Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F48 I1 R1
|
115 |
87.5 |
3003888 |
99.1% |
2976853 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,552,992 |
C→T |
intergenic (‑519/‑93) |
malP ← / → malT |
maltodextrin phosphorylase/DNA‑binding transcriptional activator MalT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,552,992 | 0 | C | T | 100.0%
| 302.6
/ NA
| 84 | intergenic (‑519/‑93) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/DNA‑binding transcriptional activator MalT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (34/50); total (34/50) |
TGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTTCGACTCGA > NC_000913/3552856‑3553125
|
tGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTAtt < 2:320780/140‑1 (MQ=255)
tGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTAtt < 2:676884/140‑1 (MQ=255)
tCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCt > 2:1498048/1‑140 (MQ=255)
tCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCt > 2:386299/1‑140 (MQ=255)
atgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGcc < 2:1497776/140‑1 (MQ=255)
atgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGcc < 2:1193855/140‑1 (MQ=255)
atgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGcc < 2:64943/140‑1 (MQ=255)
atgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGcc < 1:424140/140‑1 (MQ=255)
atgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGcc < 1:386299/140‑1 (MQ=255)
tgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 1:1083492/140‑1 (MQ=255)
tgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 2:129259/140‑1 (MQ=255)
tgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 2:308239/140‑1 (MQ=255)
tgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 1:626357/140‑1 (MQ=255)
tgaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 1:359914/140‑1 (MQ=255)
agaACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCg < 1:449782/139‑1 (MQ=255)
aaGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTtat > 2:332184/1‑140 (MQ=255)
aGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTtata < 2:577170/140‑1 (MQ=255)
gggAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATaa < 1:1498048/140‑1 (MQ=255)
gggAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATaa > 2:125294/1‑140 (MQ=255)
gggAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATaa > 1:1239060/1‑140 (MQ=255)
gAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGCCCTTATAAcc < 2:1092347/140‑1 (MQ=255)
aaaCCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTtat > 2:1250799/1‑135 (MQ=255)
aaaCCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTtat < 1:1250799/135‑1 (MQ=255)
aaaCCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATaa > 2:816295/1‑137 (MQ=255)
aaaCCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATaa < 1:816295/137‑1 (MQ=255)
aCCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCatt > 2:1363437/1‑140 (MQ=255)
aGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCat < 2:1105248/136‑1 (MQ=255)
aGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCat > 1:1105248/1‑136 (MQ=255)
aCGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAg > 1:1231196/1‑140 (MQ=255)
ggATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCaa > 1:74512/1‑140 (MQ=255)
gATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCaaa > 2:1377017/1‑140 (MQ=255)
cgtcgtTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAaat > 2:336220/1‑140 (MQ=255)
cgtcgtTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAaat > 1:497911/1‑140 (MQ=255)
gtTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAataata > 1:663647/1‑140 (MQ=255)
gtTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAataata > 1:671359/1‑140 (MQ=255)
gtTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAataata > 1:790882/1‑140 (MQ=255)
aGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTcc < 2:1231196/140‑1 (MQ=255)
aGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTcc < 2:180270/140‑1 (MQ=255)
gTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTc < 1:332184/140‑1 (MQ=255)
gTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTc < 1:234215/140‑1 (MQ=255)
aGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCAtt < 1:464770/140‑1 (MQ=255)
gttgttAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCAttt > 1:1239667/1‑140 (MQ=255)
ttgttAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCAtttt < 1:1377017/140‑1 (MQ=255)
ttgttAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCAtttt < 2:1474315/140‑1 (MQ=255)
aaaGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtg < 2:1239060/140‑1 (MQ=255)
aaaGACTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATAGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtg < 1:40977/140‑1 (MQ=255)
aaGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtga < 2:467718/140‑1 (MQ=255)
aGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaa < 1:105417/140‑1 (MQ=255)
aGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaa < 1:582682/140‑1 (MQ=255)
aGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaa < 1:446211/140‑1 (MQ=255)
aGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaa < 2:671359/140‑1 (MQ=255)
tttGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaagtt > 2:427073/1‑139 (MQ=255)
tttGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACagtgaagtg < 2:302200/140‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGAt < 1:221040/140‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGAt < 1:1363437/140‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTAACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGAt < 1:1187656/140‑1 (MQ=255)
gAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTa > 2:436649/1‑140 (MQ=255)
aaGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGAt < 2:497911/139‑1 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGAtt < 1:696344/138‑1 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGAtt > 2:696344/1‑138 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 2:177904/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 2:1154153/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 1:760472/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 1:326467/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 2:453677/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 2:820859/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 1:1061808/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTAAAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcc > 1:1197196/1‑140 (MQ=255)
tGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGC‑TGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCg > 1:1310749/1‑140 (MQ=255)
gCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTcct > 2:1167563/1‑139 (MQ=255)
cAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTAAAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGt < 2:1197196/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGt < 2:1419229/139‑1 (MQ=255)
aTAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAgtct > 2:602422/1‑139 (MQ=255)
aTAAAAAAACGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAgtcg < 1:1169657/140‑1 (MQ=255)
aaaCGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGt < 2:1005274/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtc < 2:663647/140‑1 (MQ=255)
gTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcga < 2:326467/140‑1 (MQ=255)
gTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcga > 1:57109/1‑140 (MQ=255)
gTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcga < 1:436649/140‑1 (MQ=255)
gTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcga < 1:1167563/140‑1 (MQ=255)
gTCATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcga > 2:88734/1‑140 (MQ=255)
cATCGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcgact < 1:336220/140‑1 (MQ=255)
cGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcgactcga < 1:177904/140‑1 (MQ=255)
cGCTTGTATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTtcgactcga < 1:1154153/140‑1 (MQ=255)
|
TGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTGATTCCGTCAAAACTAAGTCGTCCGGTTCGACTCGA > NC_000913/3552856‑3553125
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
