Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,046,867 |
G→A |
G725G (GGC→GGT) |
gcvP ← |
glycine decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,046,867 | 0 | G | A | 100.0%
| 117.0
/ NA
| 33 | G725G (GGC→GGT) | gcvP | glycine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (12/21); total (12/21) |
CGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGGTGTGAAACGT > NC_000913/3046789‑3046943
|
cgcgCCCTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACAcc < 2:566486/81‑1 (MQ=255)
gcgcCCTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACAcc > 2:566522/1‑80 (MQ=255)
gcCCTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGAt < 1:566487/81‑1 (MQ=255)
cccTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATc > 2:566537/1‑81 (MQ=255)
aCGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTcc < 2:566488/81‑1 (MQ=255)
cGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTccc < 1:566489/81‑1 (MQ=255)
aaCATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATAccc > 2:566533/1‑81 (MQ=255)
cGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGaccacc < 1:566490/79‑1 (MQ=255)
gATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGaccaccacc < 2:566491/81‑1 (MQ=255)
gATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGaccaccacc > 1:566535/1‑81 (MQ=255)
tGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCAccgcc < 2:566492/80‑1 (MQ=255)
tGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCAccgcc < 1:566493/80‑1 (MQ=255)
gCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGt > 1:566544/1‑81 (MQ=255)
caccacGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTg < 1:566495/81‑1 (MQ=255)
caccacGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTg < 1:566494/81‑1 (MQ=255)
ccacGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCg < 1:566496/81‑1 (MQ=255)
acGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGa < 1:905879/81‑1 (MQ=255)
gcaaTGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAAt < 1:566497/78‑1 (MQ=255)
gCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAAt < 1:566498/81‑1 (MQ=255)
gCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAAt > 2:566540/1‑81 (MQ=255)
cTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATg > 1:566543/1‑81 (MQ=255)
cTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATg < 2:566499/81‑1 (MQ=255)
aTGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATg > 2:566542/1‑79 (MQ=255)
gACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAg > 2:566534/1‑80 (MQ=255)
cAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTa < 2:566500/80‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATg > 2:566562/1‑81 (MQ=255)
cGGTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAg < 2:566501/81‑1 (MQ=255)
ggTGCCAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAgg < 2:566502/81‑1 (MQ=255)
tacAAATGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTa < 2:566503/79‑1 (MQ=255)
aaaTGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAgg > 2:566550/1‑81 (MQ=255)
tGCGCTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGgtgt < 2:566504/81‑1 (MQ=255)
gcTTTCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGGTGTGaa < 2:566505/81‑1 (MQ=255)
tCACACCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGGTGTGAAACGt > 2:566561/1‑81 (MQ=255)
|
CGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCTTCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGGTGTGAAACGT > NC_000913/3046789‑3046943
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
