Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F48 I1 R1
|
508 |
125.6 |
4303852 |
99.2% |
4269421 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,545,026 |
C→A |
L49I (CTT→ATT) |
yhgH → |
DNA utilization protein YhgH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,545,026 | 0 | C | A | 98.9%
| 306.6
/ ‑3.7
| 90 | coding (145/684 nt) | yhgH | DNA utilization protein YhgH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (53/36); minor base . (1/0); total (54/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 |
CAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGTC > NC_000913/3544889‑3545162
|
cAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATAtt > 1:1075265/1‑140 (MQ=255)
cAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATAtt > 2:1202214/1‑140 (MQ=255)
cAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATAtt > 2:130595/1‑140 (MQ=255)
aGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTc > 1:1422047/1‑140 (MQ=255)
tACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTccc > 1:1945580/1‑140 (MQ=255)
aCCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCt > 1:1141505/1‑140 (MQ=255)
aCCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCt > 2:566080/1‑140 (MQ=255)
ccGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTg > 2:2132564/1‑140 (MQ=255)
aggggATTTTGCTGGCTATGCCAAATCCCACGGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTCCACGCCCCCCCCGCACAGAAAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTg < 2:796045/138‑1 (MQ=255)
acGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTg < 2:260503/139‑1 (MQ=255)
cGGGCTTATGCTGGCTATGCCGAATTCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGc > 1:337301/1‑140 (MQ=255)
cGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGc > 2:1280176/1‑140 (MQ=255)
ggATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCgt > 2:1715820/1‑139 (MQ=255)
ttATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCg > 1:1354742/1‑140 (MQ=255)
tATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGc > 1:411183/1‑140 (MQ=255)
aTGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGct > 2:1107893/1‑140 (MQ=255)
aTGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGct > 1:704786/1‑140 (MQ=255)
gCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGctgcctgc > 1:1726477/1‑140 (MQ=255)
gCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGctgcctgc > 1:775835/1‑140 (MQ=255)
gCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGctgcctgc > 1:631124/1‑140 (MQ=255)
gCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGctgcctgc > 2:1773153/1‑140 (MQ=255)
cTATGCCGAATGCCACTGGTGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCa > 1:88259/1‑140 (MQ=255)
cTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCa > 2:635364/1‑140 (MQ=255)
gCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCAT‑ATCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAc > 2:266986/1‑140 (MQ=255)
aTGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAccgcc > 1:366116/1‑140 (MQ=255)
tGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAccgccc > 1:1815436/1‑139 (MQ=255)
gacagggCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCAAAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 1:1341396/135‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGTTTTTTTCGGTCTGTCCCCGCCCCCCCCGCAAAGATAAAACT‑TT‑TTGCACACAAGGTGATTTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:411183/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCCCCCGCAAAAATAAAACT‑TT‑ATGCCCAAAATGGGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:2049745/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAACCG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 1:735100/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 1:1561307/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 1:1773153/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 1:1794200/140‑1 (MQ=255)
ccACTGGCGTAAGTTCATTGGGGGATTTGTACGGTCTTTTCACGCCCCCCCCCCACAGAAAAAACG‑TT‑GCCCCCACAAGGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:1945580/140‑1 (MQ=255)
ccACGGGCGTTAGGTCATGGGGGGATTTGTTCGGTCTGTCCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACT‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:1141505/140‑1 (MQ=255)
ccACGGGCGTTAGGTATTGGGGGGTTTTGTTCGGTCTGTCCACGCGCCCCCCGCACAGAAAAACCT‑TT‑ATCCCCAAAAGGGGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:1075265/140‑1 (MQ=255)
acACGGGTGTAAGGTAATGGGGGGATTTTTTGGGTCTGTCCGCGCCCCCCCCGCACAGAAAAAGCG‑TT‑ATGCCCAGAATGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:88259/139‑1 (MQ=255)
acACGGGCGTTAGGTCTTGGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACATTGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:926738/139‑1 (MQ=255)
cACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGTGTTGTTCGGTCTGGTCACGCGCCACCCGCACAGCTAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGccc > 2:1040282/1‑140 (MQ=255)
cACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGccc > 2:1328583/1‑140 (MQ=255)
cTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTg > 1:1462630/1‑140 (MQ=255)
ggCGTTAGGTCATGGGGGGTTTTGTGCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCCAAATGTGTATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGc < 2:366116/140‑1 (MQ=255)
gCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCa < 1:1328583/140‑1 (MQ=255)
tAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGa < 1:566080/140‑1 (MQ=255)
tAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGa > 1:84859/1‑140 (MQ=255)
aaGGTCATTGGGGTATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCCCCCGCACAGAAAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGa < 2:84859/139‑1 (MQ=255)
aGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGAc > 1:804426/1‑140 (MQ=255)
aGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGAc > 2:543013/1‑140 (MQ=255)
cATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGt < 1:543013/140‑1 (MQ=255)
aTTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTc > 1:1782451/1‑140 (MQ=255)
ttGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCa > 1:830317/1‑140 (MQ=255)
ttGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCa > 2:1772296/1‑140 (MQ=255)
tggggggATTTGTTCGGTTTGTTCACGCCCCCCCCGCAAAAAAAAAACG‑TT‑ATCCCCACAATGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCa < 2:704786/138‑1 (MQ=255)
tttGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGACAAAGACTGGTCACGGTTGcc > 1:896039/1‑140 (MQ=255)
tttCGGTCTGTTCACGCGCCCCCCGCACAGAAAAAACG‑TT‑ATCCCCACAATGTGAATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGAc < 1:1741232/139‑1 (MQ=255)
gTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGAc > 1:705743/1‑140 (MQ=255)
cGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTAt > 1:376016/1‑140 (MQ=255)
tCTGTTCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACATTGTGGTTTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATgcg < 1:130595/140‑1 (MQ=255)
tCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATgcg > 1:966793/1‑140 (MQ=255)
gTTCACGCACCTCCCG‑AAAGAAAAAAAGTTT‑ATCCCAACATTGTGTTTCCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGcgccg < 2:36994/140‑1 (MQ=255)
cACGCGCCCCCCGCACAGAAAAAACG‑TT‑ATGCCCAAATTGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGccgccg < 1:1065241/140‑1 (MQ=255)
cgccCCCCCCGCACAGAAAAACCT‑TT‑ATCCCCACAATGTGGTTTCCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGtt < 2:458830/140‑1 (MQ=255)
gcgcCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCACCGTTa < 1:1772296/140‑1 (MQ=255)
aCCCGCCCAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCCCCCTGCCAAAGACTGTCCACGGCTCCCGACTATGTCCCGCCGTTAAGccc > 2:632950/1‑140 (MQ=255)
aCCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTcc > 1:1382122/1‑140 (MQ=255)
aCCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTcc > 2:764218/1‑140 (MQ=255)
aCCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTcc > 1:1955740/1‑140 (MQ=255)
acaaaGATAAATCT‑TG‑CTGCCCAAAATGAGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCtt < 2:1815436/136‑1 (MQ=255)
gATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATcca > 2:950858/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaCC‑TTAATGCCCACACTGTGGTTACCCCGCCACACCCTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATcca < 2:705743/138‑1 (MQ=255)
aCG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCt > 2:1827057/1‑140 (MQ=255)
aTGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGTCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAAt > 1:1934043/1‑140 (MQ=255)
aTGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAAt > 2:1077497/1‑140 (MQ=255)
aTGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAAt > 2:1841278/1‑140 (MQ=255)
tgGATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCa < 1:764218/140‑1 (MQ=255)
gATTACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGt > 2:1964110/1‑140 (MQ=255)
tACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGTCGCAGTGaa < 2:1382122/140‑1 (MQ=255)
tACCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGaa < 1:1202214/140‑1 (MQ=255)
aCCCGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGaaa > 2:276878/1‑140 (MQ=255)
cccGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAAt < 1:950858/140‑1 (MQ=255)
ccGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATc > 1:603401/1‑140 (MQ=255)
ccGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATc > 1:67249/1‑140 (MQ=255)
ccGCCACACACTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATc > 2:1797014/1‑140 (MQ=255)
cacacaCTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCa > 2:410374/1‑140 (MQ=255)
cacacTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAgc < 1:335250/140‑1 (MQ=255)
acTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGcc > 1:1605011/1‑140 (MQ=255)
acTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGcc > 1:926446/1‑140 (MQ=255)
acTCCCATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGcc < 1:1077497/140‑1 (MQ=255)
ccATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGt > 2:669009/1‑140 (MQ=255)
ccATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGt > 1:170969/1‑140 (MQ=255)
ccATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGt < 1:410374/140‑1 (MQ=255)
ccATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCACGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTgc > 1:1515567/1‑139 (MQ=255)
cATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGTc < 1:1443656/140‑1 (MQ=255)
cATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGTc < 2:1955740/140‑1 (MQ=255)
cATATTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGTc < 2:966793/140‑1 (MQ=255)
|
CAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACG‑TT‑ATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTGCCGACTATGCGCCGCCGTTAAGTCCGCTTATCCACCAGCTTAAATTTTCCCGGCGCAGTGAAATCGCCAGCGCCCTGTC > NC_000913/3544889‑3545162
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
