Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F28 I1 R1
|
151 |
87.4 |
2971636 |
99.2% |
2947862 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,200,155 |
(C)6→5 |
intergenic (+61/‑126) |
yjaG → / → hupA |
conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,200,150 | 0 | C | . | 99.0%
| 394.7
/ ‑2.5
| 95 | intergenic (+56/‑131) | yjaG/hupA | conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (52/42); total (53/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAA > NC_000913/4200011‑4200285
|
cgcgATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGc > 1:1278723/1‑140 (MQ=255)
gcgATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGcc > 1:154164/1‑140 (MQ=255)
cgATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGccc < 1:1438128/140‑1 (MQ=255)
atCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGcccccgt < 1:1146500/140‑3 (MQ=255)
tCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGcccccgtc < 2:309824/140‑4 (MQ=255)
tCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGcccccgtc < 2:1482995/140‑4 (MQ=255)
cGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGcccccgtct > 1:1070695/1‑136 (MQ=255)
aGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTgg > 2:813764/1‑140 (MQ=255)
aGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTgg > 1:241696/1‑140 (MQ=255)
aGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTgg > 1:245189/1‑140 (MQ=255)
gCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGt < 2:446861/140‑1 (MQ=255)
cTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTc < 2:245189/140‑1 (MQ=255)
aTAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTAc > 1:1172645/1‑140 (MQ=255)
ttAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTgggggg > 2:864656/1‑140 (MQ=255)
tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACAttt < 1:677419/133‑1 (MQ=255)
tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACAttt > 2:677419/1‑133 (MQ=255)
ggCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGaa > 2:613993/1‑140 (MQ=255)
gACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGaaaaaa > 2:868837/1‑140 (MQ=255)
aCCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGaaaaaaa > 2:877171/1‑140 (MQ=255)
cTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAAGTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGt > 2:1320084/1‑140 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGaaaaaaa < 1:379698/135‑1 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGaaaaaaa > 2:379698/1‑135 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGa < 2:515358/129‑1 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGa > 1:515358/1‑129 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGc > 1:257128/1‑140 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGc > 2:456340/1‑140 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGc > 1:792597/1‑140 (MQ=255)
cGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGc > 2:639895/1‑140 (MQ=255)
gAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTAt < 1:877171/140‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCg > 2:1406223/1‑140 (MQ=255)
ggCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCg > 1:962153/1‑140 (MQ=255)
ggTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGc < 2:1172645/140‑1 (MQ=255)
ggTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGc < 2:41845/140‑1 (MQ=255)
ggTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGc < 1:1107757/140‑1 (MQ=255)
gTGCGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGCGGCTATCGGTGCg > 2:868455/1‑140 (MQ=255)
tGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt < 2:1070695/140‑1 (MQ=255)
tGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt < 1:1406223/140‑1 (MQ=255)
tGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt < 1:868837/140‑1 (MQ=255)
tGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt < 1:864656/140‑1 (MQ=255)
tatTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCg < 1:123598/125‑1 (MQ=255)
tatTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCg > 2:123598/1‑125 (MQ=255)
tatTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAgg > 2:391427/1‑140 (MQ=255)
atTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGga < 2:154164/140‑1 (MQ=255)
ttGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGgag < 2:257128/140‑1 (MQ=255)
gTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt > 2:202027/1‑126 (MQ=255)
gTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCgt < 1:202027/126‑1 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTg > 2:901665/1‑136 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTg < 1:901665/136‑1 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAt > 2:824290/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAt > 1:1370364/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAt < 1:1134734/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAt > 2:266009/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAt > 2:1134734/1‑140 (MQ=255)
tttttCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAtt > 1:1311885/1‑140 (MQ=255)
tttttCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAtt > 1:1308729/1‑140 (MQ=255)
tttttCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTAtt < 1:1320084/140‑1 (MQ=255)
tttaGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGga < 2:323173/124‑1 (MQ=255)
tttaGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGga > 1:323173/4‑127 (MQ=255)
tCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTgg > 1:1074117/1‑140 (MQ=255)
tCAGCAATAAGACCAGAAAACATGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTgg > 2:1114585/1‑140 (MQ=255)
cAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGc > 1:1271645/1‑140 (MQ=255)
cAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGc > 1:103892/1‑140 (MQ=255)
gCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCAt > 2:825226/1‑140 (MQ=255)
gACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTc < 1:639895/140‑1 (MQ=255)
gACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTc < 2:792597/140‑1 (MQ=255)
aCCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCg < 2:1308729/140‑1 (MQ=255)
gAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACt < 2:103892/140‑1 (MQ=255)
aaaCGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCg < 1:868455/140‑1 (MQ=255)
gTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGc > 2:438853/1‑140 (MQ=255)
gTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGc > 1:799958/1‑140 (MQ=255)
tGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCt > 2:1038346/1‑140 (MQ=255)
cGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGACATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGc > 2:1051358/1‑140 (MQ=255)
gATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGACATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATaa < 1:1051358/140‑1 (MQ=255)
aTTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATaaa > 1:739705/1‑140 (MQ=255)
ttGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAaca < 2:799958/140‑1 (MQ=255)
ttGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCCGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAaca < 1:1170790/140‑1 (MQ=255)
gTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAAcaca > 2:1472851/1‑140 (MQ=255)
gTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAAcaca < 1:825226/140‑1 (MQ=255)
cGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACAtt < 2:1464595/140‑1 (MQ=255)
gTACCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTg < 1:391427/140‑1 (MQ=255)
aCCTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTa < 1:266009/140‑1 (MQ=255)
ccTGGAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTaa > 1:446335/1‑140 (MQ=255)
gAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGAt < 1:824290/140‑1 (MQ=255)
gAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGAt < 2:739705/140‑1 (MQ=255)
gAGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGAt < 2:241696/140‑1 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTa > 1:7916/1‑134 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTa < 2:7916/134‑1 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATa > 2:456221/1‑140 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATa > 2:927911/1‑140 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATa > 1:659388/1‑140 (MQ=255)
aGTCTTCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATa > 1:1220062/1‑140 (MQ=255)
ttCCCTTTCGCCCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACt > 2:388554/1‑140 (MQ=255)
ttCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACtt > 1:357872/1‑140 (MQ=255)
ttCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACtt > 2:697418/1‑140 (MQ=255)
ttCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACtt > 2:956979/1‑140 (MQ=255)
tCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTg > 1:1100437/1‑127 (MQ=255)
tCCCTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTg < 2:1100437/127‑1 (MQ=255)
cccTTTCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTAt > 1:39603/1‑140 (MQ=255)
tttCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGaa < 1:1472851/140‑1 (MQ=255)
tttCG‑CCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGaa < 1:697418/140‑1 (MQ=255)
|
CGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCCCGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAA > NC_000913/4200011‑4200285
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
