Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F28 I1 R1
|
182 |
57.1 |
1926220 |
99.1% |
1908884 |
138.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,292,511 |
A→G |
I334V (ATC→GTC) |
nrfE → |
putative cytochrome c‑type biogenesis protein NrfE |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,292,511 | 0 | A | G | 100.0%
| 207.2
/ NA
| 58 | I334V (ATC→GTC) | nrfE | putative cytochrome c‑type biogenesis protein NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (26/32); total (26/32) |
CTGGATAACGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAATCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGGCGCGCCGTATTTTAACCGCGCGA > NC_000913/4292376‑4292640
|
cTGGATAACGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCt > 2:389695/1‑140 (MQ=255)
gATAACGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGc > 1:521343/1‑140 (MQ=255)
aCGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACg < 1:241700/140‑1 (MQ=255)
cGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgc < 2:521343/140‑1 (MQ=255)
cGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgc < 2:848075/140‑1 (MQ=255)
gcgcCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgctgttg > 1:809428/1‑140 (MQ=255)
gtgccgtTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgctgttgctgtt > 2:764308/1‑140 (MQ=255)
tgccgtTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgctgttg < 1:169629/134‑1 (MQ=255)
tgccgtTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACgctgttg > 2:169629/1‑134 (MQ=255)
tgccgtTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGttt > 2:211190/1‑140 (MQ=255)
ccgtTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTAACGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTg < 2:289164/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 2:606326/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 2:406538/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 2:798519/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 1:846563/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 2:373016/140‑1 (MQ=255)
gttgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTgcg < 1:290567/140‑1 (MQ=255)
tgttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCa < 1:783290/140‑1 (MQ=255)
gttCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAg < 2:88132/140‑1 (MQ=255)
cAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGc < 1:703519/140‑1 (MQ=255)
cAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGc > 1:400682/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCt < 2:512255/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTa < 1:389695/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTa < 2:809428/140‑1 (MQ=255)
tttGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTggt > 2:890049/1‑138 (MQ=255)
ttGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACt < 2:87623/136‑1 (MQ=255)
ttGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACt > 1:87623/1‑136 (MQ=255)
cTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCt < 2:251345/140‑1 (MQ=255)
tGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGCGGGAACGc > 1:766831/1‑140 (MQ=255)
cGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCtt > 1:884764/1‑140 (MQ=255)
cGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCtt > 1:88320/1‑140 (MQ=255)
cGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCtt > 2:63543/1‑140 (MQ=255)
cGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCtt > 2:424025/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACg < 2:88320/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACg < 1:211190/140‑1 (MQ=255)
gctggcGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGc > 2:654396/1‑140 (MQ=255)
ctggcGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCCGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTACCCGATGATTTACGGcc > 2:583974/1‑140 (MQ=255)
gcGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCctgc > 2:525172/1‑140 (MQ=255)
gAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCctgctg > 2:502362/1‑140 (MQ=255)
gAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCctgctg > 1:498222/1‑140 (MQ=255)
gcgcGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGGTCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTgctggg < 2:400682/140‑1 (MQ=255)
gcgcGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTgctggg < 2:884764/140‑1 (MQ=255)
ggACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGctgggctggg < 2:310468/140‑1 (MQ=255)
cGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGAc > 2:416626/1‑140 (MQ=255)
tGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGcc > 1:833831/1‑140 (MQ=255)
cccGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTgctggg > 2:482364/1‑126 (MQ=255)
cccGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTgctggg < 1:482364/126‑1 (MQ=255)
gcggTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGt > 2:95030/1‑140 (MQ=255)
cggTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGGACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGTCGCCTCTCCGtt > 2:484304/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGGTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcgc > 2:814770/1‑140 (MQ=255)
tttttCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcgcgc < 2:733133/140‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcgcgc < 2:3675/140‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcgcgc < 1:167115/140‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTACCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcgcgc < 1:583974/140‑1 (MQ=255)
ggTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcg > 2:869608/1‑129 (MQ=255)
ggTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGgcg < 1:869608/129‑1 (MQ=255)
ggTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGGCGCGCCGTAttt < 2:225632/139‑1 (MQ=255)
ggTTATCGCGGGAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGGCGCGCCGTAttt > 1:225632/1‑139 (MQ=255)
ggAAATGTTAGTCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGGCGCGCCGTATTTTAACCGCGCGa < 1:424025/140‑1 (MQ=255)
|
CTGGATAACGTCCGCGCCGTGCCGTTGTTCAGCCTGTTTGCACTGATTAGCCTTGCGTCTCTGGCTCTGTATGGCTGGCGAGCGCGGGACGGTGGCCCGGCGGTGCATTTTTCGGGGTTATCGCGGGAAATGTTAATCCTCGCTACGCTGTTGCTGTTTTGCGCAGTGCTACTGATCGTGCTGGTGGGAACGCTTTATCCGATGATTTACGGCCTGCTGGGCTGGGGACGCCTCTCCGTTGGCGCGCCGTATTTTAACCGCGCGA > NC_000913/4292376‑4292640
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A