Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
224 |
87.5 |
2960670 |
99.3% |
2939945 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,546,393 |
C→T |
A433V (GCA→GTA) |
fimD → |
type I fimbriae usher protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,546,393 | 0 | C | T | 99.1%
| 368.1
/ NA
| 110 | A433V (GCA→GTA) | fimD | type I fimbriae usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (46/63); total (47/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCGCAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGT > NC_000913/4546257‑4546529
|
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gcgcAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACt > 2:1131657/1‑140 (MQ=255)
gcgcAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACt > 1:1418887/1‑140 (MQ=255)
cgcAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTg < 1:685277/140‑1 (MQ=255)
cgcAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTg < 2:317182/140‑1 (MQ=255)
cagcagGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTggg < 2:559460/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 1:732200/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 2:1192061/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 2:519634/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct > 1:655646/1‑140 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 2:655646/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 1:195655/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 2:1353823/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 1:78207/140‑1 (MQ=255)
agGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGct < 1:1131657/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATTGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCtctgt < 2:1286174/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCtctgt < 1:1344034/140‑1 (MQ=255)
aaaCCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAGTTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTGCTGGGCGCtctgtct < 1:488552/140‑1 (MQ=255)
aaCCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCtctgtctg < 2:1471160/140‑1 (MQ=255)
tttttCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGatat < 1:376942/140‑1 (MQ=255)
tCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGATCGCAACTGGCGGATCGTTAGCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACg < 2:432610/140‑1 (MQ=255)
agTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGc < 2:66562/140‑1 (MQ=255)
aTTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAAtt > 2:1182985/1‑140 (MQ=255)
tACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTcc < 2:698016/140‑1 (MQ=255)
cTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAgg < 2:1199837/130‑1 (MQ=255)
cTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCcac > 2:429576/1‑140 (MQ=255)
tCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCcaca > 1:856103/1‑140 (MQ=255)
tCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCcaca < 2:1300301/140‑1 (MQ=255)
tCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCcaca > 1:777666/1‑140 (MQ=255)
cACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAAtt > 2:1478336/1‑133 (MQ=255)
cACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCca < 1:316502/136‑1 (MQ=255)
cACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCca > 2:316502/1‑136 (MQ=255)
cACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACt > 2:1409169/1‑140 (MQ=255)
cACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACt > 1:1176576/1‑140 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGc > 1:780589/1‑126 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGc < 2:780589/126‑1 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTc > 2:1003301/1‑140 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTc > 2:742027/1‑140 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTc > 2:1396271/1‑140 (MQ=255)
cGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGAGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTc > 1:965887/1‑140 (MQ=255)
ttCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGAt < 1:742027/140‑1 (MQ=255)
tCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATg < 1:429576/140‑1 (MQ=255)
ggctggctGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACa < 2:333501/140‑1 (MQ=255)
ggctggctGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACa < 1:1154202/140‑1 (MQ=255)
ggctggctGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACa < 1:1003301/140‑1 (MQ=255)
ctggctggACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGt < 2:1332852/140‑1 (MQ=255)
ctggACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGc > 1:1042982/1‑140 (MQ=255)
tggACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCa > 2:646131/1‑140 (MQ=255)
ggtggAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATc > 1:612579/1‑140 (MQ=255)
ggtggAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATc > 1:156385/1‑140 (MQ=255)
ggtggAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATc < 1:1409169/140‑1 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 1:100652/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 2:1048845/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 2:1107049/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 2:26397/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 1:1020894/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 1:543396/1‑140 (MQ=255)
aaCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGc > 2:354157/1‑140 (MQ=255)
aCGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCg > 1:209929/1‑140 (MQ=255)
cGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGt > 2:61131/1‑140 (MQ=255)
cGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGt > 2:1208841/1‑140 (MQ=255)
cGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGt > 2:650756/1‑140 (MQ=255)
gCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtt < 1:205564/140‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtt < 2:156385/140‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtt < 1:1331178/140‑1 (MQ=255)
aaCTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtttt < 2:1042982/140‑1 (MQ=255)
aaCTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtttt < 1:1396271/140‑1 (MQ=255)
aaCTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGtttt < 1:1113668/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTtct > 1:49200/1‑140 (MQ=255)
cTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTtct < 1:1234338/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTtct < 2:512924/140‑1 (MQ=255)
gATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATaa > 1:717965/1‑140 (MQ=255)
aTCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCg > 2:251940/1‑140 (MQ=255)
tCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGc < 1:1208841/140‑1 (MQ=255)
tGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTtct < 2:749371/123‑1 (MQ=255)
tGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTtct > 1:749371/1‑123 (MQ=255)
tGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCa > 2:843382/1‑140 (MQ=255)
tGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCa > 2:1419729/1‑140 (MQ=255)
cTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAAt > 1:239825/1‑140 (MQ=255)
cTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAAt > 2:1022992/1‑140 (MQ=255)
tttAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGa > 1:926812/1‑140 (MQ=255)
tttAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGa > 1:1331460/1‑140 (MQ=255)
ttAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGaa > 1:267607/1‑140 (MQ=255)
tAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAAt < 1:1182985/140‑1 (MQ=255)
tAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAAt < 1:320687/140‑1 (MQ=255)
ttCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGATAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAgg < 2:1020894/140‑1 (MQ=255)
ttCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAgg < 1:735621/140‑1 (MQ=255)
ttCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAgg < 2:209929/140‑1 (MQ=255)
cGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCa < 2:442245/140‑1 (MQ=255)
cGGTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCa < 1:1419729/140‑1 (MQ=255)
gTATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACg < 1:61131/140‑1 (MQ=255)
tATCGGGAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGa < 1:328769/140‑1 (MQ=255)
gAAAAACATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTATATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTc > 2:168062/1‑140 (MQ=255)
aaaCATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGt < 2:598907/140‑1 (MQ=255)
aCATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTa < 1:1463527/140‑1 (MQ=255)
aCATGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTa < 2:717965/140‑1 (MQ=255)
tGGGGGTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTg < 1:251940/140‑1 (MQ=255)
ggggTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATAtt > 2:1065/1‑129 (MQ=255)
ggggTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATAtt < 1:1065/129‑1 (MQ=255)
gggTACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGt < 1:650756/140‑1 (MQ=255)
|
GCGCAGCAGGAAAAAACCCGCTTTTTCCAGAGTACATTACTCCACGGCCTTCCGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGT > NC_000913/4546257‑4546529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
