Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
730 |
35.1 |
2107516 |
91.4% |
1926269 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,230,163 |
T→C |
Y426H (TAT→CAT) |
ygjK → |
glycoside hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,230,163 | 0 | T | C | 100.0%
| 165.2
/ NA
| 47 | Y426H (TAT→CAT) | ygjK | glycoside hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (18/29); total (18/29) |
GAGCGTGGTGGCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACTGGTGGTTACGT > NC_000913/3230085‑3230240
|
gAGCGTGGTGGCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGcat < 1:602535/81‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACg < 1:602536/81‑1 (MQ=255)
gtggCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGAGCATAACGTCa < 2:602537/81‑1 (MQ=255)
ggCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCAcc > 2:602601/1‑81 (MQ=255)
gCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCAcc < 2:602538/80‑1 (MQ=255)
gCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCAcc > 1:602616/1‑80 (MQ=255)
gATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCaa < 1:602539/81‑1 (MQ=255)
aTGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAg < 2:602540/81‑1 (MQ=255)
tGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCAccc > 1:602602/1‑77 (MQ=255)
ggcggcAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTTGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGa > 2:602611/1‑80 (MQ=255)
ggcggcAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGa > 2:602606/1‑80 (MQ=255)
gcggcAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATa < 1:602541/81‑1 (MQ=255)
cggcAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATaa < 1:602542/81‑1 (MQ=255)
aaCTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAAcc > 1:602620/1‑81 (MQ=255)
aCTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCt < 1:602543/81‑1 (MQ=255)
tGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTgg > 2:602621/1‑81 (MQ=255)
aacgaacgTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTg > 2:602623/1‑81 (MQ=255)
acgaacgTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTgg < 2:602545/81‑1 (MQ=255)
acgaacgTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTgg < 1:602544/81‑1 (MQ=255)
cgaacgTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGc < 1:602546/81‑1 (MQ=255)
aacgTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCag < 1:602547/81‑1 (MQ=255)
aTACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATg < 1:602548/80‑1 (MQ=255)
cAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTAccc < 1:602549/81‑1 (MQ=255)
aaaCCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTAccc > 1:602613/1‑80 (MQ=255)
aaCCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGa < 1:602550/81‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACtgg < 2:602551/81‑1 (MQ=255)
ccTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACtggt < 2:602552/81‑1 (MQ=255)
cTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACtggtg < 2:602553/81‑1 (MQ=255)
cTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGCAT‑ACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACtggtgg > 2:602607/1‑81 (MQ=255)
gccgccTGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGcc > 2:602632/1‑81 (MQ=255)
tGGTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCAc > 2:602617/1‑81 (MQ=255)
gTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCAc < 2:602555/79‑1 (MQ=255)
gTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACg < 1:602554/80‑1 (MQ=255)
gTCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGa > 2:602635/1‑81 (MQ=255)
tCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGAc < 2:602556/81‑1 (MQ=255)
tCGGTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGAc < 1:602557/81‑1 (MQ=255)
ggTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtg > 1:602637/1‑81 (MQ=255)
ggTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtg < 1:602559/81‑1 (MQ=255)
ggTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACt < 2:602560/80‑1 (MQ=255)
ggTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGAGTGACAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACt < 2:602558/80‑1 (MQ=255)
gTGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtgg < 2:602561/81‑1 (MQ=255)
tGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtggt < 1:602562/81‑1 (MQ=255)
tGATGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtggt > 2:602625/1‑81 (MQ=255)
aTGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtggtgg < 2:602563/81‑1 (MQ=255)
aTGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtggtgg > 2:602619/1‑81 (MQ=255)
aTGGAAGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACtggtg < 2:602564/80‑1 (MQ=255)
aaGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACTGGTGGTTAc > 1:602638/1‑81 (MQ=255)
aGTGCATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACTGGTGGTTACg > 1:602612/1‑81 (MQ=255)
gtgcATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACTGGTGGTTACGt < 2:602565/81‑1 (MQ=255)
|
GAGCGTGGTGGCGATGGCGGCAACTGGAACGAACGTAATACCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACCTGGGTGGCAGAGATGTACCCGAAACTGGTGGCCTATCACGACTGGTGGTTACGT > NC_000913/3230085‑3230240
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
