Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
224 |
87.5 |
2960670 |
99.3% |
2939945 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,880,579 |
(A)7→8 |
coding (470/675 nt) |
casD ← |
type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,880,572 | 1 | . | A | 100.0%
| 352.8
/ NA
| 99 | L159F (TTG→TTT) | casD | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base A (52/47); total (52/47) |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑AAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAAGG > NC_000913/2880442‑2880705
|
gATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagc < 1:1226132/140‑4 (MQ=255)
tcatcGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagcgg < 1:1391453/140‑6 (MQ=255)
tcatcGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagcgg < 2:1459313/140‑6 (MQ=255)
catcGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagcgg > 1:1406397/1‑134 (MQ=255)
catcGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagcgg < 2:1406397/139‑6 (MQ=255)
catcGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATACATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCggg > 2:1018277/1‑140 (MQ=255)
ggTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGgtg < 2:562509/138‑1 (MQ=255)
ggTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGgtg > 1:562509/1‑138 (MQ=255)
ttCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGtt > 1:1010364/1‑140 (MQ=255)
cgtcgCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagc > 2:788137/1‑126 (MQ=255)
cgtcgCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagc < 1:788137/129‑4 (MQ=255)
gtcgCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGt > 2:1428101/1‑140 (MQ=255)
tcgCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTg > 1:1372565/1‑140 (MQ=255)
cgcgcgCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTgg > 1:655915/1‑140 (MQ=255)
cgcgcgCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑aaaaaaaagc < 1:682928/126‑4 (MQ=255)
cgcgcCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGc > 2:1132962/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATACATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGc < 1:1018277/140‑1 (MQ=255)
cgcCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCaa < 2:388967/140‑1 (MQ=255)
gcCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCATCGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAAc > 2:950513/1‑140 (MQ=255)
tAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTtct > 2:146218/1‑140 (MQ=255)
tAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTtct < 2:655915/140‑1 (MQ=255)
tAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTtct > 1:1277935/1‑140 (MQ=255)
aaaTTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTtctc < 1:373890/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGc < 2:814096/140‑1 (MQ=255)
aaaTGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCa > 2:1460734/1‑140 (MQ=255)
tgatgCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt < 1:1126276/140‑1 (MQ=255)
tgatgCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt < 1:1428101/140‑1 (MQ=255)
tgatgCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt < 2:101487/140‑1 (MQ=255)
tgatgCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt < 2:88956/140‑1 (MQ=255)
tgCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAg < 1:1038358/140‑1 (MQ=255)
gCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGc < 2:1170205/129‑1 (MQ=255)
gCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGc > 1:1170205/1‑129 (MQ=255)
aCTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATACGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATAcc < 2:1142845/140‑1 (MQ=255)
tGATTCCTCACTATCTATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGa < 2:1278910/140‑1 (MQ=255)
tGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGa < 1:1090186/140‑1 (MQ=255)
tGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGa < 2:723531/140‑1 (MQ=255)
aTTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt > 2:7545/1‑124 (MQ=255)
ttCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGc < 2:1182632/140‑1 (MQ=255)
tCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt > 2:1214539/1‑122 (MQ=255)
tCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGt < 1:1214539/122‑1 (MQ=255)
ccTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCtt < 2:894495/140‑1 (MQ=255)
cTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCttt > 2:915526/1‑140 (MQ=255)
cACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTaa > 2:287487/1‑140 (MQ=255)
atatatatCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACt > 1:413257/1‑140 (MQ=255)
atatatatCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACt < 2:1372565/140‑1 (MQ=255)
atatCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCt < 1:853760/139‑1 (MQ=255)
atatCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCt > 2:853760/1‑139 (MQ=255)
tCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCttttt > 2:499105/1‑140 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTc < 1:315290/139‑1 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCa > 1:1227361/1‑140 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCa > 1:217904/1‑140 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCa > 2:1338564/1‑140 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCa > 1:380640/1‑140 (MQ=255)
gccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCa > 1:686013/1‑140 (MQ=255)
ccgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCaa > 2:1099847/1‑140 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACt > 2:1060904/1‑129 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACt < 1:1060904/129‑1 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAg > 1:1202899/1‑140 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAg > 2:377354/1‑140 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAg > 2:808323/1‑140 (MQ=255)
cgccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAg > 2:944963/1‑140 (MQ=255)
gccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGt < 2:1083222/140‑1 (MQ=255)
gccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGt < 2:188403/140‑1 (MQ=255)
ccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGtt < 2:413257/140‑1 (MQ=255)
ccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGtt > 2:519854/1‑140 (MQ=255)
ccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGtt > 2:658116/1‑140 (MQ=255)
ccAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGtt > 2:1400833/1‑140 (MQ=255)
cATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAAc < 2:686013/140‑1 (MQ=255)
tAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCa < 1:287487/140‑1 (MQ=255)
aTTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATc < 2:1227361/140‑1 (MQ=255)
aGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCAt < 1:1338564/140‑1 (MQ=255)
gcgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATg < 1:519854/140‑1 (MQ=255)
gcgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATg < 1:808323/140‑1 (MQ=255)
cgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATgg > 1:551431/1‑140 (MQ=255)
cgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATgg > 2:412713/1‑140 (MQ=255)
cgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATg < 2:1246524/139‑1 (MQ=255)
cgcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGAATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATg > 1:1246524/1‑139 (MQ=255)
gcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATggg < 1:377354/140‑1 (MQ=255)
gcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATggg < 2:380640/140‑1 (MQ=255)
gcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATggg < 1:146218/140‑1 (MQ=255)
gcCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATggg < 1:850355/140‑1 (MQ=255)
ccTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCAt > 2:528322/1‑136 (MQ=255)
ccTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATgggg > 1:874728/1‑140 (MQ=255)
ccTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATgggg > 2:357290/1‑140 (MQ=255)
cTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGgt < 1:755056/140‑1 (MQ=255)
cTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGgt < 2:217904/140‑1 (MQ=255)
cTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGCAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGtt > 1:1200845/1‑140 (MQ=255)
gAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTaa < 1:1099847/140‑1 (MQ=255)
aGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGCAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAAc < 2:1200845/140‑1 (MQ=255)
ccGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCagag > 1:154916/1‑140 (MQ=255)
gATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCagagag < 1:658116/140‑1 (MQ=255)
aTGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTaa < 1:780016/131‑1 (MQ=255)
aTGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTaa > 2:780016/1‑131 (MQ=255)
gCCTGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGa < 1:1454129/140‑1 (MQ=255)
tGACATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACgg > 2:616486/1‑140 (MQ=255)
aCATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTa > 1:439384/1‑140 (MQ=255)
aCATGTCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGATAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTa > 1:253064/1‑140 (MQ=255)
tcccca‑AAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCg < 1:191062/127‑1 (MQ=255)
tcccca‑AAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAagg > 1:963553/3‑139 (MQ=255)
tCCCCAAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCg > 2:191062/1‑129 (MQ=255)
|
TGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCC‑AAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAAGG > NC_000913/2880442‑2880705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
