Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
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4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
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L424L (CTG→CTT) |
galP → |
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|
| |
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/ NA
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Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
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|
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cgATTTTGGCATCACCTGCTCCACTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATcc > 1:1129785/1‑140 (MQ=255)
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gCATCACCTGCTCCACTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACa < 2:178341/140‑1 (MQ=255)
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cTCCACTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTgg > 1:1091417/1‑140 (MQ=255)
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cTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCg > 2:828990/1‑140 (MQ=255)
cTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCg > 2:1710478/1‑140 (MQ=255)
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aCCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 2:1740016/140‑1 (MQ=255)
aCCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 2:1754903/140‑1 (MQ=255)
aCCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 1:131675/140‑1 (MQ=255)
aCCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 2:1888646/140‑1 (MQ=255)
cATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 2:768615/138‑1 (MQ=255)
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tGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGt > 2:1657878/1‑140 (MQ=255)
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gCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTc > 1:379926/1‑140 (MQ=255)
aaCACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa > 1:240297/1‑131 (MQ=255)
aaCACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGaa < 2:240297/131‑1 (MQ=255)
acacGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTaaa < 1:1952549/140‑1 (MQ=255)
acacGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTaaa < 2:1659611/140‑1 (MQ=255)
cacGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAAc > 1:2024505/1‑140 (MQ=255)
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acacCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCt < 1:1710478/140‑1 (MQ=255)
acacCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCt > 2:1499097/1‑140 (MQ=255)
acCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCa < 1:215233/140‑1 (MQ=255)
acCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCa < 2:1091417/140‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGTATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAAAAGGCGCTCACGAt > 1:74047/1‑140 (MQ=255)
tgtATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAAtct > 2:1521031/1‑140 (MQ=255)
tATGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGCAAACAAACACGTTTTGCTGGAACATATTGTAAGTAATCTGTTGAAAGGGCGTAAATTGCGCGAAATAGGCGCTCCCGTTTAATTTcc > 2:61352/1‑140 (MQ=255)
aTGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGGAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAAAAGGCGCTCACGCTTAATCTccc > 2:796671/1‑140 (MQ=255)
aTGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTccc < 1:1657878/140‑1 (MQ=255)
tGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTcccc < 2:379926/140‑1 (MQ=255)
tGCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTcccc < 1:660705/140‑1 (MQ=255)
gCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTCCCCa < 1:465266/140‑1 (MQ=255)
gCGGCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTCCCCa < 1:1521031/140‑1 (MQ=255)
gCTCTTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCTTTGGAACATATTTAACGTTATCTTTTTAAAGGACATAAACTTCGCGAAATATGCGCTCACGATTAATTTCCCCAAGc > 2:1066184/1‑140 (MQ=255)
ctctTAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTCCCCAAGCt < 2:928096/140‑1 (MQ=255)
|
GCTGAAAGGCCGCGATTTTGGCATCACCTGCTCCACTGCCACCAACTGGATTGCCAACATGATCGTTGGCGCAACGTTCCTGACCATGCTCAACACGCTGGGTAACGCCAACACCTTCTGGGTGTATGCGGCTCTGAACGTACTGTTTATCCTGCTGACATTGTGGCTGGTACCGGAAACCAAACACGTTTCGCTGGAACATATTGAACGTAATCTGATGAAAGGTCGTAAACTGCGCGAAATAGGCGCTCACGATTAATCTCCCCAAGCT > NC_000913/3089420‑3089690
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
