Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
690 |
31.8 |
1836723 |
97.1% |
1783458 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,487,099 |
A→G |
G294G (GGA→GGG) |
lptF → |
lipopolysaccharide transport system protein LptF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,487,099 | 0 | A | G | 100.0%
| 137.1
/ NA
| 40 | G294G (GGA→GGG) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (13/27); total (13/27) |
CGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACG > NC_000913/4487022‑4487175
|
cGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGgcgc > 1:859087/1‑81 (MQ=255)
cGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGgcgc > 1:859065/1‑81 (MQ=255)
tATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGt < 2:859010/81‑1 (MQ=255)
tCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTa < 2:859011/80‑1 (MQ=255)
cACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACt > 1:859080/1‑81 (MQ=255)
aCGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACt < 2:859012/80‑1 (MQ=255)
tGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGa > 2:859082/1‑81 (MQ=255)
ttCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGAtgct < 1:859014/80‑1 (MQ=255)
tCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGAtgctgc > 1:859085/1‑81 (MQ=255)
aCCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTgcc < 1:859015/80‑1 (MQ=255)
aCCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTgcc < 1:859016/80‑1 (MQ=255)
aCCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTgcc < 1:859017/80‑1 (MQ=255)
cGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTgccagc > 2:859085/1‑81 (MQ=255)
tttATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCAt < 2:859017/80‑1 (MQ=255)
tATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCAtgc < 1:859019/80‑1 (MQ=255)
atgatgGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCAtgctg > 1:859079/1‑81 (MQ=255)
atgatgGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCAtgct < 1:859020/80‑1 (MQ=255)
atgGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATgctgct < 1:859022/80‑1 (MQ=255)
atgGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATgctgct < 1:859021/80‑1 (MQ=255)
ttATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTAc > 2:859077/1‑81 (MQ=255)
aTGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTAc < 2:859023/79‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACt < 2:859022/80‑1 (MQ=255)
tGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACtt < 1:859025/80‑1 (MQ=255)
ggTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACtttt > 1:859081/1‑81 (MQ=255)
gTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTttc > 2:859076/1‑81 (MQ=255)
gTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTttcttc > 1:859089/1‑81 (MQ=255)
tACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTcc < 1:859026/81‑1 (MQ=255)
tACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTcc < 1:859027/81‑1 (MQ=255)
ccGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCt < 2:859027/80‑1 (MQ=255)
cGCTGGGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGa < 2:859028/81‑1 (MQ=255)
cTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATc < 1:859030/81‑1 (MQ=255)
gAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATc > 1:859093/1‑79 (MQ=255)
aGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATcc < 2:859030/79‑1 (MQ=255)
cGTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGAc < 2:859031/81‑1 (MQ=255)
gTGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGAcc > 2:859074/1‑81 (MQ=255)
tGGTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCt < 1:859033/81‑1 (MQ=255)
ggTTAACCCACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTc > 2:859091/1‑81 (MQ=255)
cccACGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGa > 2:859089/1‑80 (MQ=255)
aCGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATc < 1:859035/81‑1 (MQ=255)
aCGTCAGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATc < 1:859034/81‑1 (MQ=255)
aGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAAcg < 1:859037/81‑1 (MQ=255)
aGGGGCGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAAc < 1:859036/80‑1 (MQ=255)
|
CGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACG > NC_000913/4487022‑4487175
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
