Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,374,944 |
G→A |
V26M (GTG→ATG) |
dcuD → |
putative transporter DcuD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,374,944 | 0 | G | A | 100.0%
| 56.6
/ NA
| 17 | V26M (GTG→ATG) | dcuD | putative transporter DcuD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (9/8); total (9/8) |
CAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCGGTGGTGTACTCGATCC > NC_000913/3374867‑3375017
|
caaTGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAgatgg > 2:594386/1‑81 (MQ=255)
gTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTgct > 2:594396/1‑81 (MQ=255)
cGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTgctgg < 1:594363/80‑1 (MQ=255)
aTTATATCTGTCATCGTATTAACTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCa < 1:594364/81‑1 (MQ=255)
atatCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAgg > 2:594391/1‑80 (MQ=255)
cATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCt > 1:594389/1‑81 (MQ=255)
attaattaCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTgatgat > 2:594387/1‑81 (MQ=255)
attaCTATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGc > 1:594398/1‑81 (MQ=255)
taCGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCgg > 1:594385/1‑81 (MQ=255)
aTGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTc < 1:594365/81‑1 (MQ=255)
gATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGtt > 1:594381/1‑81 (MQ=255)
gATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGt < 1:594366/80‑1 (MQ=255)
aTCCTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGtt < 2:594367/80‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCggt > 2:594392/1‑81 (MQ=255)
aaaaaCTACAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCggtggt > 1:594393/1‑81 (MQ=255)
cAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCGGTGGTGTACTc < 1:594368/79‑1 (MQ=255)
cAAACCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCGGTGGTGTACTc < 1:594369/79‑1 (MQ=255)
aCCTCAGATGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCGGTGGTGTACTCGATcc < 2:594370/81‑1 (MQ=255)
|
CAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCTTCCTGATGATGTGCGGTGTCTGGTTAGGGTTCGGTGGTGTACTCGATCC > NC_000913/3374867‑3375017
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
