Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
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99.2% |
4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
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| RA |
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G→T |
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uacT → |
urate:H(+) symporter |
|
| |
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reads |
annotation |
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product |
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| 482.9
/ NA
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (80/59); total (80/59) |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CGGGTTTTATCACCACATTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGAGGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTG > NC_000913/3031749‑3032018
|
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ggTTTTATCACCACATTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAgg > 1:1898221/1‑140 (MQ=255)
ttttACCCCCACATTATTGGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCTTTTATCCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGa < 1:1966550/140‑1 (MQ=255)
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tCACCACATTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCg < 1:428545/140‑1 (MQ=255)
agacagcaTTATTAGCGCCTCTTATGGGTCGTTTGATGCTTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCg < 2:574149/134‑1 (MQ=255)
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ccacATTATTAGCCCCACTTATCGGTCGTTTGATGCTTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCaa < 2:1898221/140‑1 (MQ=255)
acacaTTATTAGCCCCATTTATGGGTCGCTTGATGCTTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCaa < 2:1813048/139‑1 (MQ=255)
cacaTTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATCCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAat < 1:610603/140‑1 (MQ=255)
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caTTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAatat > 1:1006205/1‑140 (MQ=255)
caTTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAatat > 1:1865296/1‑140 (MQ=255)
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ccACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCATGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGt > 2:1613765/1‑140 (MQ=255)
ccACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTaactgtct > 1:574149/1‑134 (MQ=255)
ccACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGt > 2:830250/1‑140 (MQ=255)
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ccACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGt > 1:1473813/1‑140 (MQ=255)
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aCTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGttt > 2:2129048/1‑140 (MQ=255)
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gTCGTTTGTTCCTTTTATCCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGt < 2:1877696/140‑1 (MQ=255)
gTCGTTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGt < 2:1473813/140‑1 (MQ=255)
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gTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCg > 1:452567/1‑140 (MQ=255)
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cTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGaaa > 2:209447/1‑140 (MQ=255)
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tCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGa > 1:1288782/1‑140 (MQ=255)
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gCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTa > 2:1820560/1‑140 (MQ=255)
cTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTAt > 2:1151041/1‑140 (MQ=255)
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aGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTc > 1:1150579/1‑140 (MQ=255)
atTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCaa > 1:1417583/1‑137 (MQ=255)
atTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGt < 2:1946550/140‑1 (MQ=255)
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tCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCg < 1:830250/140‑1 (MQ=255)
aGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGcc > 1:106412/1‑140 (MQ=255)
ggTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCg < 1:1834796/140‑1 (MQ=255)
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aaggggAATTGCCTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCAGTTTATTTAGGTATCTCCTTTTCCGTCTAACTTTCTATCATGCTCATTACTCGCTACGAGAAAGAATCTATGTCCAACGTCGCCg < 1:2021907/137‑1 (MQ=255)
tGGGTATTGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTa < 1:712671/140‑1 (MQ=255)
ttGACTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTg < 2:1865296/140‑1 (MQ=255)
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cTGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGa < 1:2006301/140‑1 (MQ=255)
tGGGCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGAt > 2:34746/1‑140 (MQ=255)
gggCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGAtt > 1:1130133/1‑140 (MQ=255)
gggCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGAtt > 1:247171/1‑140 (MQ=255)
ggCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGAttt > 2:600271/1‑139 (MQ=255)
ggCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTg > 1:870812/1‑140 (MQ=255)
ggCCGCCGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTg > 1:629708/1‑140 (MQ=255)
gccgccGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGa > 1:871144/1‑136 (MQ=255)
gccgccGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGa < 2:871144/136‑1 (MQ=255)
gccgccGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGt > 1:842494/1‑140 (MQ=255)
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gccgccGGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGt > 1:1838263/1‑140 (MQ=255)
ccgGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTAttt > 1:1794396/1‑140 (MQ=255)
cgGATGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTg > 2:1657238/1‑140 (MQ=255)
|
CGGGTTTTATCACCACATTATTAGCGCCACTTATCGGTCGCTTGATGCCTTTATTCCCGCCACTGGTTACCGGTGTGGTTATTACTTCTATCGGGCTTAGCATCATTCAGGTGGGTATTGACTGGGCCGCCGGAGGTAAAGGGAATCCGCAATATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTG > NC_000913/3031749‑3032018
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
