Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
730 |
35.1 |
2107516 |
91.4% |
1926269 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,408,537 |
T→C |
L311L (TTA→CTA) |
panF → |
pantothenate:Na(+) symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,408,537 | 0 | T | C | 100.0%
| 149.8
/ NA
| 43 | L311L (TTA→CTA) | panF | pantothenate:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (19/24); total (19/24) |
GTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTCGACAATT > NC_000913/3408463‑3408614
|
gTATGCACCTGGCCGGAGCGTTGGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATgg > 2:646465/1‑81 (MQ=255)
aTGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGt > 2:646485/1‑80 (MQ=255)
ccTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGt < 1:646407/81‑1 (MQ=255)
ggCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGtgct > 2:646474/1‑81 (MQ=255)
gCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGtgctg > 2:646480/1‑81 (MQ=255)
cGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGtgctgc > 2:646478/1‑80 (MQ=255)
cGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGtgctgc > 1:646486/1‑80 (MQ=255)
ggAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCa < 1:646408/81‑1 (MQ=255)
gAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGGTCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCAc < 1:646409/81‑1 (MQ=255)
gAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCAc > 1:646468/1‑81 (MQ=255)
gTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGtt < 1:646410/81‑1 (MQ=255)
gTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGtt > 1:646470/1‑81 (MQ=255)
ttAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGttt < 1:646411/81‑1 (MQ=255)
tAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTtg > 1:646463/1‑81 (MQ=255)
ggTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTtgc < 2:646412/80‑1 (MQ=255)
gggCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCg < 2:646413/81‑1 (MQ=255)
gCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCggg < 2:646414/81‑1 (MQ=255)
gTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATc > 1:646481/1‑81 (MQ=255)
tGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCt > 2:646491/1‑81 (MQ=255)
aTCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCtt < 1:646416/80‑1 (MQ=255)
aTCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCtt < 2:646415/80‑1 (MQ=255)
tCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTcc > 1:646487/1‑81 (MQ=255)
tCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTcc < 1:646417/81‑1 (MQ=255)
cccGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTg < 2:646418/81‑1 (MQ=255)
gATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCt > 1:646473/1‑81 (MQ=255)
aCCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCAc < 2:646419/79‑1 (MQ=255)
ccGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGa < 1:646420/81‑1 (MQ=255)
cGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGAt < 2:646421/81‑1 (MQ=255)
cGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGAt < 2:646422/81‑1 (MQ=255)
gTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATg < 2:646423/81‑1 (MQ=255)
gTACCGGACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATg < 1:646424/81‑1 (MQ=255)
ggACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGc < 1:646425/81‑1 (MQ=255)
ggACCTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGc > 1:646471/1‑81 (MQ=255)
cTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGAt > 2:646479/1‑80 (MQ=255)
cTGGTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATc < 1:646426/81‑1 (MQ=255)
ggTGATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCAt > 2:646427/1‑81 (MQ=255)
gATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTc > 1:646483/1‑81 (MQ=255)
gATCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCCTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTc > 2:646496/1‑81 (MQ=255)
aTCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTc < 2:646428/80‑1 (MQ=255)
aTCCCAACGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTc < 1:646429/80‑1 (MQ=255)
aaCGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTCGACAAt > 2:646492/1‑81 (MQ=255)
aCGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTCGACAAtt < 2:646430/81‑1 (MQ=255)
aCGCTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTCGACAAtt < 2:646431/81‑1 (MQ=255)
|
GTATGCACCTGGCCGGAGCGTTAGGTCGGGCGGTGATCCCCGATCTCACCGTACCGGACCTGGTGATCCCAACGTTAATGGTAAAAGTGCTGCCACCGTTTGCTGCCGGGATCTTCCTGGCTGCACCGATGGCTGCGATCATGTCGACAATT > NC_000913/3408463‑3408614
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
