAGCGAACTGGGGTGGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑c < 1:259445/239‑1 (MQ=255)
tCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTACTTTCGGAACTGCGTTGAACTATTCCTTC‑TGGTGG‑ccaggg > 1:608807/1‑234 (MQ=255)
tAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGCCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAatat > 1:1010951/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGTTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGAGGGGGGTTTA‑AAGCGTTTATTTCGGGGACTACGTTGAAATAAATCATC‑GGTGGG‑CGCGGGacaatatgcg > 2:1096410/1‑230 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATCATTG‑ATT‑ACCGCCGCCAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTGA‑ATGGGGTTTATTCGGGGACTTCGTTTAACTAAAACATCTTGGGGA‑CCCGGGAatttttcc > 2:794355/1‑233 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTTATTTGGGTACTTCGTTGAACTAATCCCTT‑TGGGGG‑CCAGGGaaaaacttcc > 1:569798/1‑231 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGGTTAATTCTGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TTGTGG‑GCCggggagatattc > 1:995979/1‑229 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGGTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATAACTTcc > 1:580052/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑ATGCGTTTAATTTGGGAACGCCGTTGAACTAATCCATC‑TTGTGG‑GCCGGGAAAAACTGcc > 1:775594/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGCGGGTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTGAACTAATCCATT‑TGGGGG‑CACGGGGAAATCTTcc > 1:238096/1‑239 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGATGCTTGA‑AGGCGGTTGATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGGATATCTGc > 1:462537/1‑238 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATAGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAAAATTTGcc > 1:885630/1‑239 (MQ=255)
gaccGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGTTTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGGTTGA‑ATGGGTTTAATTTGGGGACTGCGTTGAAATAACTCATC‑CGGTGG‑GCAGGGAATACTTGcc > 1:1014249/3‑239 (MQ=255)
aggTTGCGCAACCCCTAAAGCGAGAAAAAACCGGGAGAA‑CAAAGCGC‑CGTTTCCGGTGGCACTTAACCCCAATTCTGCACGAT‑TCGTTAAATTTGCAACCGACGGCGAACTGCGGGCGAAATAATTG‑TTT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGa < 1:870605/235‑1 (MQ=255)
cgcAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTTCGTTTAACTAATCCATC‑TGGGGG‑CACGGGAATATCTGCCGCAGCAGATGGCGTaa > 1:373271/1‑239 (MQ=255)
aTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGCTTGT‑AAGCTTTTAATTTGGGGACTGCCTTTAACCAATCAAAC‑TTGTGGACAGGGAAATA‑CTGCCGAAGAAGAggggaaaaaaaa > 2:571087/1‑230 (MQ=255)
ggAGTAAAAACCGGGGAAG‑CAAGGCCC‑CGATTCGGGGGGCACTTAACCCAATTTCTCCAGGAA‑TCGTAAAATTTGCTCCCGACAGGGACCGGGGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAAcgcg < 1:754645/236‑1 (MQ=255)
taaaaaaaCGGGGAG‑AACAGCGCGCATTTTCGGTGCCATTAAATCCAAAGTCTTAAGGAA‑TGGTAAATTTGGCTACCAAGACAGAACGCGGGTCGAGATAATGG‑ATT‑TCCGCCGCAAAAAATAATAACAACATAGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATc < 2:885630/236‑1 (MQ=255)
tGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑GACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGGGGAAATGAAGAACGCGGCTCGa > 1:394240/1‑239 (MQ=255)
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gCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGGATATCTGCCGACGAAGATGGGGTAAATGAAGAACGCGGGTCGATGGGGGTATTTTCTTTTTCCACGCCGGACCTCTGTATTTATAATTTTAATTTTTTTCTAAATTTGGCAtt > 1:1081470/1‑239 (MQ=255)
cGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGCGGGTTGA‑ATGCGTTTTATTCGGGTCCTGTCTTGGACTAATACAGT‑CGGTGG‑CACGGGAATTCTTTCCCGTGCAGATTGGGTAAATGTGAAAAGCTGATCGATGGGGCATTTTTGTTTTTTCCCTCAGGCATCATGCATTTTTAAATTTTATTATTTTCGTAATTGTGCCTTTCGACAGGTTg > 2:778884/1‑239 (MQ=255)
|
CACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTACGCAAGGTTG > NC_000913/4594315‑4594781
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
