Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F48 I1 R1
|
115 |
87.5 |
3003888 |
99.1% |
2976853 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,275,832 |
C→A |
A121D (GCC→GAC) |
pdeC → |
c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,275,832 | 0 | C | A | 99.2%
| 423.4
/ ‑4.3
| 120 | A121D (GCC→GAC) | pdeC | c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (60/59); total (61/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACTCCAGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGCCGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGAGTGAAGTGAT > NC_000913/4275696‑4275967
|
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cAGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATtat > 1:1400405/1‑140 (MQ=255)
cAGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATta > 2:1420392/1‑139 (MQ=255)
cAGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATta < 1:1420392/139‑1 (MQ=255)
aGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATtata > 2:758350/1‑140 (MQ=255)
aGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATtata > 2:784239/1‑140 (MQ=255)
cATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCg < 2:737963/140‑1 (MQ=255)
cAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGa > 2:1420697/1‑140 (MQ=255)
cAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGa > 2:835795/1‑140 (MQ=255)
cAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGa > 2:471710/1‑140 (MQ=255)
aGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCt < 1:1420697/140‑1 (MQ=255)
aGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCt < 2:56267/140‑1 (MQ=255)
tGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGtt < 1:568282/140‑1 (MQ=255)
gTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGttt < 1:538699/140‑1 (MQ=255)
gTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGttt < 1:633595/140‑1 (MQ=255)
gTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGttt < 2:826950/140‑1 (MQ=255)
tGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTtct < 1:222591/140‑1 (MQ=255)
gAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTtcta < 2:405228/140‑1 (MQ=255)
attCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCtatta > 1:491627/1‑140 (MQ=255)
ttCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCtattat > 2:623132/1‑140 (MQ=255)
ttCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCtattat > 2:366956/1‑140 (MQ=255)
ggCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACcg > 2:718820/1‑140 (MQ=255)
ggCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACcg > 1:1408020/1‑140 (MQ=255)
ggCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACcg > 2:639741/1‑140 (MQ=255)
gCTATCTTTATATTAATAAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACcgc > 1:1036663/1‑140 (MQ=255)
tCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATa < 1:1182416/140‑1 (MQ=255)
ttATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGc < 1:639741/140‑1 (MQ=255)
atTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCttt > 2:965385/1‑140 (MQ=255)
aaTGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCtttttt > 1:793078/1‑140 (MQ=255)
aTGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtc > 2:115654/1‑140 (MQ=255)
aTGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtc > 1:1077010/1‑140 (MQ=255)
aTGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtc > 1:617039/1‑140 (MQ=255)
aTGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtc > 1:1476812/1‑140 (MQ=255)
tGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTGAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtct > 1:1296393/1‑140 (MQ=255)
tGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtct > 2:1172201/1‑140 (MQ=255)
tGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtct > 1:1391322/1‑140 (MQ=255)
tGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtct < 1:758350/140‑1 (MQ=255)
tGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtct < 1:784239/140‑1 (MQ=255)
gAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTtctc < 2:272181/140‑1 (MQ=255)
aaTTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTctct < 1:965385/140‑1 (MQ=255)
gATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCt < 1:20793/140‑1 (MQ=255)
gATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCt < 2:748524/140‑1 (MQ=255)
aTCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCtt > 2:466624/1‑139 (MQ=255)
acTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCtat < 2:586311/139‑1 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGc > 1:1431674/1‑133 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATaaaa > 2:546611/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATaaaa > 2:1355532/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATaaaa > 2:1140585/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATaaaa < 1:366956/140‑1 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATaaaa > 1:865854/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCATTTTTCTCTGGc < 2:1431674/133‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 1:1172201/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 2:83826/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 2:491627/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 1:1441986/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 1:714313/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 2:1439002/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 2:1400405/140‑1 (MQ=255)
gCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAAt < 1:471710/140‑1 (MQ=255)
gTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGAct > 2:923594/1‑139 (MQ=255)
gTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGAcc > 2:1056858/1‑140 (MQ=255)
gTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGAcc > 2:36678/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 2:1069945/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 2:708998/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 1:1401869/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 1:523852/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 2:1079585/1‑140 (MQ=255)
tGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTATAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 1:1086676/1‑140 (MQ=255)
cgATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCt > 1:229594/2‑140 (MQ=255)
gATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCta > 1:867506/1‑140 (MQ=255)
ccATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGc < 1:36678/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAg < 1:546611/140‑1 (MQ=255)
tttttATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCg < 2:1476812/140‑1 (MQ=255)
cTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAAtt > 1:1068536/1‑140 (MQ=255)
aTCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTAtt > 2:819969/1‑139 (MQ=255)
gCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTgg < 1:708998/140‑1 (MQ=255)
tGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCg < 1:1069945/140‑1 (MQ=255)
tAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGtt < 1:857685/140‑1 (MQ=255)
gcgcCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTAt < 2:867506/140‑1 (MQ=255)
gcgcCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTAt < 2:1399804/140‑1 (MQ=255)
tGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAAcc > 1:976741/1‑140 (MQ=255)
tGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAAcc < 1:415825/140‑1 (MQ=255)
tGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAAcc < 1:115654/140‑1 (MQ=255)
tGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAAcc < 2:793078/140‑1 (MQ=255)
tAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCct < 2:936825/140‑1 (MQ=255)
tAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCct < 2:1145543/140‑1 (MQ=255)
tAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCct < 1:1140585/140‑1 (MQ=255)
tAAACGGCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCct > 1:1394045/1‑140 (MQ=255)
gCTATACGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAGATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCtcttc < 1:1441990/140‑1 (MQ=255)
tataCGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTg < 2:1068536/140‑1 (MQ=255)
tataCGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGACTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTg < 2:229594/140‑1 (MQ=255)
taCGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTTTCAAACCCCCCTTCTggg > 1:429608/1‑139 (MQ=255)
taCGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGa < 2:1401869/140‑1 (MQ=255)
taCGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGCTTTTAAACCCGtcttcttgt > 2:1262967/1‑137 (MQ=255)
cGATTGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGagt < 1:819969/140‑1 (MQ=255)
tGCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTTTGGggtgaat > 2:429934/1‑139 (MQ=255)
gCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATTAAACCCCTCTTCTTGggtgaagt > 2:839037/1‑140 (MQ=255)
gCACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGagtgaagt < 2:523852/140‑1 (MQ=255)
cACCGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGagtgaagtg < 2:1077010/140‑1 (MQ=255)
ccGGACGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATTTAACCTCTCTTTTTGCGTGGAGGGAt > 2:311789/1‑140 (MQ=255)
|
ACTCCAGCCCATCAAAAGCGAATGTTGAATATTATTCGTGGCTATCTTTATATTAATGAATTGATCTATGCCCGTGATAACCATTTTTTATGCTCATCGCTGATAGCGCCTGTAAACGGCTATACGATTGCACCGGCCGATTATAAGCGTGAACCTAACGTTTCTATCTATTATTACCGCGATACGCCTTTTTTCTCTGGCTATAAAATGACCTATATGCAGCGGGGAAATTATGTGGCGGTTATCAACCCTCTCTTCTGGAGTGAAGTGAT > NC_000913/4275696‑4275967
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
