Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F48 I1 R1
|
52 |
61.9 |
2103308 |
98.8% |
2078068 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,215,356 |
Δ1 bp |
intergenic (+147/‑122) |
metA → / → aceB |
homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,215,353 | 0 | A | . | 98.1%
| 219.2
/ ‑1.1
| 53 | intergenic (+144/‑125) | metA/aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (28/24); total (28/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 |
CTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACA > NC_000913/4215214‑4215488
|
ctGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaatta > 2:121968/1‑140 (MQ=255)
ctGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaatta > 1:763683/1‑140 (MQ=255)
tgtgATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaattaa > 2:325071/1‑140 (MQ=255)
tAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTaaatgga > 1:999453/1‑136 (MQ=255)
cGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAAtt < 2:878253/140‑1 (MQ=255)
tCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGtt > 2:108278/1‑140 (MQ=255)
gATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGAtttt < 1:810805/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGc > 1:572960/1‑140 (MQ=255)
ttCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGGGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGc > 2:517613/1‑140 (MQ=255)
cAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCAt < 1:939851/140‑1 (MQ=255)
aCCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTa < 1:535984/140‑1 (MQ=255)
acTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTaa < 2:433483/139‑1 (MQ=255)
tACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAAtt > 2:93862/1‑139 (MQ=255)
tACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAAtt > 2:976816/1‑139 (MQ=255)
tACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATg > 1:245109/1‑140 (MQ=255)
aCCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 2:572960/140‑1 (MQ=255)
aCCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 1:517613/140‑1 (MQ=255)
aCCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 2:185991/140‑1 (MQ=255)
aCCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 1:211964/140‑1 (MQ=255)
aCCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 1:171181/140‑1 (MQ=255)
ccTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGa < 1:643890/140‑1 (MQ=255)
cTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGagt < 2:999453/140‑1 (MQ=255)
cTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTCTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGagt < 2:625952/140‑1 (MQ=255)
gCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCt < 1:121968/140‑1 (MQ=255)
gCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCt > 2:886627/1‑140 (MQ=255)
ccTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAg > 2:637400/1‑140 (MQ=255)
cTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATg < 2:81690/128‑1 (MQ=255)
cTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATg > 1:81690/1‑128 (MQ=255)
cTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAAc > 1:577053/1‑140 (MQ=255)
tttttATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGa < 1:937514/140‑1 (MQ=255)
tttttATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGa > 1:668466/1‑140 (MQ=255)
tttATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGaaa < 1:529053/140‑1 (MQ=255)
ttATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGaaaa < 2:763683/140‑1 (MQ=255)
tCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGca > 2:744072/1‑140 (MQ=255)
tACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATcc < 1:840056/140‑1 (MQ=255)
ccTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCtt > 1:46474/1‑140 (MQ=255)
cagcagGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGt > 1:893939/1‑140 (MQ=255)
cagGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTca > 2:966064/1‑140 (MQ=255)
cagGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTca < 1:886627/140‑1 (MQ=255)
ggTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTcaca > 2:141194/1‑140 (MQ=255)
gTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTcacat > 2:293392/1‑139 (MQ=255)
gTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAg > 1:1025166/1‑140 (MQ=255)
gattAAATTTTATTCATATTGATATCAACAAGTTATCAAGTATATAGATTTATAATGAAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATTTGTTTTCTTAGTTCTCCTCACCAAAAAGAGCACAACGCTCCTTCGTGCACAGt > 2:587719/4‑140 (MQ=255)
tAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTgggt > 2:13989/1‑139 (MQ=255)
tAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTgggg < 2:1025166/140‑1 (MQ=255)
tttATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGtt > 2:841396/1‑140 (MQ=255)
aTTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTc < 2:1007323/140‑1 (MQ=255)
atatTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTCGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGAt < 1:692088/140‑1 (MQ=255)
atTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATcc > 1:843837/1‑140 (MQ=255)
ttGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCa < 2:668466/140‑1 (MQ=255)
tATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGAc > 2:952548/1‑140 (MQ=255)
aTCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACg < 2:843837/140‑1 (MQ=255)
gTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTg > 2:507014/1‑140 (MQ=255)
gTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTg > 1:995807/1‑140 (MQ=255)
gTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTg > 1:276561/1‑140 (MQ=255)
gTTATCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTGCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTg > 2:88553/1‑140 (MQ=255)
aTCAAGTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCAc > 2:484862/1‑140 (MQ=255)
gTATTTTTAATT‑AAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 2:402316/1‑140 (MQ=255)
taatt‑aaATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACa < 1:88553/140‑1 (MQ=255)
|
CTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACA > NC_000913/4215214‑4215488
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
