Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I1 R1
|
183 |
98.6 |
3427438 |
96.9% |
3321187 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,270,488 |
(C)7→8 |
noncoding (105/377 nt) |
rnpB ← |
RNase P catalytic RNA component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,270,481 | 1 | . | C | 94.3%
| 120.0
/ 0.1
| 35 | noncoding (112/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (11/22); total (12/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTT > NC_000913/3270344‑3270613
|
ttGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTGCACTGGTCGT‑GGG‑gtttc > 2:1036921/1‑138 (MQ=255)
ttGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑gtttc > 2:1002381/1‑138 (MQ=255)
ttGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑cc < 2:215328/140‑1 (MQ=255)
ttGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑cc < 1:342265/140‑1 (MQ=255)
tGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGCTTTCTCTCTTTTTCACTGGTCCT‑GGG‑GTT‑‑tc‑c > 2:958948/1‑140 (MQ=255)
cTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTTTTTCCCTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑tc‑ccc > 2:824935/1‑140 (MQ=255)
cGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑cc‑cccccc < 1:1002381/140‑2 (MQ=255)
ggAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑g < 1:1541789/140‑1 (MQ=255)
aGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑cc‑cccccccgcggt > 2:1541789/1‑133 (MQ=255)
aGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑cc‑cccccccgcgct > 1:718716/1‑133 (MQ=255)
aCCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGATTTCTCCCTTTTTCCCCGGTGGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCACGC‑GCTACCtt > 2:1692129/1‑139 (MQ=255)
ccGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTTTTGCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GGTAccctg > 2:1045078/1‑137 (MQ=255)
gTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCa < 2:1541922/140‑1 (MQ=255)
gTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAc < 1:655422/140‑1 (MQ=255)
gctccGGCCTGTTACCAGCCGCGCCGTGCGCTCTTACCCCTCCCTTTCCACCTTCACTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGATATCTGTTGCAATGGTTGC‑GGG‑TTT‑‑CCGGCCCCAGGG‑GTTACCTGGCGcc < 2:735115/136‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAcc < 2:1505698/140‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAcc < 1:349672/140‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAcc < 2:1489372/140‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAcc < 2:929526/140‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCAcc < 1:1692129/140‑1 (MQ=255)
aCGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTg < 1:463315/140‑1 (MQ=255)
cGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGTTCTCTTTTGGGCCGGGCGG‑GGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GTTACCCGGCACCCCGcc > 2:1126706/1‑140 (MQ=255)
aCTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCCCTTGGCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GTTACCCGGCcccccccccc > 2:224350/1‑134 (MQ=255)
cTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTa < 1:824935/140‑1 (MQ=255)
tGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GTTACCCGGCCCCCCGccccct > 1:1393436/1‑137 (MQ=255)
ttACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTGTCTCTGTTTCCCCGGTCGTGGGG‑TTC‑‑CC‑CCCCCCGGC‑GGTACCCCGCACCCCGccccctgg > 2:448760/1‑135 (MQ=255)
gCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCg < 2:1658855/140‑1 (MQ=255)
cgcTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTCCCC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTtcctc < 2:1461170/140‑1 (MQ=255)
cccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGtct < 1:958948/140‑1 (MQ=255)
cACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCg < 1:1414828/140‑1 (MQ=255)
cTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGCGGTTCCCTGG‑ACCCCGCCCCCTGGAGCCCCGGCTTTTCTccccccccccccccccccccccagg > 2:1328315/1‑135 (MQ=255)
aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTTCTCTGGGCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GGTACCTCGCACCCCCCCCCCTGGAGGCCGGGCTTTTCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAGAggg > 2:1709834/1‑139 (MQ=255)
aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTGGGCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GGTTCCCCGCACCCCGCCCCATTGAGCCCCGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCAGAggg > 2:1627584/1‑139 (MQ=255)
gATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTGTCTCTCTTGCTCTGGTCCTGGGG‑TTC‑‑CC‑CCCCCAAGC‑GTTTCCCCGCCCCCCGCCCCCTGGAGCCCGGACCTTCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAGggcgac > 2:1495061/1‑140 (MQ=255)
cTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTATTCCTTCTTGCACTGCTCGT‑GGGATTG‑‑CC‑CCCCCCCGG‑GGTACCTCGCGCCCCTTCCCCCAGAGCCCGCACTTTCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACAGGACGCCGCCGaaa > 2:995259/1‑139 (MQ=255)
cgcgGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAgcggc < 1:1036921/140‑1 (MQ=255)
gTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCCCGC‑GGTACCTTGCACCCCGCCCCATGGAGGCCCGGCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCAGAGGGCGGCGACGAAGCGGCGGCCGTCTgggccgc > 2:792265/1‑135 (MQ=255)
gCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCg < 1:1328315/140‑1 (MQ=255)
gCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCg < 1:1627584/140‑1 (MQ=255)
tctGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgc < 1:646283/140‑1 (MQ=255)
ctGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 1:995259/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACATGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 1:37359/140‑1 (MQ=255)
cTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATag < 1:448760/140‑1 (MQ=255)
cTGGTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATag < 1:558299/140‑1 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg > 1:1113844/1‑129 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 2:1113844/129‑1 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:535345/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 1:990560/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:787086/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:164646/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:824969/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:881997/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTATCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 2:1047829/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAACGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAgg > 1:872307/1‑140 (MQ=255)
cGT‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGt > 2:1281645/1‑140 (MQ=255)
t‑GGG‑TTTC‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGttt > 2:1568148/1‑140 (MQ=255)
|
TTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGT‑GGG‑TTT‑‑CC‑CCCCCAGGC‑GTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTT > NC_000913/3270344‑3270613
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
