Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
502 |
34.8 |
1912488 |
98.2% |
1878063 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,141,969 |
G→C |
P341A (CCG→GCG) |
hybC ← |
hydrogenase 2 large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,141,969 | 0 | G | C | 100.0%
| 159.4
/ NA
| 44 | P341A (CCG→GCG) | hybC | hydrogenase 2 large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (21/23); total (21/23) |
CACCCAGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTCATCGGAATGAGAAGTGA > NC_000913/3141895‑3142046
|
cACCCAGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCtt < 2:577540/80‑1 (MQ=255)
ccAGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCttcttc > 2:577591/1‑81 (MQ=255)
cAGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCt < 2:577541/81‑1 (MQ=255)
aGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCtt < 1:577542/81‑1 (MQ=255)
ggAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCttt < 1:577543/81‑1 (MQ=255)
ggAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCttt < 2:577544/81‑1 (MQ=255)
atatTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTtata < 1:577545/81‑1 (MQ=255)
atTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATAc > 2:577593/1‑80 (MQ=255)
tttCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATAc > 1:577600/1‑79 (MQ=255)
tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAg > 2:577596/1‑80 (MQ=255)
cccGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAg > 2:577595/1‑79 (MQ=255)
gtcgtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTg < 1:577546/81‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTg > 1:577606/1‑81 (MQ=255)
gtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCtt < 1:577548/81‑1 (MQ=255)
gtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCtt > 2:577597/1‑81 (MQ=255)
gtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCtt > 1:577604/1‑81 (MQ=255)
gtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCt < 1:577547/80‑1 (MQ=255)
tcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTc < 2:577549/81‑1 (MQ=255)
aGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc < 1:577550/81‑1 (MQ=255)
aGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc < 1:577551/81‑1 (MQ=255)
accaaccaTCATAAGTTGGAATGGTGGTGCATTCCCACGGTGCATGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCgcgc > 2:953915/1‑81 (MQ=255)
accaaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCgcgc > 1:577612/1‑81 (MQ=255)
accaaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCgcgc > 2:577611/1‑81 (MQ=255)
ccaaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCt > 2:577602/1‑81 (MQ=255)
caaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCtt > 2:577607/1‑81 (MQ=255)
caaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCtt > 1:577617/1‑81 (MQ=255)
atcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCt > 2:577613/1‑80 (MQ=255)
atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGaa < 1:577552/80‑1 (MQ=255)
aGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGcc < 1:577554/81‑1 (MQ=255)
aGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGc < 1:577553/80‑1 (MQ=255)
ccGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCtt < 2:577555/81‑1 (MQ=255)
cGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCttt > 1:577598/1‑81 (MQ=255)
cGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCttt < 1:577556/81‑1 (MQ=255)
ggAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTg < 1:577558/81‑1 (MQ=255)
ggAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTg < 2:577557/81‑1 (MQ=255)
gAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGa > 1:577605/1‑81 (MQ=255)
gAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGa > 2:577623/1‑81 (MQ=255)
aTGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGAt > 2:577610/1‑80 (MQ=255)
ggtggtGCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAg > 1:577603/1‑81 (MQ=255)
tgCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTAtt < 1:577559/81‑1 (MQ=255)
tgCCTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTAtt < 2:577560/81‑1 (MQ=255)
ccTTCCCACGGTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTc < 2:577561/80‑1 (MQ=255)
ggTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTCATCGGAAt > 1:577618/1‑79 (MQ=255)
gTGCCTGCGCCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTCATCGGAATgag < 2:577562/81‑1 (MQ=255)
gcgccgCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTCATCGGAATGAGAAGTGa > 2:577630/1‑81 (MQ=255)
|
CACCCAGGAATATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATTCATCGGAATGAGAAGTGA > NC_000913/3141895‑3142046
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
