Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F73 I1 R1
|
34 |
113.1 |
3988162 |
99.3% |
3960244 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,497,190 |
G→T |
pseudogene (441/1191 nt) |
intB → |
KpLE2 phage‑like element; putative integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,497,190 | 0 | G | T | 100.0%
| 430.2
/ NA
| 122 | pseudogene (441/1191 nt) | intB | KpLE2 phage‑like element; putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (54/68); total (54/68) |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AATCTTTTTGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGC > NC_000913/4497053‑4497328
|
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aaTCTTTTTGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATtcg > 2:807157/1‑140 (MQ=255)
aaTCTTTTTGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATtcg > 1:1533086/1‑140 (MQ=255)
ttttGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATg < 2:1143377/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATg < 1:1866987/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATg < 2:345712/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATg < 1:392133/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATg < 2:784870/140‑1 (MQ=255)
gCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGt < 2:155628/140‑1 (MQ=255)
gcgcTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCa > 1:464188/1‑140 (MQ=255)
cgcTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCaa > 1:1476434/1‑140 (MQ=255)
cgcTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCaa < 2:1076364/140‑1 (MQ=255)
gcTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCaaa > 1:689337/1‑140 (MQ=255)
cTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAg < 1:905076/140‑1 (MQ=255)
cTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAg > 2:97413/1‑140 (MQ=255)
ggTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTgg > 2:60880/1‑140 (MQ=255)
tGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGt < 1:678529/140‑1 (MQ=255)
aCGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTaa < 2:122009/140‑1 (MQ=255)
aCGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTaa < 2:1130467/140‑1 (MQ=255)
cGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAAt > 2:728064/1‑140 (MQ=255)
gTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAAtt < 1:60880/140‑1 (MQ=255)
tatCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGAtt > 2:1377097/1‑140 (MQ=255)
tCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAAt > 1:998504/1‑133 (MQ=255)
cGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATtata > 1:255252/1‑140 (MQ=255)
cTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAc < 2:574477/140‑1 (MQ=255)
cTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAc > 1:1690510/1‑140 (MQ=255)
tGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAcc < 1:886444/140‑1 (MQ=255)
tGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAcc < 2:697408/140‑1 (MQ=255)
tGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAcc < 2:173407/140‑1 (MQ=255)
tGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAAcc > 1:156770/1‑140 (MQ=255)
aGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTggg > 2:853967/1‑122 (MQ=255)
aGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCg > 2:1773041/1‑140 (MQ=255)
aGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCg > 1:768700/1‑140 (MQ=255)
ttAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGc > 1:658785/1‑140 (MQ=255)
aaaaCTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCCGcaca > 2:217966/1‑140 (MQ=255)
cTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAagag < 2:542800/140‑1 (MQ=255)
gaTTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGc < 1:1565563/140‑1 (MQ=255)
gaTTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGc < 2:362388/140‑1 (MQ=255)
aTTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCt < 2:1533086/140‑1 (MQ=255)
aTTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCt < 2:108349/140‑1 (MQ=255)
ttattaGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTgg < 2:1872690/140‑1 (MQ=255)
attaGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTgggg < 1:927534/140‑1 (MQ=255)
cccTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTg < 2:1645361/139‑1 (MQ=255)
cccTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTg < 2:464234/139‑1 (MQ=255)
aCCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTg > 2:1861459/1‑140 (MQ=255)
tATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCtt > 2:1183299/1‑140 (MQ=255)
aTTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTc > 1:435987/1‑140 (MQ=255)
aTTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTc > 1:960843/1‑140 (MQ=255)
aTTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCATCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTc > 1:214989/1‑140 (MQ=255)
ttAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTcc > 2:544313/1‑140 (MQ=255)
aaGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTg < 2:1652825/140‑1 (MQ=255)
ggCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTa > 2:1052772/1‑140 (MQ=255)
ggCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTa > 2:909893/1‑140 (MQ=255)
gCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTaa > 1:107381/1‑140 (MQ=255)
ccGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAAt < 2:689337/140‑1 (MQ=255)
cGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATc > 2:1741267/1‑140 (MQ=255)
cGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATc > 2:993217/1‑140 (MQ=255)
cGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATc > 1:1127156/1‑140 (MQ=255)
cGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATc > 1:1793555/1‑140 (MQ=255)
tAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGa > 2:1876299/1‑140 (MQ=255)
tAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGa > 1:601876/1‑140 (MQ=255)
gAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGaca < 1:993217/140‑1 (MQ=255)
cTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCt > 2:322322/1‑140 (MQ=255)
cTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCt > 2:84876/1‑140 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa > 2:1276317/1‑140 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa > 2:257761/1‑140 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa < 1:608176/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa > 1:1218719/1‑140 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa > 2:1653987/1‑140 (MQ=255)
gCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTaaa > 2:1074837/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTa < 1:499221/136‑1 (MQ=255)
cGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTa > 2:499221/1‑136 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGTGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 2:948091/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:1259726/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:1377097/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:1207450/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:1861459/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 2:1476434/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:257761/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:371358/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:322322/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 2:1793555/140‑1 (MQ=255)
gCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAgcg < 1:97460/140‑1 (MQ=255)
tCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCa > 2:1930934/1‑140 (MQ=255)
tCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCa < 1:1276317/140‑1 (MQ=255)
cGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCAt < 1:1876299/140‑1 (MQ=255)
agcGCACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTg < 2:1564044/140‑1 (MQ=255)
cgcACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAg > 1:1860326/1‑135 (MQ=255)
cgcACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCt > 2:1232087/1‑140 (MQ=255)
gcACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCtt > 2:499722/1‑140 (MQ=255)
gcACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGATAGTTCCTGTGATCGACAACATCGACCCGCGCTTTAATTGAACAGGATCCCCGAGATGcct > 2:202623/1‑138 (MQ=255)
cACTACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTa < 2:1690510/140‑1 (MQ=255)
tACAGCCATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACaa < 2:464188/140‑1 (MQ=255)
ccATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAata > 1:1050046/1‑140 (MQ=255)
ccATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAata < 2:1127156/140‑1 (MQ=255)
ccATCATTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAata < 1:728064/140‑1 (MQ=255)
atcatTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAataga < 1:1074837/140‑1 (MQ=255)
catTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAatagata < 1:1398197/140‑1 (MQ=255)
catTCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAatagata < 1:1741267/140‑1 (MQ=255)
ggcgcTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGc < 1:423189/139‑1 (MQ=255)
|
AATCTTTTTGCAGCGCTTGGTGAACGTAATATCGCTGAGTTAAAAACTCGAGATTTATTAGCACCTATTAAGGCCGTAGAAATGTCTGGACGTCTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGC > NC_000913/4497053‑4497328
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
